量子化学程序ORCA的安装方法

weixin_43582760

已于 2024-09-03 19:22:46 修改

阅读量1k

点赞数 13

文章标签： linux

于 2024-09-03 17:10:33 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43582760/article/details/141857004

版权

量子化学程序ORCA的安装方法

本文主要讲解如何在linux系统下安装orca，以及处理安装时常见的问题。

一、注册orca论坛的账号并下载安装包

ORCA官网和ORCA论坛是绑定的。进入官网注册新用户，登陆后进入论坛，页面上方有Download按钮，进去就可以下载了。以下为注册后的页面，上方有一个download.
https://orcaforum.kofo.mpg.de/
在这里插入图片描述

目前orca更新到了6.0.0版本，我们以安装这个版本为例。

选择linux版本，注意他的介绍指明了需要安装OpenMPI 4.1.6.

download，这是一个.run的可执行文件，下载好之后，在终端中进入文件所在的文件夹，直接在终端执行：

./orca_6_0_0_linux_x86-64_shared_openmpi416.run

如果需要执行权限，那就输入然后再执行上一步:

chmod 777 *.run

默认的安装目录是根目录下 ~/orca_6_0_0
而且会直接加入环境中，不放心可以修改bashrc文件：
在终端执行

vim ~/.bashrc

在末尾添加内容

# ORCA 6.0.0 secion
export LD_LIBRARY_PATH=/home/zwbai/orca_6_0_0:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/home/zwbai/orca_6_0_0:$PATH
alias orca6=/home/zwbai/orca_6_0_0/orca
# ORCA end

保存修改的环境

source  ~/.bashrc

二、安装OpenMPI

ORCA在Linux下是通过OpenMPI这种MPI库实现并行的，并行方式运行ORCA之前需要先编译OpenMPI库。ORCA文件包的文件名当中直接体现了要求的OpenMPI库版本，比如文件名里有openmpi416就代表需要OpenMPI 4.1.6。

https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.1/
在这里插入图片描述

1、下载openmpi

所有版本的OpenMPI源代码都包可以在https://www.open-mpi.org上下载，4.1.6的下载地址为:

https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.6.tar.bz2

先检查机子有没有装gcc和gfortran编译器，没有的话必须先装上。比如对于CentOS或Rocky Linux，分别运行yum install gcc、yum install gcc-gfortran就能安装。特别要注意，如果只装了gcc而没装gfortran，虽然OpenMPI能正常编译完成，但是此时会由于没有Fortran的接口而导致之后ORCA没法正常并行运行。
ubuntu系统，运行：

sudo apt install gcc
sudo apt install gfortran

2、将文件上传到服务器并解压

将文件上传到服务器并解压，用诸如tar -xf openmpi-4.1.6.tar.bz2命令解压OpenMPI压缩包，进入此目录

3、配置安装路径，编译并安装，安装路径自定义

./configure --prefix=/usr/local/openmpi
make
make install

注意这里安装在了 usr/local/openmpi 目录下

4、设置环境变量，路径为自己安装的路径

vim ~/.bashrc

同样添加内容，注意路径保持一致，这里是 usr/local/openmpi

MPI_HOME=/usr/local/openmpi
export PATH=${MPI_HOME}/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:$MANPATH

保存修改的环境

source  ~/.bashrc

5、验证安装成功，测试一下自带的例子

可以运行 mpiexec -V 命令，如果正常显示出了OpenMPI的版本，就说明已经装好了。

users:~$ mpiexec -V 
mpiexec (OpenRTE) 4.1.6

Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/

cd openmpi-4.1.6/examples
make
mpirun -np 4 hello_c

三、其它

接下来你可以去测试一些orca的算例
orca的算例

有些系统如CentOS自带了名为orca的带有图形界面的没什么用的屏幕阅读器程序，直接输入orca命令启动的是那个程序，和本文的ORCA毫无联系。应当用rpm -e orca命令将自带的那个orca卸载掉。

如果你是在root用户下使用ORCA，由于OpenMPI的一个恶心的要求，必须每次执行的命令都带着-allow-run-as-root选项才行，这很烦人。可以在.bashrc里加入以下两行来避免，这在root用户在用openmpi并行计算时避免加–allow-run-as-root的方法里也说过：

export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

如果你的机子里之前装有其它MPI库或OpenMPI的其它版本，且在终端里输入which mpiexec命令的时候指向的是那些库的目录，则ORCA有极大可能会无法正常并行，需要你恰当处理以避免其优先级盖过你自己新装的OpenMPI。具体怎么处理，关键取决于你当前机子里之前具体是怎么装的MPI库。如果你之前是把其它MPI库装到了你自定义的目录下而非默认的/usr/local/bin下面，你就把那个MPI库的目录名随便改一下，或者把那个MPI库在.bashrc里的配置语句注释掉（前面加#号）然后重新登录终端。如果其它MPI被你安装到了默认路径（如/usr/local下），可以把前文的

$PATH:/sob/openmpi416/bin改为/sob/openmpi416/bin:$PATH
$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi416/lib改为/sob/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH