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RSS订阅原创 9.热图注释--超方便的文件格式导入
热图注释问题已经困扰了很多人，特别是那个颜色注释，在这个教程里你只要制备好你的xlsx文件，就能轻松搞定，拒绝烦恼。样本基因丰度文件：rrr_matrix.xlsx（一般是列名为样本，名行名为基因名）行注释分组文件：annotation_row.xlsx。列注释分组文件：annotation_col.xlsx。为了更好的看清每个样本的数据结构，我直接上图把！颜色分组文件：ann_colors.xlsx。
2024-03-31 00:00:49
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原创 8. 分组热图
我们在画热图的时候，很大程度上是为了比较不同组之间是否存在基因表达的差异或者物种丰度的差异。那么分组热图可能是你的最好选择，也就是从图1到图2的过程。怎么绘制呢，很简单，我们先准备一下两个文件， rrr_matrix.xlsx（不同样本基因表达量表）和group.xlsx（样本分组表）不同样本的基因表达量的表 rrr_matrix.xlsx。分组表group.xlsx。下面就是直接上R代码了。
2024-03-30 13:32:11
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原创 7.修改注释表做物种组成图
但是看看高分文章，细心的人就会发现,出现了UC Cryomorphaceae.也就是说如果注释到了属的分类为unclassified或者uncultured，他会直接找上一级科Cryomorphaceae，缩写一下就是UC Cryomorphaceae。注意：2:95，96： 102要根据自己的样本数进行修改，我的数据样本是2：95列是样本，96： 102是七个分级的注释。我们通过qiime2注释出来的很多都是未分类的注释，但是在注释的结果里会显示NA。之后就可以画组成图啦！然后话不多说上代码！
2024-03-19 14:17:16
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原创 6. 世界地图叠加饼图
值得注意的是，地图上饼图的图例我是通过生成圆，来形成的，最后通过wpsPDF编辑删掉了那四个圆。对KPKG的处理也是通过log(x+1）*2处理的，和原文有出入，然而原文并没有说明如何转换的，我们只能猜测。下面是data_test（经过列筛选过后）的格式 ：abundant表示KPKG,最后四列代表四个类群的相对丰度。虽谈不上完美复现，但也很接近，需要手动修一修解决饼图重叠的情况。先前在isme j上看见了这个地图，想试着做一下。
2024-03-17 19:30:46
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原创 5.修改fasta文件成规范文件
其中reference.fas是原来的参考库，formatted-reference.fas是规范后的参考库。碱基是小写的，并且还空行了，碱基序列不连续，那怎么变成正常的呢？在服务器里我们创建一个py脚本。然后把下面代码复制进去。
2024-03-13 22:05:05
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原创 4.精美的Alpha多样性箱线图
看了网上的很多A多样性箱线图，但是都很一般，而且带显著性标记的也很少，那么今天就出一期如何做出好看的A多样性箱线图。先说下需要的两个文件：抽平过的OTU表和分组表。OTU表：flat_ASV.xlsx。分组表：group.xlsx。如何从上图画出下图的感觉！
2024-02-27 00:22:17
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原创 3.windows系统docker下载qiime2
qiime2一般是要在服务器linux系统下才能用，但如果没有服务器，只有一台windows系统怎么办呢？如果不想用脚本文件，可以用下面俩方法创建se-33-manifest.csv。然后我们注册一下这docker，安装好docker,就可以进入这个画面。打开shell，我是在R里的terminal，输入下面代码。注意：电脑内存小的，还是不要跑大样本。点击这个蓝色块就能下载了（图1）然后就进入qiime2环境了。关注我，以后的内容更精彩哦。微信公众号：小秋的R语言笔记。淘宝号：小秋家的小卖铺。
2024-02-25 04:30:48
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原创 2.flash批量合并双端序列
这样在你当前目录会产生一个文件夹flash，里面就有合并的序列哦，我取了一个样本的来看，里面有五个文件。也就是说每个样本会产生五个文件，如下图所示。首先看一下我们的序列文件长啥样：我这给出两个样本，正反序列，一共四个。但事实上，我们的样本一般不止一个，而是几十个，怎么批量合并呢？对于flash的原理和单个样本双端序列合并过程可以参考。关于vsearch批量合并序列可以参考刘永鑫老师的。关于这五个文件的解释，大家看一下把。关注我，以后的内容更精彩哦。另外如有错误欢迎指正！淘宝号：小秋家的小卖铺。
2024-02-19 18:53:13
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空空如也
DELL服务器死机后重开就这样了😫
2022-03-24
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