怎么学习用scanpy分析单细胞数据

已于 2023-04-28 15:08:42 修改
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分类专栏： 笔记 文章标签： 学习 python 机器学习
于 2023-04-28 09:26:13 首次发布
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怎么学习用scanpy分析单细胞数据

要学习用scanpy分析单细胞数据，您可以按照以下步骤进行：

  1. 学习基础知识：了解单细胞测序技术及其应用、单细胞数据的特点和处理流程等。建议先掌握Python编程语言和基本的数据分析技能，例如使用Pandas、NumPy、Matplotlib等库进行数据处理和可视化。
  2. 学习Scanpy基础知识：阅读Scanpy官方文档，学习Scanpy的安装、数据导入、数据预处理、细胞聚类、差异表达分析、绘图等基本操作。可以在Jupyter Notebook中实践操作，并结合官方文档中的示例代码和数据集进行学习。
  3. 学习Scanpy进阶知识：深入学习Scanpy的高级功能，例如批次效应校正、细胞亚群识别、基因共表达分析等。可以阅读Scanpy官方文档、查阅论文和博客等资料，并在实践中掌握这些功能。
  4. 参与社区学习：参加Scanpy社区讨论，向社区提问，分享经验和问题。可以在Scanpy的GitHub页面、论坛、邮件列表等社区平台上与其他用户交流和互动，了解最新的技术发展和应用实践，提高自己的技能水平。
  5. 学习其他工具：学习其他单细胞数据分析工具，例如Seurat、Cell Ranger、Velocyto等，以扩大自己的技能和应用范围，更好地处理和分析单细胞数据

Pandora qiu
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scanpy 单细胞分析API接口使用案例；scvi单细胞特征提取算法包
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参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/537206999scanpy python包主要分四个模块：1）read 读写模块、2）pp Preprocessing 预处理模块3）tl Tools工具箱模块，包括降维聚类等算法3）pl Plotting画图模块。
Scanpy（3）单细胞数据分析常规流程
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Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（三）——python(scanpy)
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文章参考至，做了一个更详细的解读。本教程探讨了 scanpy 的可视化可能性，分为三个部分：嵌入的散点图（例如 UMAP、t-SNE）使用已知标记基因鉴定簇差异表达基因的可视化在本教程中，我们将使用来自 10x 的数据集，其中包含来自PBMC的 68k 个细胞。Scanpy 在其分布中包括该数据集的简化样本，该数据集仅包含 700 个细胞和 765 个高度可变的基因。该数据集已经过预处理和 UMAP 计算。在本教程中，我们还将使用以下文献标记：B细胞：CD79A、MS4A1。
jupyter的基本使用及python教程分享
一点也不正经的大冤种同学，希望把复杂技术知识简单化地分享给你
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python sci数据_scanpy学习笔记:用Python分析单细胞数据
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单细胞分析Scanpy(一)：Anndata数据结构
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scanpy核心的画图功能介绍大全
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标签和Dockerfile链接 版本： scanpy==1.7.0 anndata==0.7.5 umap==0.5.1 numpy==1.19.2 scipy==1.5.2 pandas==1.1.3 scikit-learn==0.23.2 statsmodels==0.12.0 python-igraph==0.9.0 louvain==0.7.0 leidenalg==0.8.3 版本： scanpy==1.7.0 anndata==0.7.5 umap==0.5.1 numpy==1.19.2 scipy==1.5.2 pandas==1.1.3 scikit-learn==0.23.2 statsmodels==0.12.0 python-igraph==0.9.0 louvain==0.7.0 leidenalg==0.8.3 scanpy.external.pp.bb
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重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）
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原文链接： https://www.embopress.org/doi/10.15252/msb.20188746 主编评语 这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具，提供了一套分析流程，更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时候用哪些方法和有什么注意事项。这也是我们易生信培训过程中广泛讨论的问题。 Abstract 单细胞RNA-seq使研究者能够以前所未有的分辨率研究基因表达图谱。这一潜力吸引着更...
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