安装Amber22

已于 2023-02-01 16:37:49 修改
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分类专栏： AIDD | CADD | 化学 | 生物 文章标签： python linux 开发语言
于 2023-02-01 15:25:39 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43236007/article/details/128832470
版权
本文档指导如何在Linux系统中安装Amber22，包括下载源代码、编译程序、配置环境变量以及测试安装是否成功。首先确保安装必要依赖包，然后从Amber官网获取最新代码，接着进行编译和安装过程，最后设置环境变量并验证安装效果。
摘要由CSDN通过智能技术生成

安装必要包

apt-get update
apt install bc csh flex xorg-dev zlib1g-dev build-essential libbz2-dev patch cmake bison gfortran python

到Amber官网下载代码

https://ambermd.org/index.php

tar xvfj AmberTools22.tar.bz2 # Ambertools are open source
tar xvfj Amber22.tar.bz2      # only when you have amber

编译程序、库、文档等

cd amber22_src
./update_amber --upgrade
mkdir build-001
cd build-001
#应用cmake命令生成相应的makefile
cmake ../ \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/Software/Amber22_cuda \
    -DCOMPILER=GNU  \
    -DMPI=FALSE  \ 
    -DCUDA=TRUE  \
    -DINSTALL_TESTS=TRUE \
    -DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE  \
    -DMINICONDA_USE_PY3=TRUE

配置环境变量

vim ~/.bashrc           #打开 bashrc文件
test -f /root/Software/Amber22_cuda/amber.sh  && source /root/Software/Amber22_cuda/amber.sh
source ~/.bashrc      #source 后立即生效

安装已经编译好的程序

#使用makefile安装软件
make install -j 8 # 8 cores will be used, change accordingly

到对应文件夹下进行测试

source ~/Software/Amber22_cuda/amber.sh 
cd ~/Software/Amber22_cuda
make test.cuda.serial
make test.serial
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