9.热图注释--超方便的文件格式导入

热图注释问题已经困扰了很多人，特别是那个颜色注释，在这个教程里你只要制备好你的xlsx文件，就能轻松搞定，拒绝烦恼。
行注释分组文件：annotation_row.xlsx
列注释分组文件：annotation_col.xlsx
颜色分组文件：ann_colors.xlsx
样本基因丰度文件：rrr_matrix.xlsx（一般是列名为样本，名行名为基因名）

 为了更好的看清每个样本的数据结构，我直接上图把！

ann_colors.xlsx

annotation_row.xlsx

 

annotation_col.xlsx

 rrr_matrix.xlsx

话不多说，上R代码：

library(openxlsx)             # Load the openxlsx package
library(ComplexHeatmap)

# 读取Excel文件，将第一列设置为行名
rrr<- read.xlsx("rrr_matrix.xlsx", colNames = TRUE, rowNames = TRUE)
annotation_col=read.xlsx("annotation_col.xlsx", colNames = TRUE, rowNames = TRUE)
annotation_row=read.xlsx("annotation_row.xlsx", colNames = TRUE, rowNames = TRUE)


# 读取Excel文件
data <- read.xlsx("ann_colors.xlsx")

# 初始化一个空的列表
ann_colors <- list()

# 遍历Excel文件中的每一行数据
for (i in 1:nrow(data)) {
  category <- data$Category[i]
  key <- data$Key[i]
  value <- data$Value[i]
  
  # 检查category是否已经存在于列表中
  if (!category %in% names(ann_colors)) {
    ann_colors[[category]] <- setNames(character(), character())
  }
  
  # 将数据添加到正确的category下
  ann_colors[[category]][key] <- value
}

# 查看重构的列表
print(ann_colors)


#自己设定颜色

pheatmap(as.matrix(rrr),cluster_rows = T,cluster_cols = F,
         color=colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),
         show_colnames = T,border_color = NA,scale = "row",show_rownames =F,
         annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row,
         annotation_colors = ann_colors)
################行和列进行分裂
pheatmap(as.matrix(rrr),cluster_rows = T,cluster_cols = T,
         color=colorRampPalette(c("navy","white","firebrick3"))(100),
         show_colnames = T,border_color = NA,scale = "row",show_rownames =F,
         annotation_col = annotation_col, annotation_row = annotation_row,
         annotation_colors = ann_colors,cutree_row = 4, cutree_cols = 5)

 结果图如下

 

按照聚类分裂一下：

学废了吗？

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