2.flash批量合并双端序列

对于flash的原理和单个样本双端序列合并过程可以参考

https://www.jianshu.com/p/641c74b52b2d
 

 但事实上，我们的样本一般不止一个，而是几十个，怎么批量合并呢？
首先看一下我们的序列文件长啥样：我这给出两个样本，正反序列，一共四个
A.R1.fastq.gz，A.R2.fastq.gz；B.R1.fastq.gz,  B.R2.fastq.gz
flash我是通过conda安装的
cd到序列的目录下
输入代码：

#flash合并
for r1_file in *R1.fastq.gz; do
    r2_file="${r1_file%R1.fastq.gz}R2.fastq.gz"  # 根据 R1 文件名构造 R2 文件名
    output_prefix="${r1_file%_R1.fastq.gz}"  # 构造输出文件名前缀
    flash --min-overlap 10 --max-mismatch-density 0.25 -t 6 \
          "$r1_file" "$r2_file" \
          --output-prefix="$output_prefix" \
          --output-directory="./flash" >>flash.log 2>&1
done

#注意，如果你的序列文件格式和我不一样，不是*R1.fastq.gz这种类型，那么代码需要相应的修改，替换一下即可
这样在你当前目录会产生一个文件夹flash，里面就有合并的序列哦，我取了一个样本的来看，里面有五个文件。也就是说每个样本会产生五个文件，如下图所示。

关于这五个文件的解释，大家看一下把

关于vsearch批量合并序列可以参考刘永鑫老师的
VSEARCH：最简单易学的扩增子分析流程-CSDN博客

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