生信软件
文章平均质量分 78
生物信息学相关软件,包括安装、简单使用以及结果解读
彼岸花128
这个作者很懒,什么都没留下…
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GCE的安装和使用
计算重复序列占比R=1-b[1/2]-b[1]=1-0.101873-0.279256=61.89%,杂合度H=[a[1/2]/(2-a[1/2])]/kmer_value=[0.270554/(2-0.270554)]/17=0.92%#若计算的杂合度H<0.5%,则表示该物种是纯合物种,那么重复序列占比R需要重新计算,使用文件17mer_shuxi.log中的信息。R=1-b[1]=1-0.431343=56.87%#依据genome_size、a[1/2]、a[1]、b[1/2]、b[1]值。原创 2023-10-24 15:08:32 · 534 阅读 · 3 评论 -
TrimGalore软件的安装使用
通常情况下,我们需要指定对应的adapter序列(参数–adapter),如果没有指定,trim_galore会自动查找以下3种类型的adapter:Illumina,Small RNA,Nextera。**–retain_unpaired:**对于双端测序结果,一对reads中,如果一个read达到标准,但是对应的另一个要被抛弃,达到标准的read会被单独保存为一个文件。**–paired:**对于双端测序结果,一对reads中,如果有一个被剔除,那么另一个会被同样抛弃,而不管是否达到标准。原创 2023-06-25 15:29:27 · 4024 阅读 · 0 评论 -
singularity和docker的安装使用
singularity与docker功能相似,但是相比与docker需要root权限,或者专门添加用户组,singularity在非root时也可使用,且轻量级,修改方便。#修改文件/etc/sudoers,chmod 775 /etc/sudoers & vim /etc/sudoers。#安装docker后,会自动生成docker用户组,若是没有,手动生成:sudo groupadd docker。#再次强调~/.bashrc文件对用户的重要性,进行备份,防止多次source,破坏文件。原创 2023-06-22 16:20:20 · 1947 阅读 · 0 评论 -
conda安装指定版本R
①确保miniconda3安装成功;②明确要安装的版本,且在miniconda中存在(conda search r-base )配置R的CRAN和Bioconducter。通过在指定位置创建文件Rprofile.site。若是想在非R4.1.2conda环境中使用这个R,使用alias。#配置完成,安装使用R即可。原创 2023-06-22 15:54:00 · 6594 阅读 · 0 评论 -
miniconda的安装使用
这时你会发现,在命令行前出现了(base),表示你已进入conda的base环境。#查找下载的软件在bioconda中是否有,你可以在官网查看(https://anaconda.org/),也可以用命令。#你先用conda安装mamba,然后在用mamba安装其他软件,似乎是快了一点,但也一定。conda安装软件最依赖的就是网速,若是网速比较慢,且不稳定,就会下载困难,这里有一个方法,可以稍微有所帮助。#这样如果出错,你只需要重新激活备份配置文件,回答修改之前的状态。#安装要求安装即可,不修改安装路径。原创 2023-06-22 15:43:24 · 310 阅读 · 0 评论