关于启动子预测

关于启动子

启动子概念见维基百科，一个比较笼统的解释为在转录起始的阶段，RNA聚合酶需要转录因子和启动子来保证其的稳定结合，然后形成bubble，开始转录。启动子定位于转录起始位点的上游不远处。其长度分布范围可以为100-1000bp。
在原核生物中，启动子被RNA聚合酶或者α因子识别（其被结合在启动子附近的蛋白招募），原核生物比较特殊，RNA聚合酶的结合特异性是被α因子掌握的。该α因子与古细菌的转录因子β和真核生物的TFIIB是进化上同源的（TFIIB是一个通用型的转录因子，参与二类的RNA聚合酶的转录起始复合物的形成），表明真核生物和原核生物可能有一个共同的进化祖先，但是真核生物的进化更加高级。每一个原核生物的转录因子都包含一个全酶（酶分为全酶和结合酶两类），但是不同的细菌种类之间的全酶数目是不同的（种类只有几种：）。
在真核生物钟，转录起始的过程比较复杂，需要多个转录因子参与，最后募集RNA聚合酶II到启动子附近。TFIIB是一个提供转录起始复合物形成的平台的通用转录因子，他能够辅助RNA聚合酶解链双链DNA，还可以辅助RNA聚合酶确定转录起始位点。
启动子和其他的DNA元件可以协同发挥作用，比如增强子，沉默子，insulator等。

预测工具

promoterHunter

网址:http://www.phisite.org/main/index.php?nav=tools&nav_sel=hunter,该工具是一个噬菌体数据库（phiSITE）的附属工具，该数据库收集了噬菌体的各种DNA功能原件以及其他信息。
该预测工具书数据的格式为fasta，可以指定-10区域和-35区域的核苷酸Matrix（也就是不同的核苷酸在不同位置上的偏好信息）。此外还可以指定启动子区域的GC含量范围以及-10区域和-35区域之间的距离范围。输出的数据可以指定最好的N个结果。输出的示例结果如下，结果是按照打