R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器

最新推荐文章于 2024-04-11 09:32:15 发布
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使用R包clusterProfiler 进行富集分析与可视化

clusterProfiler官方网址：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

ID 转换功能

函数：bitr;bitr_kegg
功能：实现GeneSymbol, GeneID, Ensembl,UniprotID, ncbi-proteinid等之间的相互准换。支持约20物种。

在这里插入图片描述

图片说明：上图中x是一个list,里面放的是基因名，也就是SYMBOL这一列，也可以传入其他，只要在fromType一列写上对应的类别即可。

GO/KEGG 富集分析

一条命令即可完成分析
1. GO分析

在这里插入图片描述

2. KEGG分析

在这里插入图片描述

3. 输出结果

在这里插入图片描述

图片说明：第一张图为GO分析，第二张图为KEGG分析，传入的gene 是一个基因列表，该列表可以是geneID GeneSymbol 甚至是ENSEMBL, 只要在keyType 一列说明具体是哪一种类型就可以了。第三张图为输出结果，p.adjust和qvalue都是对p值的校正，p.adjust 在分析时可以选用方法，比如图中选择的是BH, qvalue是FDR校正。

GO/KEGG 富集分析可视化

直接使用上述分析结果ego 和kk，一条命令即可完成可视化

柱状图

barplot(ego, showCategory=20)

在这里插入图片描述

气泡图

dotplot(kk)

在这里插入图片描述

通路-基因网络图

cnetplot(ego, categorySize=“pvalue”, foldChange=geneList)

在这里插入图片描述

cnetplot(ego, foldChange=geneList, circular = TRUE, colorEdge = TRUE)

在这里插入图片描述

热图

heatplot(ego, foldChange=geneList)

在这里插入图片描述

pathway-pathway Network

emapplot(ego)

在这里插入图片描述

GO通路网络图

goplot(ego)

