使用FusionMap检测融合基因

最新推荐文章于 2023-03-09 09:26:11 发布
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分类专栏： 转录组 文章标签： fusionmap 融合基因
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融合基因是指两个或者多个基因联合起来，共同转录形成一个转录本，融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记，常见的有以下几种

  1. bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中；
  2. AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中；
  3. CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo型白血病的分子标志；
  4. PML/RARα融合基因是急性早幼粒细胞白血病(APL)的分子标志

利用RNA_seq的数据，我们可以检测融合转录本，从而识别融合基因。 fusionMap就是这样的一款工具，官网如下

http://www.arrayserver.com/wiki/index.php?title=FusionMap

通过两种方式来检测融合基因

  • 对于没有比对上基因组的序列，即unmapped reads, 通过识别Fusion junction-spanning reads 来识别融合基因；这部分reads覆盖到了融合基因的连接点，在连接点两侧的序列分别比对到构成融合的多个基因上
  • 对于比对上基因组的reads, 通过识别 Inter-transcript read pairs来识别融合基因，这部分reads虽然没有直接覆盖连接点，但是其R1端和R2端分别比对到不同的基因
    示意图如下
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专栏目录
FusionCharts之FusionMap自定义动态地图
lovedaysmile的专栏
10-12 1855
近日，本人一直在研究如何使用FusionMaps实现自定义动态地图，至今，终于有了成果，完全实现了自定义地图的功能，接口同官方网站相同，可以直接使用。针对全国各省、市、自治区以及县等行政区域都可以实现自定义地图。 FusionMap介绍： FusionMaps利用动态的和互动式的Flash地图帮助您按类别，地区或实体显示地理数据。你可以用它有效地按以...
fusionMaps
04-09
FusionMaps for Flex works with Flex Builder 2, Flex Builder 3, Flash Builder 4 and the Flex SDK.
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showx的专栏
04-02 319
fusionmap是一个很好用的地图插件。
基因融合检测：1、基因融合数据库、融合检测软件汇总
qq_40815731的博客
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基因融合检测
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09-11
FusionMap组件里的中国各省市的地图SWF文件
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01-15
中国各个省的城市的enityId完整版 方便修改显示的地图名称
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05-30
fusionMap 的国内全部省份的swf以及世界地图有19张，全部已经破解，去除水印和恶心的超链接，放心下载
fusion-test:DNAseq 和 RNAseq 融合检测脚本-开源
06-28
fusion_test.sh 是一个 shell 脚本，用于检测 DNAseq 或 RNAseq 中的融合。 它使用 chimerascan、SOAPfuse、MapSplice2、FusionMap、fusioncatcher、TopHat 和 EricScript。 chimerascan 的输出文件由 Jinja 和 ...
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04-16
本文将深入探讨“广东地图 fusionMap纯手工打造”这一主题，结合提供的描述和标签，我们将重点关注如何使用FusionMap创建自定义的广东地图以及相关配置。 首先，FusionMap是一款基于JavaScript的地图组件，它可以...
tophat-fusion介绍使用
02-08
tophat-fusion介绍使用，详细讲解了tophat，bowtie，tophat-fusion，cufflink软件，以及RNA-seq的使用过程
Map2DFusion, 这是一个开源的论文实现.zip
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Map2DFusion, 这是一个开源的论文实现 Map2DFusion简介这是一篇论文的开源实现： Map2DFusion: 基于单目标的实时增量无人机图像拼接。网站：http://zhaoyong.adv-ci.com/map2dfusion/视频：https://www.y
fusionMap和amMap比较
dananhai381的专栏
01-04 4240
   fusionMap和amMap都是使用flash实现地理数据的显示，功能类似，有一些细微的差别，如下：    FusionMap特征：         1）使用xml进行交互，这点和fusionChart区别不大         2） 可以实现resize         3） 支持tooltip, legend link range（区域选择）         4） 地图省名可以修改         5） 支持添加marker，就是自定义图标    Ammap特征：         1） 缩放：可
FusionMap 检测融合基因
