【生物信息学】：基于Linux下的pgap安装及通用教程（持续更新中）

NCBI软件pgap安装及通用教程

本文面向致力于生信方向研究的同学，在使用高通量测序分析过程中我们会需要借助类似于pgap这类基因注释软件，这些软件往往是国外开发的，并且需要借助于Linux系统进行使用，但是网络上这方面的经验信息少之又少，因此给我们的学习和使用带来极大不便。这里我将通过自身对于该方面的理解给大家一些这方面的经验参考。

1.需要一个Linux操作系统：

1. 基于VMware虚拟机开展,下载VMware虚拟机；
2. 安装Linux镜像包；

2.基于Linux系统安装docker及pgap

1. 在配置好的系统上配置docker容器 ；
2. 授权docker的root权限；
3. 通过github上的资源下载pgap ；
4. 更新pgap，这里由于国内网络限制，需要特殊解决网络问题；
5. 利用pgap自带的小型基因组序列测试程序是否安装正常；

3.pgap测试与使用

—— pgap的必要操作指令

== 利用软件包中自带的MG37基因序列测试 ==

// 这里我们采用样例进行测试
$ ./pgap.py --no-internet -o mg37_results test_genomes/MG37/input.yaml;

问题解决：

Q：遇到最多的问题便是国内网络访问github等相关网站出现的不稳定问题。
A：通过配置hosts文件修改DNS可以