Cytoscape 是一个强大的图网络可视化库,常用于创建交互式的节点和边网络图。以下是关于 Cytoscape 的详细安装和功能介绍:
1. Cytoscape 安装
Cytoscape 有两种版本:
Cytoscape 桌面应用程序:用于处理大型网络数据,适用于生物信息学和系统生物学研究。
Cytoscape.js:一个基于 JavaScript 的前端图网络可视化库,适合 Web 应用程序开发。
(1) 安装 Cytoscape.js
安装方法
Cytoscape.js 可通过 npm 或 CDN 安装:
1.使用 npm 安装:
bash
npm install cytoscape
2.通过 CDN 引入: 在 HTML 文件中添加以下脚本标签:
html
<script src="https://unpkg.com/cytoscape/dist/cytoscape.min.js"></script>
3.验证安装: 在 JavaScript 文件中导入 Cytoscape:
javascript
const cytoscape = require('cytoscape');
const cy = cytoscape({
container: document.getElementById('cy'), // 绑定 HTML 容器
elements: [], // 图的初始数据
style: [], // 样式
});
console.log(cy); // 验证 Cytoscape 实例是否成功初始化
(2) 安装 Cytoscape 桌面应用程序
1.下载 Cytoscape: 前往 Cytoscape 官网 下载适合的版本。
2.安装: 根据操作系统(Windows、macOS、Linux)运行安装包。
3.运行: 安装完成后,启动 Cytoscape,并使用其内置的工具和插件来加载和分析网络数据。
2. Cytoscape.js 的核心功能
Cytoscape.js 提供了丰富的 API,适合前端开发人员。以下是其核心功能介绍:
(1) 初始化网络图
通过 cytoscape() 函数初始化 Cytoscape 实例:
javascript
const cy = cytoscape({
container: document.getElementById('cy'), // 图形绑定的 HTML 元素
elements: [ // 初始元素(节点和边)
{
data: {
id: 'a', label: 'Node A' } }, // 节点
{
data: {
id: 'b', label: 'Node B' } },
{
data: {
source: 'a', target: 'b' } }, // 边
],
style: [ // 样式设置
{
selector: 'node',
style: {
'background-color': '#61bffc',
label: 'data(label)',
},
},
{
selector: 'edge',
style: {
'line-color': '#ccc',
'target-arrow-shape': 'triangle',
'target-arrow-color': '#ccc',
},
},
],
layout: {
name: 'grid' }, // 布局算法
});
(2) 基本概念
节点 (Nodes):图的点,表示实体。
边 (Edges):图的线,表示关系。
样式 (Styles):通过选择器 (selector) 为节点和边设置样式。
布局 (Layouts):自动调整图中节点和边的位置。
事件 (Events):支持点击、拖拽、鼠标悬浮等交互事件。
(3) 样式设置
样式通过选择器绑定到节点和边。示例:
javascript
const style = [
{
selector: 'node',
style: {
label: