rdkit&smarts | 化学反应模板特殊官能团SMARTS整理

已于 2022-05-26 10:35:29 修改
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分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 | 医疗 文章标签： python rdkit 健康医疗
于 2022-04-26 16:18:35 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/124430389
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本文介绍如何使用RDKit库处理化学反应模板，特别是针对特殊官能团的SMARTS匹配。通过函数处理RDKit分子，确保反应物中的特定原子群被正确识别和处理，避免产物映射的不匹配问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

给定一个RDKit分子，该函数返回一个元组列表，其中每个元组包含一组特殊原子的AtomIdx，这些原子应该一起包含在一个片段中。这应该只对反应物进行，否则产物可能最终导致映射不匹配。

如果另一个原子匹配, 我们将触发整个群被包含的群中的原子与不被包含的群中的“不重要”原子区分开来。

    group_templates = [ 
        (range(3), '[OH0,SH0]=C[O,Cl,I,Br,F]',), # ca
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