TE_expression_tools

TEtranscripts

安装

git clone https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts
python2.7 setup.py install --user

# 报错
ModuleNotFoundError: No module named 'setuptools'

wget http://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz

# 报错
ERROR 403: SSL is required.

原因是因为：

请求时，会跳转页面到https://页面，而wget并没有做301跳转，导致出现403错误。

wget --no-check-certificate https://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz
tar -xvf setuptools-0.6c11.tar.gz
cd setuptools-0.6c11/
python3 setup.py build

# 报错

ModuleNotFoundError: No module named 'distutils.util'

sudo apt-get install python3-distutils

# 报错

NameError: name 'execfile' is not defined

execfile在python3中已被废除，代替函数： 

exec(open(filename).read())

更换策略，安装python2.7

cd usr/local/lib
sudo wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.13/Python-2.7.13.tgz
cd Python-2.7.13
./configure --prefix=/usr/local/python2.7 --with-threads --enable-shared

# 报错

configure: error: in `/usr/local/lib/Python-2.7.13':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH

更换方法

apt install python

# 报错

E: Package 'python' has no installation candidate

怀疑是apt版本问题（但实际应该不是）

apt-get update
apt-get upgrade
apt-get install <packagename>

最终改个名字就成功了。。。。

apt-get install python2.7

重新安装

python2.7 setup.py install

# 报错

ModuleNotFoundError: No module named 'setuptools'

世界线收束。。。。

wget http://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz

但这次运行却成功了。。。。

这次把python替换为python2.7就可以正常运行了，直到：

python2.7 setup.py install --user

# 报错

AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'clone'

怀疑是zope.interface没装

sudo apt install python3-pip # 先安装pip
pip install zope.interface

问题没有解决

仔细阅读报错，发现No local packages or download links found for pysam>=0.9

怀疑未安装pysam

pip install pysam

安装后提示没有变——怀疑是否安装上。通过搜索发现模块装在了python3.10中。python2.7自然用不到，故用python2.7重新安装了一遍

wget --no-check-certific ate https://pypi.python.org/packages/source/p/pip/pip-10.0.1.tar.gz >>/dev/null
tar -zvxf pip-10.0.1.tar.gz >> /dev/null
cd pip-10.0.1
python2.7 setup.py build
python2.7 setup.py install

问题没有解决，pysam没有出现在python2.7中，怀疑还是这个问题。

然后采用暴力方法——搜索所有pysam文件夹直接移动到同路径python2.7下面，但仍然没有效果。

！！！！！！

换成python3.10安装，然后成功了。。。。。wnm

sudo python3.10 setup.py install

使用

https://labshare.cshl.edu/shares/mhammelllab/www-data/TEtranscripts/

在该链接下载测试数据，以及cmd命令行

single_end

gunzip filename.gz # 解压两个GTF压缩文件
TEtranscripts --sortByPos --mode multi --TE dm3_rmsk_TE.gtf --GTF dm3_refGene.gtf --project singleEnd_test -t testData_treatment_rep1_SE.bam testData_treatment_rep2_SE.bam -c testData_control_rep1_SE.bam testData_control_rep2_SE.bam 2>log

paired_end

gunzip filename.gz # 解压两个GTF压缩文件
TEtranscripts --sortByPos --mode multi --TE dm3_rmsk_TE.gtf --GTF dm3_refGene.gtf --project singleEnd_test -t testData_treatment_rep1_SE.bam testData_treatment_rep2_SE.bam -c testData_control_rep1_SE.bam testData_control_rep2_SE.bam 2>log

而后在Rstudio中运行.R文件，得到另外两个结果