MATLAB求马氏距离(Mahalanobis distance)

d2(xi, xj)=(xi-xj)TS-1(xi-xj)

其中，S是总体的协方差矩阵，而不是样本的协方差矩阵。

>> x=[155 66;180 71;190 73;160 60;190 68;150 58;170 75]
 
x =
 
   155    66
   180    71
   190    73
   160    60
   190    68
   150    58
   170    75
 
>> Y = pdist(x,'mahal')
 
Y =
 
  Columns 1 through 5
 
   1.572816369474562   2.201942917264386   1.635800793960578   2.695107559788053   1.478413355546874
 
  Columns 6 through 10
 
   1.404831102709996   0.629126547789825   1.713111078598705   1.391260434780810   2.103238561272744
 
  Columns 11 through 15
 
   1.590313263839551   2.103238561272744   1.090736759616727   2.589223001191582   2.033867095735081
 
  Columns 16 through 20
 
   1.825496244926879   0.629126547789825   2.743712945526665   2.441925172889290   2.980237487501595
 
  Column 21
 
   2.793761753017197
其中，X每一行代表一个样例，X是个二维的。Y的第一个数表示x1与x2之间的马氏距离。

3.求x1与x2之间的马氏距离
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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39
>> x=[155 66;180 71;190 73;160 60;190 68;150 58;170 75]
 
x =
 
   155    66
   180    71
   190    73
   160    60
   190    68
   150    58
   170    75
 
>> cov=cov(x)
 
cov =
 
   1.0e+02 *
 
   2.702380952380953   0.739285714285714
   0.739285714285714   0.412380952380952
 
>> s=inv(cov)
 
s =
 
   0.007261927639280  -0.013018640484967
  -0.013018640484967   0.047588267151168
 
>> a=[-25 -5]*s*[-25;-5]
 
a =
 
   2.473751332087140
 
>> sqrt(a)
 
ans =
 
   1.572816369474561

计算两两马氏距离时，中间的协方差矩阵永远是总体的，而不是这两个的。所以，马氏距离很容易受总体的影响，总体一变化，两个样例之间的马氏距离就会变化。

以下叙述来自：欧氏距离 vs 马氏距离 - bluenight专栏 - CSDN博客 https://blog.csdn.net/chl033/article/details/5526337

    1）马氏距离的计算是建立在总体样本的基础上的，这一点可以从上述协方差矩阵的解释中可以得出，也就是说，如果拿同样的两个样本，放入两个不同的总体中，最后计算得出的两个样本间的马氏距离通常是不相同的，除非这两个总体的协方差矩阵碰巧相同； 
    2）在计算马氏距离过程中，要求总体样本数大于样本的维数，否则得到的总体样本协方差矩阵逆矩阵不存在，这种情况下，用欧式距离来代替马氏距离，也可以理解为，如果样本数小于样本的维数，这种情况下求其中两个样本的距离，采用欧式距离计算即可。 
    3）还有一种情况，满足了条件总体样本数大于样本的维数，但是协方差矩阵的逆矩阵仍然不存在，比如A（3，4），B（5，6）；C（7，8），这种情况是因为这三个样本在其所处的二维空间平面内共线（如果是大于二维的话，比较复杂？？？）。这种情况下，也采用欧式距离计算。 
    4）在实际应用中“总体样本数大于样本的维数”这个条件是很容易满足的，而所有样本点出现3）中所描述的情况是很少出现的，所以在绝大多数情况下，马氏距离是可以顺利计算的，但是马氏距离的计算是不稳定的，不稳定的来源是协方差矩阵，这也是马氏距离与欧式距离的最大差异之处。 
我们熟悉的欧氏距离虽然很有用，但也有明显的缺点。它将样品的不同属性（即各指标或各变量）之间的差别等同看待，这一点有时不能满足实际要求。马氏距离有很多优点。它不受量纲的影响，两点之间的马氏距离与原始数据的测量单位无关；由标准化数据和中心化数据(即原始数据与均值之差）计算出的二点之间的马氏距离相同。马氏距离还可以排除变量之间的相关性的干扰。它的缺点是夸大了变化微小的变量的作用。