gmx genion命令

命令功能

利用gmx grompp命令生成的tpr文件为系统添加离子。在执行gmx grompp命令之后，会对整个体系的电荷情况进行检查，正常情况下，体系的电荷应该是整数的，这里可以看到我们的系统呈现出一个小数，此时会出现一个warning。之后加离子的时候也是根据系统的正负电荷的状态来添加离子。比如这里我们是正6，那么我们可以添加6个氯离子在系统中从而形成电中性的系统。

NOTE 2 [file topol.top, line 48]:
  System has non-zero total charge: 6.000002
  Total charge should normally be an integer. See
  http://www.gromacs.org/Documentation/Floating_Point_Arithmetic
  for discussion on how close it should be to an integer.

一个实例

gmx genion -s ion.tpr -o solv-RIB.gro -p topol.gro -nname CL -nn 6
命令执行后会让选择将来替换为离子的时候选择哪些分子来执行。

Reading file topol.tpr, VERSION 5.1.4 (single precision)
Reading file topol.tpr, VERSION 5.1.4 (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 6 CL ions.
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 51192 elements
Group     1 (        Protein) has