Metagenomics——如何掌握binning生物信息学上游数据处理

这是一篇学习分享笔记，用来描述作者在学习过程中的所见所得

circos使用：

笔者在摸索过程中一共发现了三种circos使用途径：

1、直接在circos官网下载配置程序及文件，这里推荐Linux等系统，使用起来更为方便，因为后续要配置很多perl的安装包及环境

2、用R语言进行操作，R本身作为一种解释性语言，其易用性和可视化做的都不错，我们只需要添加R语言中的biocircos.R这个包，并配置相应环境即可

3、在Python中当然也可以使用pycircos这个类包，强大的python工具包也是不遑多让。

这里笔者有一定的编程基础，故选择了python作为平台工具。

宏基因组测序数据处理：

去接头+低质量reads过滤——fastp

短读碱基修正——BFC

组装——spades等

 

 

 针对K-mers使用的理解：

 

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单次使用

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永久修改

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