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论文写作
文章平均质量分 69
素材积累
这个作者很懒,什么都没留下…
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Mac中在Matlab中安装Mosek
我的电脑macOS Catalina 版本 10.15.4 Matlab R2019b首先我下载最新版本mosek到/Users/name目录中(name是你电脑的名字);在命令行输入:conda install -c mosek mosek再在命令行输入:python /Users/name/mosek/8/tools/platform/osx64x86/bin/install.py以上安装标准可在官方安装文档中找到:https://docs.mosek.com/8.1/install原创 2020-06-10 15:38:15 · 1658 阅读 · 1 评论 -
ROC曲线/AUC(全)
一个没有过拟合的二分类器的ROC应该是梯度均匀的;ROC曲线有个很好的特性:当测试集中的正负样本的分布变化的时候,ROC曲线能够保持不变。而Precision-Recall曲线会变化剧烈,故ROC经常被使用。绘制roc曲线例子;https://zhuanlan.zhihu.com/p/25975280什么是roc曲线,含有python代码:https://zhuanlan.zhi...原创 2019-10-28 23:57:38 · 1759 阅读 · 0 评论 -
Quantile-Quantile plot of the p-values. (Q-Q plot)
**Q-Q图主要可以用来回答这些问题:**(1)两组数据是否来自同一分布(2)两组数据的尺度范围是否一致(3)两组数据是否有类似的分布形状前面两个问题可以用样本数据集在Q-Q图上的点与参考线的距离判断;而后者则是用点的拟合线的斜率判断。用Q-Q图来分析分布的好处都有啥?(1)两组数据集的大小可以不同可以回答上面的后两个问题,这是更深入的数据分布层面的信息。Q-Q图怎么画呢?将...原创 2019-10-28 18:13:31 · 997 阅读 · 0 评论 -
评价分类器性能:
评价分类器性能:https://www.cnblogs.com/Zhi-Z/p/8728168.html原创 2019-10-28 16:50:14 · 226 阅读 · 0 评论 -
一些常见的距离
1.出租车几何或曼哈顿距离(Manhattan Distance):例如在平面上,坐标(x1, y1)的i点与坐标(x2, y2)的j点的曼哈顿距离为:d(i,j)=|X1-X2|+|Y1-Y2|.2.切比雪夫距离(Chebyshev distance)或是L∞度量https://blog.attack204.com一个人的博客3.常见距离和相似性https://www.cnblo...转载 2019-03-07 09:33:49 · 496 阅读 · 0 评论 -
聚类算法
一.划分法划分法(partitioning methods),给定一个有N个元组或者纪录的数据集,分裂法将构造K个分组,每一个分组就代表一个聚类,K<N。而且这K个分组满足下列条件:(1) 每一个分组至少包含一个数据纪录;(2)每一个数据纪录属于且仅属于一个分组使用这个基本思想的算法有:K-MEANS算法、K-MEDOIDS算法、CLARANS算法;二.层次法层次法(hierar...转载 2019-03-07 10:13:08 · 478 阅读 · 0 评论 -
Kmeans Algorithm
[Idx,C,sumD,D]=Kmeans(data,3,’dist’,’sqEuclidean’,’rep’,4)等号右边:Kmeans:K-均值聚类data是你自己的输入数据3 是你要聚成3类dist sqEuclidean 这2个参数,表示距离函数为欧式距离。’rep’,4 聚类重复次数4次。因为要反复算直到选出最好的结果,至多反复算4次等号左边:Idx 是你聚类的标号C...转载 2019-03-07 11:26:07 · 374 阅读 · 0 评论 -
贯穿时域与频域的方法——傅立叶分析(直观理解+Matlab实现)
https://blog.csdn.net/qq_33414271/article/details/79117586转载 2019-03-19 21:22:12 · 782 阅读 · 0 评论 -
.SCI-HUB搜索引擎(强大无比,只要有网就能下载你要的文献,无需购买数据库)http://sci-hub.tw/
https://baijiahao.baidu.com/s?id=1616563875440376059&wfr=spider&for=pc特别推荐:.SCI-HUB搜索引擎(强大无比,只要有网就能下载你要的文献,无需购买数据库)http://sci-hub.tw/...转载 2019-03-16 11:16:37 · 8616 阅读 · 0 评论 -
序列操作工具箱
http://www.detaibio.com/sms2/index.html转载 2019-03-20 14:53:17 · 390 阅读 · 0 评论 -
NCBI上基因前面有个accession(编号)分别有NC是什么意思
http://www.360doc.com/content/15/0508/10/25341642_468924604.shtml转载 2019-03-21 18:47:57 · 23745 阅读 · 0 评论 -
细菌之家
http://www.bacteria.cn/html/2017/2171.html转载 2019-03-09 19:30:25 · 445 阅读 · 0 评论 -
机器学习算法复习--层次聚类2
https://blog.csdn.net/M1M1M16/article/details/79415871https://www.cnblogs.com/wentingtu/archive/2012/01/04/2311533.html转载 2019-02-27 15:00:56 · 215 阅读 · 0 评论 -
回忆关于细菌的一点点小知识 1
细菌的DNA主要存在于未成形的细胞核中:细胞核是遗传的控制中心,里面有遗传基因,细菌没有核膜,只有遗传物质集中的部位,故细菌的基因存在于未成形的细胞核中;原核细胞的dna主要存在于拟核内。鞭毛可以使细菌运动。当细胞壁增厚的时候,细菌能够形成一个椭圆形的休眠体,叫做芽孢,以抵抗不良环境。细胞膜的作用是控制物质的进出,使有用的物质出不去,有害的物质也进不来。原核细胞和真核细胞的概念:(1)原核...翻译 2018-11-08 21:48:26 · 16403 阅读 · 0 评论 -
研究物种的系统进化关系的一些方法
1.《A novel fast vector method for genetic sequence comparison》:(1)考虑嘌呤,嘧啶,酮,每两个为一个字母,共23=6个字母;(2)每个字母有个数,位置,二阶距,形成18维向量;(3)距离矩阵(欧式距离);(4)UPGMA建树;(5)和Clustal比较Supplementary information accompanie...翻译 2018-11-20 22:06:28 · 1397 阅读 · 0 评论 -
生物基础知识---CDS,基因,Matlab生物信息工具箱
1.CDS(Sequence coding for aminoacids in protein)蛋白质编码区2.每个基因中都有编码区与非编码区,其中真核生物编码区又含有外显子与内含子,但真核生物的基因中也有无内含子的例外.如组蛋白基因和干扰素基因就没有内含子.编码区为编码蛋白质的有效基因片段.非编码区不编码蛋白质。 3.编码区是细胞DNA的一部分,基因分为:编码区,非编码区。编码区是指能够转...翻译 2018-11-21 14:49:00 · 15947 阅读 · 0 评论 -
一些英文含义
Multiple sequence alignment (MSA) :多序列比对*i.e.= that is / that is to say “即,也就是”Hausdorff distance:*Multiple Sequence Alignment:MSA 多序列比对 耗时长,2011赵博给了例子discrete Fourier transformation (DFT):...翻译 2018-11-21 15:05:27 · 461 阅读 · 0 评论 -
距离矩阵(暂存)
在生物信息学中,距离矩阵用来表示与坐标系无关的蛋白质结构,还有序列空间中两个序列之间的距离。这些表示被用在结构比对,序列比对,还有在核磁共振,X射线和结晶学中确定蛋白质结构。基于DNA分子标记数据构建系统进化树的新策略DSP+MEGAMEGA使用手册(没实验成功):https://wenku.baidu.com/view/900906f2f90f76c661371ad8.html导入距离...翻译 2018-11-26 21:45:32 · 4988 阅读 · 0 评论 -
好用的学术搜索网站
如何准确高效的获得自己相关研究领域的科技论文,是衡量一个科研人员素质的基本度量。1.谷歌学术 VS bing学术http://www.360doc.com/content/15/1103/21/8291254_510532536.shtml2.最好用的当属谷歌学术,可惜目前还不能愉快的登陆,需要使用代理、插件或更改host等方法,网上有许多方法可参考。网址:https://scholar....转载 2018-11-26 21:54:46 · 1045 阅读 · 0 评论 -
可以直接访问网址“glgoo.com”或“scholar.glgoo.com”便可以直接打开谷歌或谷歌学术
可以直接访问网址“glgoo.com”或“scholar.glgoo.com”便可以直接打开谷歌或谷歌学术转载 2018-11-26 22:35:18 · 5868 阅读 · 0 评论 -
什么是SCI
**美国《科学引文索引》(Science Citation Index, 简称 SCI )于1957 年由美国科学信息研究所(Institute for Scientific Information, 简称 ISI)在美国费城创办,是由美国科学信息研究所(ISI)1961 年创办出版的引文数据库。SCI(科学引文索引)、EI(工程索引)、ISTP(科技会议录索引)是世界著名的三大科技文献检索系统,...转载 2018-11-27 08:34:37 · 8934 阅读 · 0 评论 -
SCI/SCIE/SSCI/期刊简介及官方查询验证方法
SCI/SCIE/SSCI的查询验证链接如下,直接搜索期刊名字(注意,一般是精确匹配,要完全写对名字):SCI查询:http://mjl.clarivate.com/cgi-bin/jrnlst/jlsearch.cgi?PC=KSCIE查询:http://mjl.clarivate.com/cgi-bin/jrnlst/jlsearch.cgi?PC=DSSCI查询:http://mjl....转载 2018-11-27 10:57:53 · 20827 阅读 · 2 评论 -
论文相关的扫盲
1.《科学引文索引》(Science Citation Index, 简称 SCI )于1957 年由美国科学信息研究所(Institute for Scientific Information, 简称 ISI)在美国费城创办。SCI(科学引文索引)、EI(工程索引)、ISTP(科技会议录索引)是世界著名的三大科技文献检索系统,是国际公认的进行科学统计与科学评价的主要检索工具,其中以 SCI 最...转载 2018-11-27 11:14:18 · 341 阅读 · 0 评论 -
生物序列 批量下载数据
http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-1024373.html从NCBI批量下载序列https://edwards.sdsu.edu/research/ncbi-sequence-or-fasta-batch-download-using-entrez/Three easy ways to download multiple sequences from ...转载 2018-12-23 22:56:42 · 1960 阅读 · 0 评论 -
生物分类学
生物分类学通常直接称分类学(英语:taxonomy)是一门研究生物类群间的异同以及异同程度,阐明生物间的亲缘关系、基因遗传、物种进化过程和发展规律的基础科学。界(域):Kingdom门:Phylum纲:Class目:Order科:Family属:Genus种:Species原核生物界 Kingdom Monera原生生物界 Kingdom Protista真菌界 Kingdom...转载 2019-01-24 21:38:12 · 4108 阅读 · 0 评论 -
【转】审稿的一些注意事项
【转】审稿的一些注意事项一.写作中需要注意的1.看论文,查单词。关于英文:如果对自己写的某个词,或句子不是很有信心,那就放到google里搜一下,很容易找到相似的语句。语法有错误的时候一般会写minus mistakes,但是这真不minus。你想想让你看一篇全都是he are, is give 的文章,你是什么感觉,当然是不看了,直接拒。minus mistakes总归会给审稿人留下不好的印...转载 2018-11-19 19:45:19 · 6472 阅读 · 0 评论