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Pandora qiu
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Scanpy_3 多个样本的单细胞分析流程(scvi)
如果你需要使用深度学习库和框架来处理大规模的计算任务,建议使用专门的显卡(例如 NVIDIA 的 GeForce 或 Quadro 系列显卡),或者使用云计算服务来获得更高的计算能力和更大的显存。在单细胞RNA测序数据分析中,批次效应是一个常见的问题,它可能导致不同批次之间的细胞分布存在差异,影响细胞类型的鉴定和分析。该流程使用scvi方法整合:scvi采用了一种基于深度生成模型的算法来降维和批次效应校正,相比传统的PCA或t-SNE等降维方法,该算法可以更好地处理单细胞RNA测序数据中的噪声和批次效应。原创 2023-04-28 15:06:34 · 2602 阅读 · 0 评论 -
Scanpy_2 多个样本的单细胞分析流程(ingest)
综上,这段代码的作用是使得多个数据集中的变量保持一致,只保留在所有数据集中共有的变量,去掉不在所有数据集中都出现的变量,以方便后续的数据分析和处理。方法实际上是一种非对称数据集的整合方法,因为它将标签从参考数据集映射到待映射数据集中,但是没有将待映射数据集的标签映射回参考数据集中。总的来说,这段代码为每个数据集中的样本添加了一个标识符,以便在合并数据集时能够区分每个样本来自哪个数据集。这段代码的作用是统计合并后的数据集中,每个样本和每个聚类包含的细胞数,并计算每个聚类在每个样本中的百分比。原创 2023-04-28 15:05:41 · 926 阅读 · 0 评论 -
Scanpy_1 单个样本的单细胞分析流程
【代码】Scanpy_1 单个样本的单细胞分析流程。原创 2023-04-28 15:04:14 · 312 阅读 · 0 评论 -
最全的Scanpy教程笔记 Preprocessing and clustering 3k PBMCs
代码来源scanpy的官方教程代码的解释来源web本人也在学习scanpy分析单细胞数据,但是网络上对于scanpy的流程并没有太多详细的解释。这些是我上网搜索的相关解释,仅供参考,不喜勿视。原创 2023-03-28 16:40:29 · 2617 阅读 · 1 评论