rdkit&python | 处理化合物中带电荷情况

最新推荐文章于 2022-06-21 15:14:18 发布
最新推荐文章于 2022-06-21 15:14:18 发布
阅读量1.1k 收藏
点赞数
分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/119837282
版权

中和分子

neutralize_atoms给每个原子加减H保持电中性，不考虑整个分子的情况，而Uncharger考虑整个分子的电中性，如果整个分子是电中性的，即使原子带电荷也不会进行处理

from rdkit.Chem.MolStandardize import rdMolStandardize
Uncharger= rdMolStandardize.Uncharger()

在这里插入图片描述

def neutralize_atoms(mol)
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
ASKCOS
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 打赏
    打赏
  • 0
    评论
专栏目录
订阅专栏
RDKit | 基于RDKit中和带电分子
DrugAI
03-26 1994
化合物的预处理 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import MolStandardize 载入数据 smis = ("c1cccc[nH+]1", "C[N+](C)(C)C", "c1ccccc1[NH3+]", "CC(=O)[O-]", "c1ccccc1[O-]", "CCS...
rdkit 计算环GetRingInfo、芳香环数GetIsAromatic；化合物去盐SaltRemover；带电荷数计算GetFormalCharge
weixin_42357472的博客
10-26 1315
参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/87350161。
RDKit | 分子所具有的自由基电子数、价电子数
发呆的比目鱼的博客
06-21 501
分子所具有的自由基电子数、价电子数
rdkit&python | 化合物去盐
ASKCOS博客
08-21 722
化合物去盐 SaltRemover 如果化合物中包含盐，会干扰后续的描述符的计算 from rdkit import Chem from rdkit.Chem.SaltRemover import SaltRemover mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl.Cl') remover = SaltRemover(defnData="[Cl,Br]") res = remover.StripMol(mol,dontRemoveEverything=True) ..
RDkit一：利用RDkit筛选化学小分子结构特征
gongfuxiongmao_的博客
05-19 3143
最近在做关于小分子筛选的项目，涉及到一些处理方式，后面会逐篇总结遇到的一些问题及解决方法。 首先简单介绍一下RDkit，RDkit是一款用来处理化学小分子的python开源包，最早是由诺华公司开发的，底层是由C++编写的。在github上有它的源码和说明书，地址如下： https://github.com/rdkit/rdkithttps://github.com/rdkit/rdkitRDkit在Anaconda或miniconda环境中的安装： c...
python中的&&及||的实现示例
01-20
首先说明一下，在python中是没有&&及||这两个运算符的，取而代之的是英文and和or。其他运算符没有变动。 接着重点要说明的是python中的a.any()，我之所以会涉及到这个函数，是因为我在设计某个分段数值函数时由于不...
[图文]基于OpenCV& Python图像处理的颗粒物-.doc
09-15
Python
python中逻辑与或（and、or）和按位与或异或（&、|、^）区别
09-16
主要介绍了python中逻辑与或（and、or）和按位与或异或（&、|、^）区别，文中通过示例代码介绍的非常详细，对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧
python中文自然语言处理基础与实战
02-02
用python语言来做一些NLP（自然语言处理）的工作，笔记分为11章，层层梯进，包含开发环境介绍、功能代码实现步骤、案例实战等。
图像处理python：Python 0TM带Pillow的图像处理
最新发布
05-29
图像处理python，Python 0TM带Pillow的图像处理
rdkit&python | 多个化合物中挑选最大片段
ASKCOS博客
08-21 265
保留化合物长片段 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import MolStandardize lfc = MolStandardize.rdMolStandardize.LargestFragmentChooser() mol = Chem.MolFromSmiles(smi) #化合物1.化合物2 largest_mol = lfc.choose(mol) print(Chem.MolToSmiles(largest_mol)) 函数 fro.
RDKit 记录
weixin_44204830的博客
10-20 1700
RDKit Learning 1.SMILES和MOL之间的转换常用函数： MolFromSmiles(Smiles, (bool)sanitize=True , (dict)replacements={} ) -> None sanitize为TRUE执行合格性检查，replacements为替换的字符串的dict MolToSmiles( (Mol)mol , (bool)isomericSmiles=True , (bool)kekuleSmiles=False , (int)roote
rdkit 分子性质描述符（Descriptors）
qq_36801966的博客
06-29 6733
