rdkit&python | rdchiral基于rdkit对反应中的立体化学进行处理

最新推荐文章于 2023-07-05 14:42:52 发布
最新推荐文章于 2023-07-05 14:42:52 发布
阅读量758 收藏 3
点赞数
分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 文章标签： python 生化环材 化学信息学 rdkit
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/107691065
版权
本文探讨了在化学逆合成中如何使用rdchiral库，一个Python包装器，来处理rdkit的立体化学问题。内容包括非手性到非手性、手性到非手性以及手性到手性的转换，强调了在不同场景下对手性信息的保留和处理策略。同时，介绍了rdchiral的安装方法以及不同情况下的预期反应结果。
摘要由CSDN通过智能技术生成

化学逆合成中立体化学的处理

 

rdchiral为rdkit引入了一个开源Python包装器，旨在提供为SMARTS字符串的逆合成变换时对立体化学信息的一致处理，被设计用来加强四面体中心的引入、破坏、保留和反转以及双键顺/反与信息。

 
rdchiral安装方法
 

import rdkit
import rdkit.Chem as Chem
import rdkit.Chem.AllChem as AllChem
from</
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
ASKCOS
关注
专栏目录
订阅专栏
RDChiral | 用于处理立体化学的RDKit封装器
DrugAI
01-10 2055
RDChiral 用于处理立体化学的RDKit封装器，用于反向合成模板提取和应用。 人们对计算机辅助合成设计重新产生了兴趣，其中绝大多数方法都需要应用逆合成反应模板。RDChiral是一个开源的Python包装器，用于在应用以SMARTS字符串编码的逆合成转化时提供一致的立体化学信息处理。RDChiral的设计是为了执行手性四面体中心的引入、破坏、保留和反转，以及双键的顺/反构型。 RDChiral的GitHub链接 https://github.com/connorcoley/rdchiral
rdkit&python | 分子3D构象与结构优化与描述符计算
ASKCOS博客
07-10 1590
导入库 from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Descriptors import rdMolDescriptors from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole smi="COC(=O)Cc1cc(F)cc2c1[C@@H](C)CO2" mol = Chem.MolFromSmiles(smi) 在rdkit中，分子在默认情况下是不显示氢的，但氢原子对于真实
RDKit化学信息学包
08-09
支持ubuntu下的python C++调用，rdkit是化学信息学的一个包，用于将化学的分子式用smiles实现
rdkit 化学反应ReactionFromSmarts
qq_36801966的博客
06-30 2128
文章目录一、引入所需库二、化学反应实例三、化学反应模板四、化学反应注意事项 RDKit提供化学反应引擎，其中化学反应模板是基于smarts构建。反应物+反应引擎就可以生成产物。 一、引入所需库 #! /usr/bin/python # coding: utf-8 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import Draw 二、化学反应实例 示例反应 rxn = AllChem.ReactionFro
Rdkit|分子输出
最新发布
发呆的比目鱼的博客
07-05 652
rdkit 分子输出
RDKit|搜索子结构时对侧链进行条件限制
12-21
文章目录一、简单子结构搜索1. 初始化2. 获取所有匹配的结构3. 查看匹配的结构二、带条件的子结构搜索1. 定义条件2. 对侧链设置条件3. 使用条件进行筛选4. 其他条件举例 一、简单子结构搜索 1. 初始化 m表示待搜索的原始分子 p表示带侧链的四元环结构 >>> from rdkit import Chem >>> from rdkit.Chem import Draw >>> m = Chem.MolFromSmiles('C2NCC2CC1C(CCCC)C(OCCCC)C1c2ccccc2') >>> p = Chem.MolFromSmarts('C1CCC1*') 2. 获取
rdkit&python | 化合物去盐
ASKCOS博客
08-21 766
化合物去盐 SaltRemover 如果化合物中包含盐，会干扰后续的描述符的计算 from rdkit import Chem from rdkit.Chem.SaltRemover import SaltRemover mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl.Cl') remover = SaltRemover(defnData="[Cl,Br]") res = remover.StripMol(mol,dontRemoveEverything=True) ..
rdkit&python | 把kekule形式转换成芳香环
ASKCOS博客
08-22 347
>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1') >>> m.GetBondWithIdx(0).GetIsAromatic() True >>> m1 = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1') >>> Chem.Kekulize(m1, clearAromaticFlags=True) >>> m1.GetBondWithIdx(0).GetIsAromatic()
rdkit&python | 化合物去除同位素
ASKCOS博客
08-21 310
