NCBI上基因前面有个accession（编号）分别有NC是什么意思

最新推荐文章于 2024-07-05 16:56:37 发布
最新推荐文章于 2024-07-05 16:56:37 发布
阅读量2.3w 收藏
点赞数
分类专栏： 扫盲 论文写作
素材积累
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
生物信息学初学——山大公开课笔记
weixin_42953727的博客
08-20 2137
2019年8月20日，南京闷热 生物信息学研究对象 核酸 测序及应用；基因序列注释；基因预测；核酸序列比对；核酸数据库；比较基因组学；宏基因组学；基因进化；RNA结构预测；等 蛋白质 蛋白质数据库；蛋白质序列比对；二/三级结构预测；相互作用分析；分子动力学模拟；分子对接；蛋白质组学；等 其他 代谢网络模拟；数据挖掘分析；序列算法开发；计算进化生物学；生物多样性研究；等 课程提纲 生物数据库 序列比...
如何根据SRA accession number 从NCBI下载数据
通往数据分析师的漫漫之路
01-29 8820
根据 accession number从NCBI下载FASTQ/FASTA格式的测序数据（pig） 1. 打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），输入accession number搜索，我查阅一些文献是关于通城猪的（SRX510749 ）（Li X, et al. 2014. Genome-wide scans to detect positive s
#ncbi #blast
m0_73542388的博客
09-15 7114
ncbi blast基因序列比对
从美国国家生物技术信息中心（NCBI）根据存取号（Accession Number）批量下载核酸序列
最新发布
weixin_45339016的博客
07-05 169
的文本文件中读取存取号，此文件中每一行包含一个存取号。然后，将所有存取号连接成一个以逗号分隔的字符串，以供Entrez API使用。NCBI的Entrez系统要求用户提供电子邮件地址，以便在使用API过程中出现问题时进行联系。函数读取以FASTA格式返回的文本流，并将其解析为SeqRecord对象的迭代器。函数，脚本根据存取号从NCBI数据库中检索核酸序列。确保数据以文本流的形式返回，便于后续处理。的新文件中，同样指定输出格式为FASTA。指定返回数据的格式为FASTA格式，而。使用BioPython的。
Accession number & GI & GeneID
张文倩(数据库学生)
10-10 1744
下载Synechococcus elongatus UTEX 2973（accession no.为GCA_000817325.1 ）的基因组注释文件，统计其中染色体序列(CP006471.1)前10
qq_65701798的博客
09-20 374
参数选项解释说明-V排除匹配结果-n显示匹配行与行号-i不区分大小写-c只统计匹配行数-E使用egrep命令-o只输出匹配内容-w只输出过滤的单词-F不适用正则表达式-l列出包含匹配项的文件名-L列出不包含匹配项的文件名^ 用于模式最左侧，如 “^yu” 即匹配以yu开头的单词$ 用于模式最右侧，如 “yu$” 即匹配以yu结尾的单词^$ 组合符，表示空行。
NCBI中各个符号代表意思
dujidan的博客
11-30 3395
GCF是RefSeq，GCA是GenBank，GCF可能更可靠一些 ACCESSION是NCBI序列数据中我们常用到编号（另一个是GI）。ACCESSION形式为
【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用
weixin_45685859的博客
09-08 2760
PubMed是拥有超过两百四十万的生物医学文献。它们来源于MEDLINE（生物医学文献数据库）、生命科学领域数据杂志以及在线的专业书籍。PubMed链接:在PubMed中进行搜索：关于PubMed搜索的相关内容，通过WoS的知识进行理解。（后续会更新WoS搜索相关文章）
NCBI数据库以及常用编号
songyi10的博客
10-06 6254
NCBI数据库 在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序列比对。因此，数据库的优劣对注释结果至关重要。 NR/NT数据库 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列，对于所有已知的或可能的编码序列，NR记录中都给出了相应的氨基酸序列（通过已知或可能的读码框推断而来）以及专门蛋白数据
NCBI上下载基因序列.doc
10-07
NCBI 上下载基因序列、mRNA 序列、CDS 序列的方法 NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国立卫生研究所（National Institutes of Health）下属的一个机构，主要负责生物技术信息的收集、...
ncbi_acc2gtdb_acc:将NCBI Genbank加入映射到GTDB加入
05-22
ncbi_acc2gtdb_acc 将NCBI genbank加入映射到GTDB加入战略 # genbank assemblyNCBI assembly_accession (1) <- (1) ftp-url/fna.gz (1) <- (n) NCBI accession# gtdbNCBI assembly_accession (1) -> (1) GTDB ...
Genome Downloader:根据搜索词从 NCBI 下载基因组数据。-开源
06-29
GenomeDownloader 是一个命令行 Perl 程序，用于从 NCBI 下载基因组数据（使用 wget）。 最近（2017-10）已完全重写，以与 NCBI 的“新”数据组织结构一起使用。 也可以选择组装完成水平（即 Contig、Scaffold、...
ncbitax2lin:NC将NCBI分类转储转换为谱系
05-11
将NCBI分类转储转换为谱系。 的示例如下 tax_id 超级王国 门 班级 命令 家庭 属 物种 家庭1 形式 属1 底层 下层 王国 没有等级 没有等级1 没有等级10 没有等级11 没有等级12 没有等级13 没有等级14 没有...
从NCBI refseq 中下载特定物种的蛋白质数据
09-24
在RefSeq中，每个序列都有一个唯一的Accession ID，用于唯一标识该序列。 下载特定物种的蛋白质数据通常涉及以下步骤： 1. **访问NCBI网站**：首先，你需要访问NCBI的官方网站（www.ncbi.nlm.nih.gov）。在首页，...