文章目录一、引入所需库二、性质描述符计算三、原子对性质的贡献可视化 分子性质也被称为描述符。 RDKit中内置了大量的分子描述符的计算方法， 这些方法主要位于rdkit.Chem.Descriptors <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Descriptors.html#module-rdkit.Chem.Descriptors>_ 也有些常用的性质在AllChem模块下面。 一、引入所需库 #! /usr/bin/python # co
rdkit&python | 化合物分离金属
ASKCOS博客
08-21 399
化合物去金属原子 # TODO: This won't disconnect e.g. covalent [Na]Cl... from rdkit import Chem from rdkit.Chem import MolStandardize md = MolStandardize.rdMolStandardize.MetalDisconnector() smi = 'CN(C)(C)->[Pt]' mol = Chem.MolFromSmiles(smi) res = md.Disco.
RDKit | 基于RDKit 的化合物预处理
DrugAI
09-16 2817
基于Python和RDKit对化合物数据进行预处理。 环境 MolVS是专门用于化合物预处理的库。 rdkit 2020.03 molvs 0.1.1 化合物（Compound）预处理 RDKit：SanitizeMol Kekure的形成，化合价的确认，芳香性的设定，结合等。 参考：http://rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.rdmolops.html MolVS : Normarize 参考：https://molvs.readth...
力场与电荷
DrugAI
09-27 2364
力场 力场(Force Field, 常简写为FF)这个物理学名词听起来有点高深, 可如果理解了它的含义你就会觉得这是很自然的一个概念, 没有什么特别之处. 在中学物理或者初等力学中, 研究物体的运动都是从分析其受力出发的, 可以说是以力为基础, 这也是称为力学的原因. 牛顿第二定律直接将物体的受力与其加速度联系起来, 这样只要知道了物体的受力情况, 就能计算出其运动轨迹. 在力学中, 一般将...
RDKit|分子基础操作与药效团查找
最会设计的科研狗
05-23 4073
文章目录分子基础操作与药效团查找1.原子操作2.键操作3.环操作4.手动实现氧族药效团查找 分子基础操作与药效团查找 1.原子操作 在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对象的属性和函数来获取各种信息。 对原子进行遍历：m.GetAtoms() 获取原子索引：GetIdx() 获取原子序号：GetAtomicNum() 获取原子符号：GetSymbol() 获取原子连接数（受H是否隐藏影响）：GetDegree() 获取原子总连接数（与H是否隐藏无关）：GetTotalDegree()
python怎么实现化合物库分子的子结构频次统计
04-02
要实现化合物库分子的子结构频次统计，可以使用RDKit Python库。下面是一些参考代码： 1. 加载化合物库 ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 从文件中读取化合物库 suppl = Chem.SDMolSupplier('compound.sdf') mols = [x for x in suppl if x is not None] print('共读取到{}个分子'.format(len(mols))) ``` 2. 提取分子中的子结构 ```python # 提取分子中的环 def extract_rings(mol): rings = Chem.GetSymmSSSR(mol) return [Chem.MolToSmiles(mol, rootedAtAtom=r) for r in rings] # 提取分子中的官能团 def extract_functional_groups(mol): fgs = ['[{}]'.format(Chem.MolToSmiles(mol, rootedAtAtom=a, includeAtomNumbers=True)) for a in mol.GetAtoms() if a.GetAtomicNum() != 6] return fgs # 提取分子中的子结构 def extract_substructures(mol): rings = extract_rings(mol) fgs = extract_functional_groups(mol) return rings + fgs # 提取化合物库中所有分子的子结构 substructures = [] for mol in mols: substructures += extract_substructures(mol) substructures = list(set(substructures)) print('共提取到{}个子结构'.format(len(substructures))) ``` 3. 计算每个子结构在化合物库中出现的频次 ```python # 计算每个子结构在化合物库中出现的频次 substructure_count = {} for substructure in substructures: substructure_count[substructure] = 0 for mol in mols: for substructure in extract_substructures(mol): substructure_count[substructure] += 1 print(substructure_count) ``` 这样就可以得到每个子结构在化合物库中出现的频次了。可以根据需要，进一步对子结构进行聚类、筛选等操作，以便更好地分析化合物库中的结构信息。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

ASKCOS

你的鼓励是我最大的动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值