去除同位素 def clear_isotope(mol): [a.SetIsotope(0) for a in mol.GetAtoms()]
python&rdkit | 通过模板生成错误化学反应方法
ASKCOS博客
05-26 256
在现实情况中，科学家只记录了反应成功的化学反应，错误的反应往往被丢弃掉。我们可以通过人为生成的方式来制造在化学上错误的反应，来帮助我们建立如机器学习模型来预测化学的反应性。可以通过以下3个方式来进行，假设我们当前有一堆反应和对应提取的模板（提取模板方法） 严格正向匹配 对于反应A+B>>C,如果我们使用对其对应的模板可能得到A+B>>C+D，C是数据集中的产物，而A+B>>D就可以作为一个错误的化学反应。这种方法可以生成具有化学选择性的错例反应。 随机正向生成 对于反应
RDKit 记录
weixin_44204830的博客
10-20 1824
RDKit Learning 1.SMILES和MOL之间的转换常用函数： MolFromSmiles(Smiles, (bool)sanitize=True , (dict)replacements={} ) -> None sanitize为TRUE执行合格性检查，replacements为替换的字符串的dict MolToSmiles( (Mol)mol , (bool)isomericSmiles=True , (bool)kekuleSmiles=False , (int)roote
RDKit | 基于RDKit处理化学信息学中的反应方程式
DrugAI
12-26 3191
将研究化合物之间的转化，即如何处理化学信息学中的化学反应。 首先，您将学习如何扩展单个化合物的表示法，例如先前处理的MOL文件和SMILES表示法，以表达化学反应。接下来，让学习如何在RDKit中处理化学反应。 RXN文件 使用MOL文件格式表示化学反应的扩展名为RXN file的格式。由于基本结构单元相同，因此可以处理MOL文件和SDF的软件通常可以处...
chemoinformatics&python | 化学信息学软件包安装方法集合
ASKCOS博客
11-23 1338
在原有环境下使用pip和在conda里手动安装无作用 正确方式: conda install -c conda-forge rdkit
RDKit | 基于RDKit和SMARTS的化学反应处理
DrugAI
12-24 3276
SMILES和SMARTS的区别 SMILES: 分子描述语言 SMILES (SimplifiedMolecularInputLineEntrySystem)是一种分子描述语言，由Daylight C.I.S.的创始人 Dr. David Weininger 博士发明。它简单，易于理解，且广泛使用的分子描述方法。 将分子的二维结构描述为字符串 紧凑地保存信息 与...
rdkit&python | 通过反应获得断键位点与类型
ASKCOS博客
11-26 550
对反应事先进行mapping ‘CH2:15[Mg+:19].[CH2:20]1[O:21][CH2:22][CH2:23][CH2:24]1.[Cl-:14].[OH:1][c:2]1[n:3][cH:4]c:5[cH:12][cH:13]1>>[OH:1][c:2]1[n:3][cH:4]c:5[cH:12][cH:13]1’ 逻辑是根据生成物与产物之间的mapping number的不同，得到断键位置与 键的类型GetBondTypeAsDouble() def get_changed_b
RDKit学习
weixin_42038527的博客
05-31 1278
@Time : 2022/5/25 17:39 @Author : Qiufen.Chen @FileName: learn_rdkit.py @Software: PyCharm ''' from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw, Descriptors, Crippen, MolSurf, Lipinski from rdkit.Chem.Crippen import MolLogP, MolMR from rdkit.Chem.Draw .
python数据分析与建模实现-第一次笔记
热门推荐
py粉的博客
08-04 2万+
python数据分析与建模实现-第一次笔记 第一次写博客，有什么不好的希望大家能谅解，也希望大家能喜欢。 - 1.数据的读取 - 2.数据简单的分析 - 3.利用四分位数来去除异常值 - 4.静态结构分析 - 5.数据分区间 - 6.英文异常值数据的处理 - 7.对比分析 1.数据的读取 （1）读取模块 Import pandas as pd Import num...
RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成
DrugAI
03-12 2408
from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole import py3Dmol import pandas as pd print(rdBase.rdkitVersion) suppl = Che...
RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学
DrugAI
04-26 2211
基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from rdkit.Chem import rdDepictor rdDepictor.SetPreferCoordGen(True) from r...
PostgreSQL与RDKit：化学信息学中的数据库优化与实战应用
RDKit是一款开源的化学信息学软件库，提供了广泛的化学结构处理、分子操作和计算功能，特别适合进行化合物的筛选、属性预测以及分子绘图等任务。它最初由Andrew Dalke开发，并且支持Python（2.x）和Java等编程语言。...
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

ASKCOS

你的鼓励是我最大的动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值