分子动力学
weixin_43364556
这个作者很懒,什么都没留下…
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rosetta安装中的mpiCC command not found
个人经历,仅供参考原因在进行rosetta编译的过程中,虽然当前用户能够找到mpiCC,并且利用which命令能够找到mpiCC(假如which 找不到那么就用源码安装),但是编译的时候还是提示命令找不到。发现在/root/.bashrc中添加mpiCC的路径,然后source之后就可以安装,我认为主要是因为在利用sudo执行的时候会以root的身份进行编译,但是root找不到mpiCC的路径导致的...原创 2020-08-31 11:23:05 · 1431 阅读 · 0 评论 -
gmx能量最小化
文章目录作用实例制作mdp文件生成可执行文件能量最小化数据处理相关参数-s-o-e-c作用实例制作mdp文件这里制作一个用来控制能量最小化过程的mdp文件;;minim.mdp,用来作为grompp输入文件,执行后产生em.tpr文件integrater = steep ;指定算法emtol = 1000;过程终止的条件,当最大的力场小于1000kj/mol/nm的时候停止最小化emstep = 0.01;能量的步伐大小nste原创 2020-07-14 17:16:19 · 2034 阅读 · 0 评论 -
gmx genion命令
文章目录命令功能一个实例相关参数-s-o-nname-nn命令功能利用gmx grompp命令生成的tpr文件为系统添加离子。在执行gmx grompp命令之后,会对整个体系的电荷情况进行检查,正常情况下,体系的电荷应该是整数的,这里可以看到我们的系统呈现出一个小数,此时会出现一个warning。之后加离子的时候也是根据系统的正负电荷的状态来添加离子。比如这里我们是正6,那么我们可以添加6个氯离子在系统中从而形成电中性的系统。NOTE 2 [file topol.top, line 48]: Sy原创 2020-07-14 16:05:19 · 2533 阅读 · 1 评论 -
gmx grompp
文章目录命令行功能执行流程一个实例(生成tpr文件)相关参数-f-c-p命令行功能将能量最小化的mdp文件转化为可执行的tpr文件。执行流程首先建立一个mdp文件,该文件的作用是控制能量最小化的流程,随后利用gmx grompp命令将这个文件转化为可执行文件(tpr文件)。一个实例(生成tpr文件)integrator = steepemtol = 1000emstep = 0.01nsteps = 10000nstlis原创 2020-07-14 15:38:27 · 1368 阅读 · 0 评论 -
gmx solvate命令
文章目录命令行功能参数解释-cp-cs-o-p命令行功能该命令的主要功能在于为体系加入水分子基本命令为gmx solvate -cp newbox_RIB.gro -o solv_RIB.gro -p topol.top参数解释-cp指定输入的gro文件,该文件是gmx editconf输出的gro文件。-cs指定水分子的gro文件,水分子的gro文件默认情况下不用指定,默认的值为spc216.gro-o指定输出文件,输出文件为gro格式,其中将会含有大量的水分子比如这样的(Ab原创 2020-07-14 14:26:40 · 2177 阅读 · 4 评论 -
gmx editconf命令
文章目录命令行功能参数解释-f (指定输入的结构文件)-o(指定输出结果文件)-bt (盒子类型)-d (溶液与盒子的距离)-c(放在盒子中心)-box-center(指定盒子中心的位置)-angles命令行功能该命令的主要功能是将pdb或者gro文件中获取得到的分子放在一个盒子中(该盒子作为模拟的单位)参数解释-f (指定输入的结构文件)-o(指定输出结果文件)-bt (盒子类型)相当于box type的简写,用来控制要添加的盒子的类型,可选参数:triclinic:三斜方体cubic原创 2020-07-14 14:03:50 · 3564 阅读 · 0 评论 -
pipeline pilot(BIOVIA Discovery Studio)基础用法
pipeline piplot就是相当于一堆元器件,我们可以用这些元器件组成各种各样的电子产品。分类pipeline piplot中左侧的工具栏中分为三个部分(见左下部分),第一个部分为用户的自定义的工具(也就是用户自己组装好的电子产品,这一部分以用户的名称进行命名)。第二部分为DS中常用的流程(命名为Protocols),第三部分为各种组件的名称,不同的组件完成的功能不同(相当于各种元器件,命名为Components)。ChemistryChemistry中的组件的主要功能是跟化学相关的(如.原创 2020-06-16 11:23:22 · 5203 阅读 · 7 评论 -
gromacs pdb2max
gromacs在处理数据之前要将pdb文件转化为gromacs能够处理的文件格式基本命令gmx pdb2gmx -f input.pdb -o input.gro -water spce-f 参数用来指定输入的pdb文件(可以是其他格式的结构文件),该pdb文件要与力场中的粒子类型要一致,假如存在力场中不存在的原子,那么命令执行会失败。比如我利用Discovery Studio构建的抗体的pdb模型,加了H原子之后,利用gmx pdb2gmx命令就失败了,显示某些原子无法识别。不加原子的就可以.原创 2020-06-12 15:27:18 · 1650 阅读 · 1 评论 -
LAMMPS安装与使用
目录安装windows安装linux安装(centos7)利用命令行安装使用运行格式运行示例安装windows安装安装分为三步:下载安装包,lammps,lammps-mpi,mpich2,这里的安装包是64位的,32位对应的包去上面提到的网站去下载对应的包。lammps的包可以选择较新的版本来安装。双击安装,注意第三个包是为lammps运行提供一些基本文件的,假如第三个不安装会提示d...原创 2020-02-17 17:35:17 · 6089 阅读 · 2 评论