weixin_34074740的博客
03-09 1074
定义：融合基因是指两个或者多个基因联合起来，一起转录形成一个转录本； 检测的意义：融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记，比如 　　bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中； 　　AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中； 　　CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo型白血病的分子标志； 　　PML/RARα融合基因是急性早幼粒细胞白血病(APL)的分子...
FusionMaps的使用(一)
家宝熊猫
08-02 4259
FusionMaps是FusionCharts旗下一个重要产品，该FusionMaps包是一个基于316种flash矢量来显示相关的地理分区数据的不同类型的地图的集合。在网站和应用程序中使用是非常合适的。每个地图使用一个XML API来扩展其性能。设置使用地图仅需要几分钟的时间，不涉及任何源代码的修改。所有您做的是在XML文件中提供数据就可以了。官网文档：http://www.fusioncharts.com/maps/docs/下载地址：http://www.fusioncharts.com/maps/D
mysql基因测序_基因融合检测数据库介绍
weixin_35900383的博客
02-08 679
点击蓝字 关注我们 基因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序的发展，我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因，所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。 TumorFusions(https://www.tumorfusions.org/)提到高通量测序的数据，肯定...
【bioinfo】融合检测软件FusionMap分析流程和报告结果
lillianqdzpw
03-09 915
下面主要内容是关于RNA-seq数据分析融合，用到软件是FusionMapFusionMap参考文献融合分析使用哪个软件，哪个软件表现较好，在Biostarts发现一个问答列举了一些软件（看这里），里面有STAR-Fusion, STAR-Fusion, deFuse, FusionCatcher等30多个融合分析软件，其中约20多个软件的文献发表于2011-2013年，FusionMap软件的文献也发表与2011年。
使用EricScript进行融合基因的分析
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11-14 676
欢迎关注”生信修炼手册”!在众多评测融合基因软件的文章中，EricScript这款软件还是名列前茅的，值得一试。该软件的网站如下https://sites.google.com/site...
揭秘转录组分析中的融合基因鉴定
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11-11 2165
欢迎关注”生信修炼手册”!对于疾病或者肿瘤相关的转录组数据，除了进行基础的差异分析外，还可以从可变剪切，融合基因，SNP等各种角度挖掘相关的信息，本文主要介绍下转录组中的融合基因鉴定。首...
matlab线性选择两种运动目标检测的结果
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06-08
可以使用 MATLAB 中的线性选择方法来融合两种运动目标检测的结果，以下是一些具体步骤： 1. 准备两种不同的运动目标检测算法的结果。每种算法都应该生成一幅显著图像，用于表示每个像素的显著性程度。 2. 将两种显著图像进行归一化，使它们的像素值在[0,1]范围内。可以使用 MATLAB 中的函数“mat2gray”来进行归一化。 3. 对两种显著图像进行线性组合，得到融合后的显著图像。可以使用以下公式进行线性组合： `fusionMap = a * saliencyMap1 + (1 - a) * saliencyMap2` 其中，`a`是一个权重因子，表示对第一种显著图像的重要程度。可以根据实际情况调整`a`的值。 4. 对融合后的显著图像进行阈值处理，得到二值化的显著图像。可以使用 MATLAB 中的函数“imbinarize”来进行阈值处理。 以下是一个简单的示例代码，演示如何使用线性选择方法融合两种运动目标检测的结果： ```matlab % 加载两种显著图像 saliencyMap1 = imread('saliencyMap1.jpg'); saliencyMap2 = imread('saliencyMap2.jpg'); % 归一化显著图像 saliencyMap1 = mat2gray(saliencyMap1); saliencyMap2 = mat2gray(saliencyMap2); % 线性组合显著图像 a = 0.8; fusionMap = a * saliencyMap1 + (1 - a) * saliencyMap2; % 阈值处理融合后的显著图像 threshold = graythresh(fusionMap); binaryMap = imbinarize(fusionMap, threshold); % 显示结果 figure(1); imshow(saliencyMap1); title('Saliency map 1'); figure(2); imshow(saliencyMap2); title('Saliency map 2'); figure(3); imshow(fusionMap); title(sprintf('Fusion map (a=%.2f)', a)); figure(4); imshow(binaryMap); title('Binary map'); ``` 需要注意的是，线性选择方法只是一种简单的融合方法，可能无法充分利用两种检测算法的优势。可以考虑使用更复杂的融合方法，例如基于深度学习的融合方法，来提高检测性能。

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