NCBI上基因前面有个accession（编号）分别有NC是什么意思

最新推荐文章于 2024-03-10 19:51:49 发布
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专栏目录
如何根据SRA accession number 从NCBI下载数据
通往数据分析师的漫漫之路
01-29 8813
根据 accession number从NCBI下载FASTQ/FASTA格式的测序数据（pig） 1. 打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），输入accession number搜索，我查阅一些文献是关于通城猪的（SRX510749 ）（Li X, et al. 2014. Genome-wide scans to detect positive s
生物信息学初学——山大公开课笔记
weixin_42953727的博客
08-20 2123
2019年8月20日，南京闷热 生物信息学研究对象 核酸 测序及应用；基因序列注释；基因预测；核酸序列比对；核酸数据库；比较基因组学；宏基因组学；基因进化；RNA结构预测；等 蛋白质 蛋白质数据库；蛋白质序列比对；二/三级结构预测；相互作用分析；分子动力学模拟；分子对接；蛋白质组学；等 其他 代谢网络模拟；数据挖掘分析；序列算法开发；计算进化生物学；生物多样性研究；等 课程提纲 生物数据库 序列比...
Accession number & GI & GeneID
张文倩(数据库学生)
10-10 1739
NCBI中各个符号代表意思
dujidan的博客
11-30 3378
GCF是RefSeq，GCA是GenBank，GCF可能更可靠一些 ACCESSION是NCBI序列数据中我们常用到编号（另一个是GI）。ACCESSION形式为
【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用
weixin_45685859的博客
09-08 2718
PubMed是拥有超过两百四十万的生物医学文献。它们来源于MEDLINE（生物医学文献数据库）、生命科学领域数据杂志以及在线的专业书籍。PubMed链接:在PubMed中进行搜索：关于PubMed搜索的相关内容，通过WoS的知识进行理解。（后续会更新WoS搜索相关文章）
NCBI数据库以及常用编号
songyi10的博客
10-06 6191
NCBI数据库 在微生物测序分析中，常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多，其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索，也就是序列比对。因此，数据库的优劣对注释结果至关重要。 NR/NT数据库 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列，对于所有已知的或可能的编码序列，NR记录中都给出了相应的氨基酸序列（通过已知或可能的读码框推断而来）以及专门蛋白数据
3款简单实用的在线PCR引物设计软件
abdslfwoeugp
06-11 9446
1. NCBI 的 Primer-Blast； 2. Primer3 Plus； 3. PrimerBank
生物信息学数据库资源 {#database}
热门推荐
ypfzhao
11-06 1万+
目录   ##前言 参考基因组版本 {#genome-version} NCBI Ensembl UCSC ENCODE GENCODE TCGA 1000 GENOME ##前言 做数据分析常常会需要用到参考基因组和注释文件，还会需要分析公共数据，了解常见的生物信息学数据库资源也是非常有必要的！故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：...
NCBI上下载基因序列.doc
10-07
NCBI 上下载基因序列、mRNA 序列、CDS 序列的方法 NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国立卫生研究所（National Institutes of Health）下属的一个机构，主要负责生物技术信息的收集、...
ncbi_acc2gtdb_acc:将NCBI Genbank加入映射到GTDB加入
05-22
ncbi_acc2gtdb_acc 将NCBI genbank加入映射到GTDB加入战略 # genbank assemblyNCBI assembly_accession (1) <- (1) ftp-url/fna.gz (1) <- (n) NCBI accession# gtdbNCBI assembly_accession (1) -> (1) GTDB ...
Genome Downloader:根据搜索词从 NCBI 下载基因组数据。-开源
06-29
GenomeDownloader 是一个命令行 Perl 程序，用于从 NCBI 下载基因组数据（使用 wget）。 最近（2017-10）已完全重写，以与 NCBI 的“新”数据组织结构一起使用。 也可以选择组装完成水平（即 Contig、Scaffold、...
ncbitax2lin:NC将NCBI分类转储转换为谱系
05-11
将NCBI分类转储转换为谱系。 的示例如下 tax_id 超级王国 门 班级 命令 家庭 属 物种 家庭1 形式 属1 底层 下层 王国 没有等级 没有等级1 没有等级10 没有等级11 没有等级12 没有等级13 没有等级14 没有...
从NCBI refseq 中下载特定物种的蛋白质数据
09-24
在RefSeq中，每个序列都有一个唯一的Accession ID，用于唯一标识该序列。 下载特定物种的蛋白质数据通常涉及以下步骤： 1. **访问NCBI网站**：首先，你需要访问NCBI的官方网站（www.ncbi.nlm.nih.gov）。在首页，...
下载NCBI的SRA数据 详细教程
qq_28723681的博客
04-05 5759
SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI(National Center for Biotechnology Information)旗下用于存储高通量测序数据的子库。来自世界各地研究的测序数据在此处都可以免费下载，本文就聊聊如何下载SRA数据库对应的测序数据。 1. SRA基本框架 下载数据之前，咱们可以先聊聊SRA数据库的一些基础知识。 SRA数据库的组织框架是基于 STUDY, SAMPLE, EXPERIMENT, RUN 四个概念构建的。 STUDY ：研究课题/研究项
ncbi查找目的基因序列_技能篇 | NCBI的5种常见使用方法（二）
weixin_42515340的博客
01-03 1万+
上期回顾：技能篇 | NCBI数据库使用教程(一)一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。点击searc...
