amber16在linux安装教程,Ubuntu16 系统下安装amber

修改下载源，改为阿里或上海交大。

解压缩

tar xvfj AmberTools17.tar.bz2

tar xvfj Amber16.tar.bz2

设置环境变量

export AMBERHOME=/home/myname/amber16

#对于所有用户修改 /etc/profile，对于单个用户修改~/.bashrc

安装依赖包

sudo apt-get install csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python-tk python-matplotlib

配置

./configure gnu #用gcc编译器

./configure intel #用intel 编译器

source /home/myname/amber16/amber.sh

#配置结束后生成amber.sh 和amber.csh，或者在 /etc/profile 或 ~/.bashrc 增加一行

编译安装

make install

并行计算

安装好Openmpi, openMPI安装

http://hmli.ustc.edu.cn/doc/mpi/openmpi-install.htm

可参考，注意文中用intel编译器

因此事先安装好Intel编译器

amber16并行安装可以参考

https://www.cnblogs.com/yanzhi123/p/3567458.html

下载openmpi版本在1.5-1.9之间(具体看$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi )

解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src 这个目录

在src目录运行./configure_openmpi intel (或gnu)

设置环境变量

随后返回到amber主目录，运行

./configure -mpi intel

make install

GPU加速计算

安装好NVIDIA驱动和 cuda toolkit

这里NVIDIA驱动为390.run

cuda toolkit为cuda8.0

安装驱动时应关闭图形界面，service lightdm stop

且以root用户安装