gmx genion命令

命令功能

利用gmx grompp命令生成的tpr文件为系统添加离子。在执行gmx grompp命令之后，会对整个体系的电荷情况进行检查，正常情况下，体系的电荷应该是整数的，这里可以看到我们的系统呈现出一个小数，此时会出现一个warning。之后加离子的时候也是根据系统的正负电荷的状态来添加离子。比如这里我们是正6，那么我们可以添加6个氯离子在系统中从而形成电中性的系统。

NOTE 2 [file topol.top, line 48]:
  System has non-zero total charge: 6.000002
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

一个实例

gmx genion -s ion.tpr -o solv-RIB.gro -p topol.gro -nname CL -nn 6
命令执行后会让选择将来替换为离子的时候选择哪些分子来执行。

Reading file topol.tpr, VERSION 5.1.4 (single precision)
Reading file topol.tpr, VERSION 5.1.4 (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 6 CL ions.
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 51192 elements
Group     1 (        Protein) has  3381 elements
Group     2 (      Protein-H) has  1724 elements
Group     3 (        C-alpha) has   227 elements
Group     4 (       Backbone) has   681 elements
Group     5 (      MainChain) has   906 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has  1111 elements
Group     7 (    MainChain+H) has  1125 elements
Group     8 (      SideChain) has  2256 elements
Group     9 (    SideChain-H) has   818 elements
Group    10 (    Prot-Masses) has  3381 elements
Group    11 (    non-Protein) has 47811 elements
Group    12 (          Water) has 47811 elements
Group    13 (            SOL) has 47811 elements
Group    14 (      non-Water) has  3381 elements
Select a group: 13
Selected 13: 'SOL'
Number of (3-atomic) solvent molecules: 15937

Processing topology

Back Off! I just backed up temp.topDDa7Ex to ./#temp.topDDa7Ex.1#
Replacing 6 solute molecules in topology file (topol.top)  by 0 NA and 6 CL ions.

Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.3#
Replacing solvent molecule 1600 (atom 8181) with CL
Replacing solvent molecule 4436 (atom 16689) with CL
Replacing solvent molecule 3496 (atom 13869) with CL
Replacing solvent molecule 14523 (atom 46950) with CL
Replacing solvent molecule 14838 (atom 47895) with CL
Replacing solvent molecule 2529 (atom 10968) with CL

我们这里选择水分子来替换为氯离子。

(Abs_Met_Oxydation) [fanxuezhe@fanxuezhe test_gro_pdb]$ tail solv_RIB.gro 
16158SOL     OW51172   7.876   7.872   7.968
16158SOL    HW151173   7.906   7.800   7.906
16158SOL    HW251174   7.837   7.832   8.051
16159CL      CL51175   0.940   3.560   6.490
16160CL      CL51176   1.592   5.353   7.211
16161CL      CL51177   0.083   6.844   6.608
16162CL      CL51178   2.272   0.813   4.975
16163CL      CL51179   6.136   7.644   4.609
16164CL      CL51180   7.755   0.063   4.342
   8.02702   8.02702   8.02702

通过检查文件的结尾处的信息，我们可以看出有6个水分子被替换为了CL。
下面是原来的gro文件的最后几行，可以看出编号从16158到16164的水分子被替换为氯离子。

(Abs_Met_Oxydation) [fanxuezhe@fanxuezhe test_gro_pdb]$ tail \#solv_RIB.gro.2# 
16162SOL     OW51184   7.523   7.793   7.481
16162SOL    HW151185   7.431   7.765   7.452
16162SOL    HW251186   7.554   7.870   7.425
16163SOL     OW51187   7.520   7.614   7.766
16163SOL    HW151188   7.503   7.697   7.712
16163SOL    HW251189   7.610   7.577   7.744
16164SOL     OW51190   7.876   7.872   7.968
16164SOL    HW151191   7.906   7.800   7.906
16164SOL    HW251192   7.837   7.832   8.051
   8.02702   8.02702   8.02702

相关参数

-s

指定gmx grompp命令生成的tpr文件

-o

指定新生成的gro文件的名称，在这个文件里将会显示出新增加的氯离子。

-nname

表明要新增加的负电原子的种类，可以根据体系的性质进行添加，系统带5个正电，则可以加上带5个负电的离子，默认是CL离子

-nn

指定添加的带负电离子的个数

-pname

与-nname类似，用来表明要添加的正离子的类型，默认为NA离子（钠离子）

-np

与nn类似，表明要添加的正离子的个数