TEtranscripts
安装
git clone https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts
python2.7 setup.py install --user
# 报错
ModuleNotFoundError: No module named 'setuptools'
wget http://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz
# 报错
ERROR 403: SSL is required.
原因是因为:
请求时,会跳转页面到https://页面,而wget并没有做301跳转,导致出现403错误。
wget --no-check-certificate https://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz
tar -xvf setuptools-0.6c11.tar.gz
cd setuptools-0.6c11/
python3 setup.py build
# 报错
ModuleNotFoundError: No module named 'distutils.util'
sudo apt-get install python3-distutils
# 报错
NameError: name 'execfile' is not defined
execfile在python3中已被废除,代替函数:
exec(open(filename).read())
更换策略,安装python2.7
cd usr/local/lib
sudo wget https://www.python.org/ftp/python/2.7.13/Python-2.7.13.tgz
cd Python-2.7.13
./configure --prefix=/usr/local/python2.7 --with-threads --enable-shared
# 报错
configure: error: in `/usr/local/lib/Python-2.7.13':
configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH
更换方法
apt install python
# 报错
E: Package 'python' has no installation candidate
怀疑是apt版本问题(但实际应该不是)
apt-get update
apt-get upgrade
apt-get install <packagename>
最终改个名字就成功了。。。。
apt-get install python2.7
重新安装
python2.7 setup.py install
# 报错
ModuleNotFoundError: No module named 'setuptools'
世界线收束。。。。
wget http://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz
但这次运行却成功了。。。。
这次把python替换为python2.7就可以正常运行了,直到:
python2.7 setup.py install --user
# 报错
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'clone'
怀疑是zope.interface没装
sudo apt install python3-pip # 先安装pip
pip install zope.interface
问题没有解决
仔细阅读报错,发现No local packages or download links found for pysam>=0.9
怀疑未安装pysam
pip install pysam
安装后提示没有变——怀疑是否安装上。通过搜索发现模块装在了python3.10中。python2.7自然用不到,故用python2.7重新安装了一遍
wget --no-check-certific ate https://pypi.python.org/packages/source/p/pip/pip-10.0.1.tar.gz >>/dev/null
tar -zvxf pip-10.0.1.tar.gz >> /dev/null
cd pip-10.0.1
python2.7 setup.py build
python2.7 setup.py install
问题没有解决,pysam没有出现在python2.7中,怀疑还是这个问题。
然后采用暴力方法——搜索所有pysam文件夹直接移动到同路径python2.7下面,但仍然没有效果。
!!!!!!
换成python3.10安装,然后成功了。。。。。wnm
sudo python3.10 setup.py install
使用
https://labshare.cshl.edu/shares/mhammelllab/www-data/TEtranscripts/
在该链接下载测试数据,以及cmd命令行
single_end
gunzip filename.gz # 解压两个GTF压缩文件
TEtranscripts --sortByPos --mode multi --TE dm3_rmsk_TE.gtf --GTF dm3_refGene.gtf --project singleEnd_test -t testData_treatment_rep1_SE.bam testData_treatment_rep2_SE.bam -c testData_control_rep1_SE.bam testData_control_rep2_SE.bam 2>log
paired_end
gunzip filename.gz # 解压两个GTF压缩文件
TEtranscripts --sortByPos --mode multi --TE dm3_rmsk_TE.gtf --GTF dm3_refGene.gtf --project singleEnd_test -t testData_treatment_rep1_SE.bam testData_treatment_rep2_SE.bam -c testData_control_rep1_SE.bam testData_control_rep2_SE.bam 2>log
而后在Rstudio中运行.R文件,得到另外两个结果