生信项目之NCBI下载数据集详解
weixin_44540733的博客
03-10 3799
NCBI（National Center for Biotechnology Information）的中文名称是美国生物信息技术中心，该网站是美国医学图书馆（NLM）的一部分。该网站提供了下载数据集、上传数据集、在线分析数据集以及提供了部分生物信息学工具如（BLAST：一款序列比对工具）等功能。本文主要介绍如何在NCBI上下载数据集。这三种方法是目前比较常用的下载数据集的方法，当然还用其他很多下载数据集的方法，具体的下载数据集的方法要按照该生信项目的需求进行下载。
如何在NCBI实现大批量数据的一一对应
浩瀚的海洋
09-17 3682
有时我们手头会有一批数据，或者是只有大量的某些id。比方说：accession number、gi、geneid、symbol、go、unigene、pubmed、taxid等等。事实大部分数据库都会有提供一些专门的文件或工具来实现这些数据间大批量的一一对应。 先来讲讲NCBI的。 用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov（windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastget等下载工具
计算机监测与维护实习研究报告.doc
最新发布
07-18
计算机
利用python从NCBI上下载基因序列，并用多种方法示例
08-17
### 回答1： 可以使用Python来从NCBI下载基因序列，比如使用BioPython库，可以使用Entrez API来搜索和下载序列；另外，也可以利用REST API和HTTP GET请求来自动从NCBI下载基因序列。另外，还可以使用Python来处理和分析基因序列，比如使用Pandas库来处理和可视化基因序列，或者使用SciPy库来进行统计分析。 ### 回答2： 利用Python从NCBI（National Center for Biotechnology Information）上下载基因序列可以通过使用biopython库来实现。以下是几种不同的方法示例： 方法一：使用Entrez模块下载 ``` from Bio import Entrez from Bio import SeqIO # 设置NCBI邮箱，以便于识别您的请求 Entrez.email = "your_email@example.com" # 定义查询的gene id和数据库类型 gene_id = "NC_000913" # E. coli的基因id database = "nucleotide" # 数据库类型为核苷酸序列 # 使用Entrez模块下载序列 handle = Entrez.efetch(db=database, id=gene_id, rettype="fasta", retmode="text") # 保存序列 record = SeqIO.read(handle, "fasta") SeqIO.write(record, "gene_sequence.fasta", "fasta") handle.close() ``` 方法二：使用HTTP Get请求下载 ``` import urllib # 定义查询的gene id和数据库类型 gene_id = "NC_000913" # E. coli的基因id database = "nucleotide" # 数据库类型为核苷酸序列 # 构建下载链接 url = f"https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db={database}&id={gene_id}&rettype=fasta&retmode=text" # 发送HTTP Get请求并下载序列 response = urllib.request.urlopen(url) data = response.read() # 保存序列 with open("gene_sequence.fasta", "w") as file: file.write(data.decode("utf-8")) ``` 方法三：使用Biopython的fetch模块下载 ``` from Bio import SeqIO from Bio import SeqUtils # 定义查询的gene id和数据库类型 gene_id = "NC_000913" # E. coli的基因id database = "nucleotide" # 数据库类型为核苷酸序列 # 通过fetch模块直接下载序列 record = SeqIO.read(SeqUtils.fetch(gene_id, database), "fasta") # 保存序列 SeqIO.write(record, "gene_sequence.fasta", "fasta") ``` 以上是三种使用Python从NCBI下载基因序列的示例方法。您可以根据自己的需求选择适用的方法进行基因序列的下载。 ### 回答3： 在Python中，我们可以使用Biopython这个常用的生物信息学库来从NCBI（美国国家生物技术信息中心）上下载基因序列。以下是使用不同方法的示例： 1. 使用Entrez库： ```python from Bio import Entrez # 设置邮箱地址（NCBI需要知道我们是谁） Entrez.email = "your_email@example.com" # 通过NCBI检索基因序列 search_term = "gene_name" # 搜索关键词，比如基因名字 handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", term=search_term) record = Entrez.read(handle) handle.close() # 根据搜索结果下载基因序列 id_list = record["IdList"] for gene_id in id_list: handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=gene_id, rettype="fasta") with open(f"{gene_id}.fasta", "w") as out_file: out_file.write(handle.read()) handle.close() ``` 2. 使用Seq库： ```python from Bio import SeqIO # 从FASTA文件中读取基因序列 record = SeqIO.read("gene.fasta", "fasta") # 打印基因名字和序列 print(record.id) print(record.seq) # 从NCBI下载基因序列 seq_id = "NC_000913" # 基因序列的ID handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=seq_id, rettype="fasta") record = SeqIO.read(handle, "fasta") handle.close() # 将基因序列保存到FASTA文件 SeqIO.write(record, "gene.fasta", "fasta") ``` 3. 使用wget库： ```python import wget # 下载基因序列 url = "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000913.3?report=fasta" # 基因序列的URL file_name = wget.download(url) # 下载并保存到文件 # 读取下载的基因序列文件 with open(file_name, "r") as gene_file: gene_sequence = gene_file.read() print(gene_sequence) ``` 以上是使用Python中不同方法从NCBI上下载基因序列的示例。根据实际需求选择适合的方法，并注意遵守NCBI的使用规则和权限要求。

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