ChAMP 分析甲基化芯片数据-归一化篇

最新推荐文章于 2021-11-21 10:28:43 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079053
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这篇博客介绍了ChAMP库用于甲基化芯片数据分析的四种归一化方法：BMIQ、PBC、SWAN和FunctionalNormalization。归一化旨在减少样本间差异，通过对探针的beta值进行校正。文中展示了每种方法前后beta值的变化，并指出SWAN和FunctionalNormalization对数据的调整较大，而BMIQ和PBC调整较小。
摘要由CSDN通过智能技术生成

champ.norm 函数提供了归一化的功能，支持下列4种归一化的算法：

  1. BMIQ
  2. PBC
  3. SWAN
  4. FunctionalNormalization

其中BMIQ和PBC 算法都是只针对探针的beta 矩阵进行归一化，而SWAN和FunctionalNormalization则需要在数据导入阶段采用minfi的算法。
函数用法示例

myNorm <- champ.norm()
[===========================]
[>>>>> ChAMP.NORM START <<<<<<]
champ.norm Results will be saved in ./CHAMP_Normalization/
[ SWAN method call for BOTH rgSet and mset input, FunctionalNormalization call for rgset only , while PBC and BMIQ only needs beta value. Please set parameter correctly. ]
<< Normalizing data with BMIQ Method >>
Note that,BMIQ function may fail for bad quality samples (Samples did not even show beta distribution).
3 cores will

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