Linux下安装并运行TMHMM

TMHMM的安装与运行

0. 简介：

TMHMM是跨膜蛋白胞内区、跨膜区和胞外区识别软件，其在线网站为http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

1. 下载：

https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0

下载对应的版本即可，此处以Linux为例。

2. 安装：

解压：tar -zxvf tmhmm-2.0c.Linux.tar.gz
切换目录：cd tmhmm-2.0c
确认bin/tmhmm 和 tmhmmformat.pl 中perl的路径是否和Linux上的路径一致，如果不一致，改成自己perl的路径 (可以用which perl查看perl的安装路径)。

3. 运行：

假设bin/目录下有个名为test.fasta的文件，那么以它作为输入文件，运行TMHMM (运行命令：perl tmhmm test.fasta)。运行完成后会在该bin/目录下生成一个TMHMM开头的目录，目录中有两个文件(.gnuplot 和 .plp)。

4. 备注：

TMHMM默认会直接输出Long output format (如下所示)：

可以用正则表达是对其中的区域进行获取。比如：获取所有outside的结果行：

## 以test.fasta为例
from subprocess import check_output
import os
import re

outfile = 'tm_outside.txt'
outF = open(outfile,'w')

os.chdir('tmhmm-2.0c/bin/')
tm_out = check_output('perl tmhmm test.fasta', shell=True)
tm_out = tm_out.decode()

patt = re.compile('([A-Z0-9]+)\s+TMHMM2.0\s+outside\s+(\d+)\s+(\d+)\n', re.MULTILINE)  ## 获取outside行
mth = patt.findall(tm_out)

if len(mth) != 0:
    for i in range(len(mth)):
        outF.write('%s\t%s\t%s\n' % (mth[i][0],mth[i][1],mth[i][2]))
else:
    print('%s' % tm_out)