3款简单实用的在线PCR引物设计软件
abdslfwoeugp
06-11 9522
1. NCBI 的 Primer-Blast； 2. Primer3 Plus； 3. PrimerBank
生物信息学数据库资源 {#database}
热门推荐
ypfzhao
11-06 1万+
目录   ##前言 参考基因组版本 {#genome-version} NCBI Ensembl UCSC ENCODE GENCODE TCGA 1000 GENOME ##前言 做数据分析常常会需要用到参考基因组和注释文件，还会需要分析公共数据，了解常见的生物信息学数据库资源也是非常有必要的！故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：...
下载NCBI的SRA数据 详细教程
qq_28723681的博客
04-05 5841
SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI(National Center for Biotechnology Information)旗下用于存储高通量测序数据的子库。来自世界各地研究的测序数据在此处都可以免费下载，本文就聊聊如何下载SRA数据库对应的测序数据。 1. SRA基本框架 下载数据之前，咱们可以先聊聊SRA数据库的一些基础知识。 SRA数据库的组织框架是基于 STUDY, SAMPLE, EXPERIMENT, RUN 四个概念构建的。 STUDY ：研究课题/研究项
ncbi查找目的基因序列_技能篇 | NCBI的5种常见使用方法（二）
weixin_42515340的博客
01-03 1万+
上期回顾：技能篇 | NCBI数据库使用教程(一)一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。点击searc...
利用python从NCBI上下载基因序列，并用多种方法示例
08-17
### 回答1： 可以使用Python来从NCBI下载基因序列，比如使用BioPython库，可以使用Entrez API来搜索和下载序列；另外，也可以利用REST API和HTTP GET请求来自动从NCBI下载基因序列。另外，还可以使用Python来处理和分析基因序列，比如使用Pandas库来处理和可视化基因序列，或者使用SciPy库来进行统计分析。 ### 回答2： 利用Python从NCBI（National Center for Biotechnology Information）上下载基因序列可以通过使用biopython库来实现。以下是几种不同的方法示例： 方法一：使用Entrez模块下载 ``` from Bio import Entrez from Bio import SeqIO # 设置NCBI邮箱，以便于识别您的请求 Entrez.email = "your_email@example.com" # 定义查询的gene id和数据库类型 gene_id = "NC_000913" # E. coli的基因id database = "nucleotide" # 数据库类型为核苷酸序列 # 使用Entrez模块下载序列 handle = Entrez.efetch(db=database, id=gene_id, rettype="fasta", retmode="text") # 保存序列 record = SeqIO.read(handle, "fasta") SeqIO.write(record, "gene_sequence.fasta", "fasta") handle.close() ``` 方法二：使用HTTP Get请求下载 ``` import urllib # 定义查询的gene id和数据库类型 gene_id = "NC_000913" # E. coli的基因id database = "nucleotide" # 数据库类型为核苷酸序列 # 构建下载链接 url = f"https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db={database}&id={gene_id}&rettype=fasta&retmode=text" # 发送HTTP Get请求并下载序列 response = urllib.request.urlopen(url) data = response.read() # 保存序列 with open("gene_sequence.fasta", "w") as file: file.write(data.decode("utf-8")) ``` 方法三：使用Biopython的fetch模块下载 ``` from Bio import SeqIO from Bio import SeqUtils # 定义查询的gene id和数据库类型 gene_id = "NC_000913" # E. coli的基因id database = "nucleotide" # 数据库类型为核苷酸序列 # 通过fetch模块直接下载序列 record = SeqIO.read(SeqUtils.fetch(gene_id, database), "fasta") # 保存序列 SeqIO.write(record, "gene_sequence.fasta", "fasta") ``` 以上是三种使用Python从NCBI下载基因序列的示例方法。您可以根据自己的需求选择适用的方法进行基因序列的下载。 ### 回答3： 在Python中，我们可以使用Biopython这个常用的生物信息学库来从NCBI（美国国家生物技术信息中心）上下载基因序列。以下是使用不同方法的示例： 1. 使用Entrez库： ```python from Bio import Entrez # 设置邮箱地址（NCBI需要知道我们是谁） Entrez.email = "your_email@example.com" # 通过NCBI检索基因序列 search_term = "gene_name" # 搜索关键词，比如基因名字 handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", term=search_term) record = Entrez.read(handle) handle.close() # 根据搜索结果下载基因序列 id_list = record["IdList"] for gene_id in id_list: handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=gene_id, rettype="fasta") with open(f"{gene_id}.fasta", "w") as out_file: out_file.write(handle.read()) handle.close() ``` 2. 使用Seq库： ```python from Bio import SeqIO # 从FASTA文件中读取基因序列 record = SeqIO.read("gene.fasta", "fasta") # 打印基因名字和序列 print(record.id) print(record.seq) # 从NCBI下载基因序列 seq_id = "NC_000913" # 基因序列的ID handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=seq_id, rettype="fasta") record = SeqIO.read(handle, "fasta") handle.close() # 将基因序列保存到FASTA文件 SeqIO.write(record, "gene.fasta", "fasta") ``` 3. 使用wget库： ```python import wget # 下载基因序列 url = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000913.3?report=fasta" # 基因序列的URL file_name = wget.download(url) # 下载并保存到文件 # 读取下载的基因序列文件 with open(file_name, "r") as gene_file: gene_sequence = gene_file.read() print(gene_sequence) ``` 以上是使用Python中不同方法从NCBI上下载基因序列的示例。根据实际需求选择适合的方法，并注意遵守NCBI的使用规则和权限要求。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值