FastQC评估测序数据的质量

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FastQC软件用于评估测序数据的质量，官网如下

http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

安装过程如下

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
unzip fastqc_v0.11.7.zip

解压缩之后，在FastQC目录下有一个可执行文件fastqc, 可以输入以下命令查看软件的帮助信息

fastqc --help

对于单端数据，基本用法如下

fastqc -o out_dir  -t 10 input.fq

对于双端数据，基本用法如下

fastqc -o out_dir  -t 10 R1.fq R2.fq

需要注意的是，输出目录必须手动新建。

fastqc会从以下几个方面进行汇总和评估

1. Basic Statistics

这部分给出序列的基本信息，包括文件名，序列类型，碱基质量编码类型，碱基总数，序列长度，GC含量等信息，示意如下<