在这里插入图片描述

KEGG通路注释

图片说明：在这里，geneList 是一个耗油基因名及对应的flodchange 的列表，图中绿色即为下调，红色为上调。
其他可视化如GSEA分析等，可参照官方说明。
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python 数据分析与可视化
09-08
python 数据分析与可视化，配套，PPT,源代码，实验，教学大纲，实验大纲
enrichplot富集分析可视化
医学和生信笔记的博客
09-05 643
上一次推文已经给大家介绍了常见的富集分析类型以及如何使用全能的R包相必大家也知道的富集结果可以画出很多漂亮的图，其中enrichplot是专门用于对接的富集结果的可视化R包。但是大家有没有这样的困惑呢？ehrichplot今天就先给大家详细介绍enrichplot包。当然了，富集分析的可视化还有许多其他R包，我们会在后续的推文中继续介绍。
如何利用clusterProfiler进行基因集的KEGG富集分析？
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
07-22 2205
NGS 测序项目，不管是基因组测序，还是转录组测序，通常会得到一个基因列表，记录了基因突变，或者高/低表达量。对成百上千甚至上万个基因进行解读，往往是困难的，对基因进行分组以帮助对数据的理解就非常有必要。KEGG 富集分析就是一种非常流行的对基因集进行分组的方法。安装BiocManager::install("clusterProfiler") BiocManager::...
使用`clusterProfiler`：生物信息学中的高效集群分析工具
最新发布
gitblog_00027的博客
04-11 289
使用clusterProfiler：生物信息学中的高效集群分析工具 项目地址:https://gitcode.com/YuLab-SMU/clusterProfiler 项目简介 clusterProfiler 是一个开源R包，主要用于高通量数据集（如基因表达数据）的生物通路和功能富集分析。项目由南京大学的Yu Lab团队开发并维护，旨在简化和标准化复杂的生物信息学工作流程，使研究人员能够更方便地...
KITTI数据集可视化源码，对应教程为：https://blog.csdn.net/cg129054036/article/details/119516704
08-08
KITTI数据集可视化教程，教程：https://blog.csdn.net/cg129054036/article/details/119516704
基于springboot的短视频流量数据分析与可视化系统代码
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短视频流量数据分析与可视化系统代码 java短视频流量数据分析与可视化系统代码 基于springboot的短视频流量数据分析与可视化系统代码 1、短视频流量数据分析与可视化系统的技术栈、环境、工具、软件： ① 系统环境:Windows/Mac ② 开发语言：Java ③ 框架：SpringBoot ④ 架构:B/S、MVC ⑤ 开发环境:IDEA、JDK、Maven、Mysql ⑥ JDK版本：JDK1.8 ⑦ Maven包：Maven3.6 ⑧ 数据库：mysql 5.7 ⑨ 服务平台:Tomcat 8.0/9.0 ⑩ 数据库工具：SQLyog/Navicat ⑪ 开发软件：eclipse/myeclipse/idea ⑫ 浏览器：谷歌浏览器/微软edge/火狐 ⑬ 技术栈:Java、Mysql、Maven、Springboot、Mybatis、Ajax、Vue等 2、适用人群：计算机，电子信息工程等专业的学习者等, 高分毕业设计项目，也可作为课程设计和期末大作业。本资源仅是代码的压缩包，该代码适合毕业设计、课程设计作业，所有源码均经过严格测试，可以放心下载使用。有任何使用问题
R包clusterProfiler如何安装成功
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-26 9578
里面有些坑，写篇博客介绍一下。R包是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。
ClusterProfiler在线基因集富集分析，支持自定义基因集、任意物种
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09-05 1188
为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？GO和KEGG富集分析使用差异基因（上调基因，下调基因，或者上下调合起来的基因）作为输入，使用超几何分布等算法计算显著富集的GO term或者通路，然而，在实际数据处理中，这种使用p值和fold change进行一刀切获得差异基因，然后进行富集分析的分析方法，往往富集不到我们感兴趣的结果。这时，可以试试基因集富集分析（Gene set enrichment analysis，GSEA），它使用全部基因作为输入，找出具有协同差异 (concordant di
The Innovation | clusterProfiler：聚焦海量组学数据核心生物学意义
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代码分享：电影数据分析与可视化系统
07-10
项目使用教程可以关注博主的主页，有对应博客：https://blog.csdn.net/weixin_43486940 本文主要介绍如何使用python搭建：一个基于Python的电影数据分析与可视化系统 项目功能和可视化展示界面涉及以下功能模块，包括： 1、用户登录界面。 2、爬虫电影数据收集。 3、电影简介界面。根据用户偏好展示TOP10的电影。 4、搜索功能界面。按照电影名、导演、演员，模糊匹配需要搜索的电影，并展示电影详情。 5、电影数据分析可视化界面。用户选择关键词来查看数据和该分类下的数据可视化。 6、数据分析可视化包括：①电影年代、产地、类型的饼状图或柱状体、②关于电影评价的词云图分析。
【R-clusterProfiler包安装经验】
^_^
01-05 7514
前言 这几天打算开始学习一下富集分析，发现这个R中的包：clusterProfiler，遂打算下载安装，开始学习。关于安装的经验也记录一下，以后可能用得上，也可以给需要的人提供下参考。 1.下载安装方法 首先，这个包不能够通过常规的install.packages()安装，需要通过Bioconductor，这个是很多生物分析相关的包的管理器，我暂时还不是很懂，也不好瞎介绍。 在官网就有下载的介绍： Bioconductor-packages-clusterProfiler 也有很多关于这个包的介绍。 if
clusterProfiler安装或者升级中出现的版本问题
qq_42224274的博客
09-27 9354
1、之前按照官网的流程，如下，安装了该包并载入DOSE之后一直提示装不上enrich plot： ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("clusterProfiler") 2、 3、该问题的意思是R 3.4.3版本的不...
KEGG_cnetplot绘制基因—通路图（展示想要的通路）——R
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以KEGG富集结果为例 首先进行KEGG富集分析 library(clusterProfiler) de_ekp <- enricher(gene, TERM2GENE = pathway2gene, TERM2NAME = pathway2name, pvalueCutoff = 1, qvalueCutoff = 1) 1、展示前5个通路 cne
fgsea进行GSEA富集分析
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GSEA富集分析需要一个基因排序列表（a ranked list of genes），通常按logFC排序。 1. 导入包，读入差异表达数据 rm(list=ls()) setwd("working_dir") # if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") # # BiocManager::install("fgsea") library(msigdb) #...
富集分析原理和clusterProfiler包进行GO、KEGG富集分析详细说明
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概念： 基因富集分析是指对于给定一组基因根据基因组注释信息（GO、KEGG）对基因进行聚类分析，即给定的基因是不是GO中的一个功能（或KEGG中的一个通路）。 基因的功能富集的目的说明给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。 原理： 基因富集分析是通过研究给定的基因集在功能节点上是否过出现来得到关注的基因集显著注释的功能节点。通常利用超几何分布等方法计算给定基因集在某个功能（或通路）上的P值，判断给定的基因集在功能（或通路）的基因数目超过了随机的期望，是一个小概率事件。 变
TCGA|GEO可视化分析第2篇---KEGG|GO分析大全
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好的，可以通过以下步骤使用matplotlib对https://www.kaggle.com/datasets/shmilyc/baoxian进行可视化分析： 1. 导入所需库 ```python import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt ``` 2. 读取数据集 ```python data = pd.read_csv('baoxian.csv') ``` 3. 绘制数据图形 - 绘制柱状图 ```python plt.bar(data['公司'], data['数量']) plt.xlabel('公司名称') plt.ylabel('保险数量') plt.title('各保险公司保险数量对比') plt.show() ``` - 绘制饼图 ```python plt.pie(data['数量'], labels=data['公司'], autopct='%1.1f%%') plt.title('各保险公司保险数量占比') plt.show() ``` 其中，`baoxian.csv`为数据集文件名，`公司`和`数量`为数据集中的列名，可以根据需求自行修改。绘制出来的图表将会呈现各种保险公司保险数量的对比或占比情况。

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