使用phantompeakqualtools进行cross correlation分析

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ENCODE官方提供了chip_seq分析的pipeline以供参考，在peak calling前的预处理环节，流程示意如下

可以看到其中包含了一个名为phantompeakqualtools的工具，这个工具可以进行cross-correlation分析，计算得到NSC和RSC两个指标值，软件的源代码保存在github上，网址如下

https://github.com/kundajelab/phantompeakqualtools

安装过程如下

docker run -it -v /home:/home --rm centos
yum install -y epel-release
yum install -y R
yum install -y wget
yum install -y ncurses-devel bzip2 libcurl libcurl-devel
# samtools
wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar xjvf samtools-1.9.tar.bz2
cd samtools-1.9
./configure
make
make install
# R
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rsamtools", version = "3.8")
instal