rdkit&python | 化合物去盐

化合物去盐 SaltRemover

如果化合物中包含盐,会干扰后续的描述符的计算

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.SaltRemover import SaltRemover

mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl.Cl')

在这里插入图片描述

remover = SaltRemover(defnData<
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当涉及化合物的逆合成分析时,它通常涉及到对反应路径的搜索和评估。以下是一个简单的示例,展示了如何使用Python进行化合物逆合成分析的基本代码: ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import rdChemReactions def reverse_synthesis(target_smiles): # 将目标SMILES转换为RDKit Mol对象 target_mol = Chem.MolFromSmiles(target_smiles) # 创建反应搜索器 rxn_search = rdChemReactions.ReactionFingerprintParams.Init() # 加载反应数据 reactions = AllChem.ReactionFromSmartsFile('reactions.smi') # 定义一个递归函数来搜索反应路径 def find_synthesis_path(mol, path=[]): # 检查是否已经合成目标化合物 if Chem.MolToSmiles(mol) == target_smiles: return path # 遍历所有反应 for reaction in reactions: # 获取反应物和产物 reactants, products = reaction.RunReactants([mol]) for product in products: # 递归搜索反应路径 new_path = find_synthesis_path(product, path + [reaction]) if new_path is not None: return new_path # 调用逆合成函数 synthesis_path = find_synthesis_path(target_mol) # 打印反应路径 if synthesis_path is not None: print("反应路径:") for reaction in synthesis_path: print(Chem.ReactionToSmiles(reaction)) else: print("无法合成目标化合物。") # 使用示例 target_smiles = 'CC(=O)O' reverse_synthesis(target_smiles) ``` 上述代码使用RDKit库来处理化学分子和反应。它假设已经有一个包含一系列反应的文件 `reactions.smi`,其中每个反应用SMARTS字符串表示。代码中的 `find_synthesis_path` 函数使用递归方法搜索反应路径,直到找到合成目标化合物的路径或无法合成。 请注意,这只是一个基本示例,实际的化合物逆合成分析可能需要更复杂的算法和更全面的反应数据库。

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