使用Cytoscape 的BinGO插件绘制GO通路关系图

Cytoscape：BinGO插件实战

绘图目标

很多文章中你会看到有下面这种GO通路间关系的网络图，它是怎样绘制的呢？

（图片摘自以下文章：https://link.springer.com/article/10.1186/1471-2229-12-222

绘图实战步骤

Cytoscape 软件的安装

首先你需要安装专业绘图软件Cytoscape, 免费下载地址：https://cytoscape.org/

BinGO 插件安装

打开CytoScape 软件，在最上方找到Apps, 选择App Manager, 搜索BinGO,即可下载安装。

绘图开始

安装好BinGO之后，打开BInGO,按照如下说明填写分析需求

填写完成后，点击start BinGO，就可以了。

输出结果

输出结果有两部分，一个是在上述输出路径中生成一个后缀为bgo的文件，另一个是在Cytoscape 上弹出一个结果页面，这两个输出结果的内容是一致的。

绘图调整

上述步骤分析完后会直接在cytoscape 页面生成绘图结果，如下

假如觉得不够美观，该如何调整呢？
可以参考下图的设置。

颜色及节点大小的含义说明：
气泡的大小由nodesize决定，他与该通路内的基因数量成正比。
颜色是按照P值上色，会有一个条带是单独形成的 如下图所示。

到此就大功告成了！是不是很简单呢！