blast
weixin_43364556
这个作者很懒,什么都没留下…
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diamond安装与使用
diamond是一个新型的blast软件,优势有:1.成对的蛋白序列比对,翻译的DNA序列比对(是blast速度的500-20000倍)2.长的read的框移比对3.需要较低的计算机配置4.各种各样的输出格式,包括blast的pairwise格式,tabular格式,xml以及物种分类等等格式。安装二进制格式安装下载数据,二进制格式wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.31/diamond-lin.原创 2020-06-11 13:49:51 · 8374 阅读 · 0 评论 -
CDD分析(rpsblast分析)研究
目录定义使用方法获取数据格式1:格式2建立数据库数据库分类NCBI-Curated DomainsNCBIfamsExternal Data Sources执行rpsblast定义CDD全名为Conserved Domain Database,它的出现是因为NCBI数据库中蛋白的序列数据在目前呈现指数级别的增加,在目前,假如依然按照序列之间的比对会导致资源的极大地浪费和消耗,因此CDD出现了,...原创 2019-11-14 15:19:48 · 9208 阅读 · 1 评论