我们的问题是：怎么给一堆数据分类？
首先，每一类都叫一个簇（Cluster），如何才能算作是同一类呢？
我们有K-means聚类，DBSCAN（Density-Based Spatial Clustering of Application with Noise），hierarchical clustering等等这些聚类算法，这些算法区分同一类的方式都不同，比如DBSCAN，它是以一定的密度进行传播，将传播到的点都聚成一类，在某些场景，比如簇与簇之间有明显分隔的，DBSCAN显然要比k-means好。
下面是用k-means和DBSCAN划分一个笑脸的不同效果。
不过对于均匀分布的数据，指定簇个数的k-means就要优于依靠密度发展的DBSCAN了。
使用pycharm手写k-means聚类算法
思路：
①随机生成1000个二维坐标的样本点（我们就先拿这1000个样本点做实验了）
②指定划分成5类（这个你可以自己指定）
③确定收敛阈值为0.2（同样可以变，小一点为好）
④从1000个样本点中随机选出5个样本点，作为5个簇的中心
⑤每个中心为一个Cluster
⑥遍历1000个点，分别计算它们到5个中心点之间的距离，对每个点，我们得到5个距离，选择最小的，加入那个簇。
⑦第一次循环结束，我们分配好了1000个点的归属，得到了5个Cluster，对每个Cluster，计算里面包含的所有的点的均值，
也就是所有的x加起来除以总个数，所有的y加起来除以总个数，得到一个均值点。
⑧算出均值点到原来的中心点之间的距离，可以记为shift。对5个Cluster都这么做，我们会得到5个shift，挑出里边最大的biggest_shift
⑨如果biggest_shift小于收敛阈值0.2，跳出loop，否则，回到⑥
请注意，每个循环的时候，我们都要更新中心点，这是在第⑧步做的。
代码：
kmeans_tools.py
# -*- coding: utf-8 -*-
import math
import random
class Cluster(object):
"""
聚类
"""
def __init__(self, samples):
if len(samples) == 0:
# 如果聚类中无样本点
raise Exception("错误：一个空的聚类！")
# 属于该聚类的样本点
self.samples = samples
# 该聚类中样本点的维度
self.n_dim = samples[0].n_dim
# 判断该聚类中所有样本点的维度是否相同
for sample in samples:
if sample.n_dim != self.n_dim:
raise Exception("错误： 聚类中样本点的维度不一致！")
# 设置初始化的聚类中心
self.centroid = self.cal_centroid()
def __repr__(self):
"""
输出对象信息
"""
return str(self.samples)
def update(self, samples):
"""
计算之前的聚类中心和更新后聚类中心的距离
"""
old_centroid = self.centroid
#这里lists[i]中的所有数据都赋给clusters[i]了
self.samples = samples
#这里把clusters[i]的centroid也更新了
self.centroid = self.cal_centroid()
shift = get_distance(old_centroid, self.centroid)
return shift
def cal_centroid(self):
"""
对于一组样本点计算其中心点
"""
#获取样本点的个数
n_samples = len(self.samples)
# 获取所有样本点的坐标（特征）
coords = [sample.coords for sample in self.samples]
# 将所有sample的横坐标合起来作为一个tuple，所有的纵坐标合起来作为一个tuple
unzipped = zip(*coords)
# 计算每个维度的均值
centroid_coords = [math.fsum(d_list)/n_samples for d_list in unzipped]
#将新得到的中心点封装成一个Sample
return Sample(centroid_coords)
class Sample(object):
"""
样本点类
"""
def __init__(self, coords):
self.coords = coords # 样本点包含的坐标
self.n_dim = len(coords) # 样本点维度
# 将coords转成str输出
# 方便查看
def __repr__(self):
return str(self.coords)
def get_distance(a, b):
#使用两点间的距离公式计算两个sample之间的距离
if a.n_dim != b.n_dim:
# 如果样本点维度不同
raise Exception("错误: 样本点维度不同，无法计算距离！")
acc_diff = 0.0
for i in range(a.n_dim):
square_diff = pow((a.coords[i]-b.coords[i]), 2)
acc_diff += square_diff
distance = math.sqrt(acc_diff)
return distance
def gen_random_sample(n_dim, lower, upper):
"""
生成随机样本
"""
# [random.uniform(lower, upper) for _ in range(n_dim)]得到的是一个二维的点，我们将其传入Sample
#得到一个Sample对象
sample = Sample([random.uniform(lower, upper) for _ in range(n_dim)])
return sample
Sample类做样本点，样本点提供给Cluster做簇，gen_random_sample方法生成随机点，get_distance方法计算两点间的距离
main.py
