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R
下凡的生信人
这个作者很懒,什么都没留下…
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cisTopic——从scATAC-seq数据中同时识别细胞状态和顺式调控主题的R包
这是一篇木得感情的测试记录,里面很多细节还没来得及琢磨~~~~~简介主页: https://github.com/aertslab/cisTopiccisTopic——从scATAC-seq数据中同时识别细胞状态和顺式调控主题的R包。cisTopic是一个用于从单细胞表观基因组学数据同时识别顺式调控主题和细胞状态的R Bioconductor package。它依赖于Latent Dirichlet Allocation (LDA)算法,这种算法是一种有效的用于文本挖掘的贝叶斯方法,将相似主题和相关原创 2020-09-16 14:47:33 · 2004 阅读 · 1 评论 -
ActivePathways--整合多维组学通路分析
概述功能:ActivePathways可通过集成多个分子数据集和路径注释来提高系统对健康和疾病中细胞组织的理解。软件安装:https://github.com/reimandlab/ActivePathways分析原理:如果想了解更多,可参考这篇文章。输入文件ActivePathways的输入文件只需要两类,一个是p-values(这里的P值可以是差异基因表达、基因必要性、突变或拷贝数变异负荷等的显著性P值)的数值型矩阵(该矩阵不能包含缺失值),另一个文件是一个GMT格式的基因集(作者建议使用G原创 2020-07-15 11:20:16 · 1946 阅读 · 0 评论 -
使用R包topGO绘制GO有向无环图
GO有向无环图topGO 官方说明链接:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html实战代码##R脚本biocLite("topGO")biocLite("ALL")biocLite('hgu95av2.db')biocLite('Rgraphviz')library(topGO)library...原创 2018-10-12 13:03:04 · 10477 阅读 · 3 评论 -
R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器
使用R包clusterProfiler 进行富集分析与可视化clusterProfiler官方网址:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.htmlID 转换功能函数:bitr;bitr_kegg功能:实现GeneSymbol, GeneID, Ensembl,UniprotID, nc...原创 2018-10-25 13:21:07 · 31212 阅读 · 7 评论 -
R: 使用CHAMP包进行甲基化数据的差异分析(QC, CNV, DMP, DMR等)
CHAMP: 甲基化数据的差异分析本文介绍如何使用CHAMP包对自己的甲基化数据进行分析(QC, CNV, DMP, DMR等)包的安装setwd('E:/wu/R')#~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")##if faild, try the follow...原创 2018-10-29 17:14:16 · 15697 阅读 · 1 评论