海马森堡-CSDN博客

原创 Linux + MacOS 下的 ORCA 安装与配置方法

最近需要用 ORCA 算点东西，老板在服务器上很大方地给了 50 G 空间，目前够用，因此先在服务器上装一个。如果后面服务器上个人主目录空间不够了，再考虑在本地装一个。因此本文先对 Linux 版的安装做一个记录。

2024-06-30 21:28:57 826

原创 Linux 下 Multiwfn 与 VMD 的安装配置与简单使用

书接上回，上次分享了 Gaussian 和 GaussView 的 Linux 安装，现在继续来安装 Multiwfn 和 VMD。但看得出，Multiwfn 绘制的轨道效果并不理想，因此还需要安装 VMD 来配合使用。下面的内容都是照搬的手册，实在懒得自己翻的可以参考一下。老规矩，下面的内容都是照搬的手册，看到这的可以自己去照着手册安装了，是在懒得翻手册的可以参考下面的步骤。文件转化来的，转化的方法是调用 Gaussian 安装目录 (假设为。Multiwfn 的安装其实没什么好说的，从。

2024-06-27 23:46:41 1076

原创 Linux 下 Gaussian + Gaussview 的快速安装与简洁配置

最近老板让用 Gaussian 算一些东西，并用 Gaussview 看个电荷分布，再用 Multiwfn 画一下分子轨道。但自己的设备是 MacOS，不太好装 Multiwfn，于是打算虚拟一个 Linux，在 Linux 下装这几款软件。不过实际上我没装虚拟机，而是使用了组里 Linux 服务器自带的图形界面。没有服务器的话，装一个带图形界面的 Ubuntu 或 CentOS 即可，本质上是一样的，这里记录下安装过程供参考。

2024-06-27 19:03:54 1200

原创单分子科学原理与模型笔记 Part IV

对于抛物线形势能曲线，有：V(R)≈V(R0)+(1//2)V′′(R0)(R−R0)2V(R)\approx V(R_0) + (1//2)V''(R_0)(R-R_0)^2V(R)≈V(R0)+(1//2)V′′(R0)(R−R0)2V(x)≈(1/2)γ0x2V(x)\approx (1/2)\gamma_0x^2V(x)≈(1/2)γ0x2若拉力 fff 作用在分子上使其发生拉伸 dxdxdx，则有：dW=−fdxdW = -fdxdW=−fdx等于势能改变量：−fdx=

2024-06-26 11:25:29 248

原创单分子科学原理与模型笔记 Part III

的分布越宽，相同的计数速率 (count rate) 下，一定时间间隔内可包含更多光子。这种现象称为 super-Poisson 或 photon bunching，光子到达时间相互关联，以便于有效进行相互吸引。一旦光子发射，原子就不能在发生另一个光子，直到下一次激发的发生。Super- 的含义是连续光子之间是相互吸引的，而不是排斥。，在一定时间间隔内检测到各种数量的光子的概率加起来应该等于 1。现在考虑 FRET 效率是时间的函数的情况。之间检测到下一个光子的概率为 (假如上一个光子是在。

2024-06-26 11:23:02 639

原创单分子科学原理与模型笔记 Part II

Chapter IV How Molecules Explore Their Energy LandscapesPotential energy of a dihydrogen moleculeV(R)≈V(R0)+(1/2)V′′(R0)(R−R0)2V(R)\approx V(R_0) + (1/2)V''(R_0)(R-R_0)^2V(R)≈V(R0)+(1/2)V′′(R0)(R−R0)2The energy landscape是一个联系物理状态和能量的连续函数 f:X→Rf:

2024-06-25 13:13:50 242

原创单分子科学原理与模型学习笔记 Part I

这学期选的一门课，期末是开卷，考试可以随意携带纸质资料，甚至还能使用 15 分钟的讲台电脑。为了防止笔记里图片打印有不清楚的地方，在这里也放一份，以备不时之需。这份笔记完全参考了这本书：基本上没有额外补充的内容，只是根据自己的理解划分了四个板块 (其实只是上传字数有限制)。

2024-06-25 13:07:00 982

原创得到数组置换的快速迭代方法及实例

生成排列的顺序是按字典序排列的，如果原始序列是按升序排列的，那么生成的排列也是按升序排列的，通过下图就可以明白。这样就得到了所有数组 a 的全部行置换的结果。最简单直接的做法是循环嵌套，但这样代码过于冗长，执行速度慢。其置换后的结果可表示为。

2024-05-23 16:25:32 333 1

原创 Numpy 的数组副本创建注意事项

的赋值操作不会创建 arr1 的副本，而是让 arr2 和 arr1 指向同一个数组对象。因此，对 arr2 的任何修改也会影响 arr1，因为它们引用的是同一个数组。查找相关资料后发现原来是因为在Python中，形如。此外，经过测试发现，Fortran中是可以通过。可见，此时可以独立的修改 arr2。

2024-05-22 12:44:37 267

qq_51990563的博客