Windows下利用Anaconda安装Pymol
1. Anaconda的安装
在anaconda官网上下载anaconda软件包,并进行安装(https://www.anaconda.com/)
(建议安装过程中将“添加到环境变量”选项勾选)
2. Anaconda安装后测试
打开 Anaconda Prompt (anaconda),输入conda --version
,查看版本信息。
3. Pymol的安装
由于我安装的Anaconda自带的python为3.8,而后续用到的pymol包对应的python为3.7,因此我需要创建一个python 3.7环境。
3.1创建python3.7环境
运行 conda create -n python37 python=3.7
来创建名为"python37"的环境
在创建python 3.7环境过程中出现下面类似错误
(原错误未保存,但在Stackoverflow中找到一个类似的错误)
https://stackoverflow.com/questions/51266535/conda-returns-solving-environment-failed
# >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\exceptions.py", line 1079, in __call__
return func(*args, **kwargs)
File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\cli\main.py", line 84, in _main
exit_code = do_call(args, p)
File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\cli\conda_argparse.py", line 82, in do_call
return getattr(module, func_name)(args, parser)
File "C:\Users\jamesconnolly\Anaconda3\lib\site-packages\conda\cli\main_create.py", line 37, in execute
install(args, parser, 'create')
解决办法:
DELETE C:\Users\<YOUR_USERNAME>\.condarc and then update Conda. This will solve it in Windows.
(删除 \.condarc 文件后运行conda update conda
更新conda)
3.2 激活python37环境
conda activate python37
3.3 在python37环境中安装Pymol
3.3.1 Pymol包的下载
我自己下载的Pymol为 pymol-2.5.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
(各版本pymol下载网址: https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
)
3.3.2 Pymol包的安装
① 安装Pymol之前,先运行pip install pmw
和pip install numpy
来安装pmw和numpy
② 转到下载的Pymol包所在位置,输入pip install pymol-2.5.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
(此处根据下载的pymol包的名称进行相应的修改)
4. 启动Pymol
打开 Anaconda Prompt (anaconda)后,输入 conda activate python37
后,再输入 pymol
即可启动。
输入 conda deactivate
可以退出环境
输入 conda env list
可以查看所有已安装的环境
输入 conda config --show
可以查看conda的配置信息,对应于 channel 的即为镜像配置