3.windows系统docker下载qiime2

qiime2一般是要在服务器linux系统下才能用，但如果没有服务器，只有一台windows系统怎么办呢？
别急
首先下载Docker Desktop on Windows
大家可以从Install Docker Desktop on Windows | Docker Docs网站下载
点击这个蓝色块就能下载了（图1）

然后我们注册一下这docker，安装好docker,就可以进入这个画面

打开shell，我是在R里的terminal，输入下面代码

#下载镜像
docker pull quay.io/qiime2/amplicon:2023.9
#创建容器并命名容器名字，容器名字为qiime2，并且把win里的C:/Users/Admin/Desktop/qiime2share目录挂载在容器的/data里
docker run -it --name qiime2 -v C:/Users/Admin/Desktop/qiime2share:/data quay.io/qiime2/amplicon:2023.9 /bin/bash

然后就进入qiime2环境了

然后看一下能不能使用

我的数据如下：

输入下面代码：

#自制脚本生成se-33-manifest.csv
/data/生成manefast.bash
#导入双端序列
qiime tools import \
  --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
  --input-path se-33-manifest.csv \
  --output-path paired-end-demux.qza \
  --input-format PairedEndFastqManifestPhred33

结果成功导入，完事！

注意：电脑内存小的，还是不要跑大样本。

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如果不想用脚本文件，可以用下面俩方法创建se-33-manifest.csv

#方法1
echo "sample-id,absolute-filepath,direction" > se-33-manifest.csv && find /data/ -type f -name "*.fastq.gz" | awk -F/ '{filename=$NF; n=split(filename,a,"_"); sample_id=a[1]; if(a[2]=="R1.fastq.gz") direction="forward"; else if(a[2]=="R2.fastq.gz") direction="reverse"; else direction="unknown"; print sample_id","$0","direction}' >> se-33-manifest.csv




#方法2 参考某简书
echo 'sample-id','absolute-filepath','direction' > se-33-manifest.csv
ls *_R1.fastq.gz|while read id; 
do 
echo "${id%%_*},$PWD/$id,forward">> se-33-manifest.csv; 
echo "${id%%_*},$PWD/${id%%_*}_R2.fastq.gz,reverse">> se-33-manifest.csv;
done

#单端序列fq/fq.gz
echo "sample-id,absolute-filepath,direction" > se-33-manifest.csv && find . \( -name "*.fq.gz" -o -name "*.fq" \) -exec readlink -f {} \; | awk -F/ '{filename=$NF; gsub(/\.fq\.gz$|\.fq$/, "", filename); sample_id=filename; direction="forward"; print sample_id","$0","direction}' >> se-33-manifest.csv