# -*- coding: utf-8 -*-
import random
from kmeans_tools import Cluster, get_distance, gen_random_sample
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import colors as mcolors
def kmeans(samples, k, cutoff):
# 随机选k个样本点作为初始聚类中心
#random.sample返回的是samples中任选的5个sample,以它们作为初始的重心
init_samples = random.sample(samples, k)
# 创建k个聚类，聚类的中心分别为随机初始的样本点
#最初，clusters是有5个Cluster的list
#每个Cluster的centroid都是init_sample中的值，因为只有一个中心点嘛，它的中心自然就是自己了
#这也可以看成是初始化Cluster
clusters = [Cluster([sample]) for sample in init_samples]
# 迭代循环直到聚类划分稳定
#记录循环次数
n_loop = 0
while True:
# 初始化一组空列表用于存储每个聚类内的样本点
#注意：我们现在是要把所有的sample分开来存在这以下的5个空的list中
#但是，我们最终要得到的是分好类的clusters，并非分好的lists，所以还会有将lists中的值转移到clusters中的步骤
lists = [[] for _ in clusters]
# 开始迭代
n_loop += 1
# 遍历样本集中的每个样本
for sample in samples:
# 计算样本点sample和第一个聚类中心的距离
smallest_distance = get_distance(sample, clusters[0].centroid)
# 初始化属于聚类 0
cluster_index = 0
# 计算和其他聚类中心的距离
#分别算出sample和另外四个cluster的centroid的距离
for i in range(k - 1):
# 计算样本点sample和聚类中心的距离
distance = get_distance(sample, clusters[i+1].centroid)
# 如果存在更小的距离，更新距离
if distance < smallest_distance:
smallest_distance = distance
cluster_index = i + 1
# 找到最近的聚类中心，更新所属聚类
lists[cluster_index].append(sample)
#运行至此，1000个样本点根据距离最小的分类方案分别存在了5个list当中
# 初始化最大移动距离
biggest_shift = 0.0
# 计算本次迭代中，聚类中心移动的距离
for i in range(k):
#注意：这个update方法不仅计算出了原来的聚类中心和新的聚类中心的距离
#而且，他把list中的值更新到cluster当中了，并且每个cluster的centroid也在这一步更新了
shift = clusters[i].update(lists[i])
# 记录最大移动距离
biggest_shift = max(biggest_shift, shift)
# 如果聚类中心移动的距离小于收敛阈值，即：聚类稳定
if biggest_shift < cutoff:
print("第{}次迭代后，聚类稳定。".format(n_loop))
break
# 返回聚类结果
return clusters
def run_main():
"""
主函数
"""
# 样本个数
n_samples = 1000
# 维度
n_feat = 2
# 生成的点的范围，也就是0到200
lower = 0
upper = 200
# 聚类个数
n_cluster = 5
# 生成随机样本
samples = [gen_random_sample(n_feat, lower, upper) for _ in range(n_samples)]
# 收敛阈值
cutoff = 0.2
#将1000个随机sample，聚类个数，和收敛阈值传入kmeans方法，
#返回的是经过无监督学习后自动分好类的5个Cluster
#此函数是理解kmeans的关键
clusters = kmeans(samples, n_cluster, cutoff)
# 输出结果
for i, c in enumerate(clusters):
for sample in c.samples:
print('聚类--{}，样本点--{}'.format(i, sample))
# ---------------------算法结束，以下是画图-----------------------------------------------------------------
# 可视化结果
plt.subplot()
color_names = list(mcolors.cnames)
# 将5个Cluster以scatter的方式显示
for i, c in enumerate(clusters):
x = []
y = []
# 这里i是循环次数，是固定的，所以从color_names中取出的颜色也是固定的，这个你可以所以改动
color = [color_names[i]] * len(c.samples)
for sample in c.samples:
x.append(sample.coords[0])
y.append(sample.coords[1])
plt.scatter(x, y, c=color)
plt.show()
if __name__ == '__main__':
run_main()
用面向对象的思想写kmeans确实麻烦，倒是用pandas简单点
结果：
我在这里只是随机运行了三次，其实改变的只是样本点不同罢了，结果还是很满意的。
你当然可以改变k以及收敛阈值的值，观察结果的改变。
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