基因模块、细胞模块、细胞状态

什么是基因模块？
答：以往的研究通常是以基因为核心的，研究基因的变化如何影响表型。然而，基因和蛋白质都不是孤立的，单个基因的变化难以解释大部分的疾病，单基因为中心的视角那一捕获功能变化以及分子机制的广度和复杂性，因此，有必要研究不同基因之间的关系，以及多个基因与表型之间的关系。
在20世纪90年代末，微阵列的出现允许同时测量多个基因的表达，在这种背景下，基因模块被定义为：在给定环境下，表达谱呈现出一致变化的一组基因。基因模块同样可以基于已有的知识，例如已知的代谢或信号通路、蛋白-蛋白相互作用等定义。
定义基因集之后，这些模块就可以作为分析任何生物问题的基础。
什么是细胞模块？
答：在单细胞测序（包括单细胞转录组和蛋白组以及空间转录组）中，过往研究主要致力于解决细胞异质性，致力于精确地刻画不同细胞类型和细胞状态，但这对于理解复杂的生物学行为还是不够的。因为，这些研究往往将这些细胞作为单独的实体，然而，多细胞有机体并不是多个细胞的集合，不同状态、不同类型细胞之间的交互对于驱动复杂表型可能更为重要。因此，有必要将单细胞的数据整合为生物上相关的生态系统，即细胞模块。
什么是细胞状态？
答：确定细胞模块的第一步是精确定义组成细胞模块的细胞类型或者细胞状态，然而，定义一种细胞类型或者细胞状态并不如定义一个基因那样清晰。
细胞状态是比细胞类型更精细的概念，即一种类型的细胞可能会处在多个不同的细胞状态中。细胞状态不仅受细胞内的分子网络影响，也受细胞间的通讯影响。