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FastQC软件用于评估测序数据的质量,官网如下
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
安装过程如下
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
unzip fastqc_v0.11.7.zip
解压缩之后,在FastQC
目录下有一个可执行文件fastqc
, 可以输入以下命令查看软件的帮助信息
fastqc --help
对于单端数据,基本用法如下
fastqc -o out_dir -t 10 input.fq
对于双端数据,基本用法如下
fastqc -o out_dir -t 10 R1.fq R2.fq
需要注意的是,输出目录必须手动新建。
fastqc会从以下几个方面进行汇总和评估
1. Basic Statistics
这部分给出序列的基本信息,包括文件名,序列类型,碱基质量编码类型,碱基总数,序列长度,GC含量等信息,示意如下<