rdkit&python | 处理化合物中带电荷情况

最新推荐文章于 2023-07-12 11:18:42 发布
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本文介绍如何利用RDKit库在Python中处理化合物的电荷问题，包括neutralize_atoms方法针对原子个体的电荷平衡，以及Uncharger模块确保整个分子的电中性。即便分子整体电中性，Uncharger也不会处理原子的电荷。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

中和分子

neutralize_atoms给每个原子加减H保持电中性，不考虑整个分子的情况，而Uncharger考虑整个分子的电中性，如果整个分子是电中性的，即使原子带电荷也不会进行处理

from rdkit.Chem.MolStandardize import rdMolStandardize
Uncharger= rdMolStandardize.Uncharger()

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