miniconda的安装使用

安装miniconda

1. 准备

#清华源下载miniconda最新安装包Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

cd /home/zhaohuiyao/Biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#安装要求安装即可，不修改安装路径
#重新加载配置文件

export PATH="/home/zhaohuiyao/miniconda3/bin:$PATH"
source ~/.bashrc	

#这时你会发现，在命令行前出现了（base），表示你已进入conda的base环境。若是退出，使用命令conda deactivate即可
#若你不想每次打开终端，都直接进入base环境，执行下面命令

conda config --set auto_activate_base false 

Tips 注意：~/.bashrc对于用户来说是非常重要的，若是修改了某些重要信息，会导致用户无法使用。因此可以先进行备份，再修改

cp ~/.bashrc ~/.bashrc.bak

#这样如果出错，你只需要重新激活备份配置文件，回答修改之前的状态

cp ~/.bashrc.bak ~/.bashrc
source ~/.bashrc

2. 基本使用

#查看conda的基本信息

conda info

#更新conda本身

conda update -n base -c defaults conda

#miniconda的默认源
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch

#修改或添加源（主要是bioconda，因为生信的软件在bioconda下）

conda config --add channels bioconda		#bioconda的官方位置
conda config --add channels conda-forge		#bioconda的社区，有些软件可能只在这里发行

#查找下载的软件在bioconda中是否有，你可以在官网查看（https://anaconda.org/），也可以用命令

conda search samtools

#安装软件

conda install samtools		#默认安装最新版本。若是想要装其他版本samtools=0.2.2
conda install -y samtools	#参数-y表示不询问，所有默认yes

#升级软件

conda update samtools

#删除软件

conda remove samtools

#创建一个环境

conda create -n samtools	#创建一个名称为samtools的环境
conda activate samtools		#激活环境
conda install -y samtools	#安装生信软件samtools
conda list			#查看samtools环境下安装的软件信息
conda deactivate		#关闭环境

#删除conda环境

conda remove -n cutadapt --all
conda remove -p /home/zhaohuiyao/miniconda3/envs/cutadapt --all

#查看所有的env。若在某在环境中运行，则会出现"*"号，表示当前的环境

conda env list

#修改conda环境名称

#先复制
conda create --name  new_name --clone old_name
#再删除旧的
conda remove --name old_name --all 
conda env list

#conda形成yaml文件
#cutadapt虚拟环境已经创建完成。注意yaml文件中只有conda install安装包，pip安装的包不存在

conda activate cutadapt
conda env export > cutadapt.yaml
conda deactivate

#根据yaml文件创建环境

conda env create -f environment.yaml

3. 一些小Tips

conda安装软件最依赖的就是网速，若是网速比较慢，且不稳定，就会下载困难，这里有一个方法，可以稍微有所帮助
#你先用conda安装mamba，然后在用mamba安装其他软件，似乎是快了一点，但也一定。你需要知道有这个方法就行

conda install mamba -c conda-forge

#之后再安装软件

conda create -n samtools	#创建一个名称为samtools的环境
conda activate samtools		#激活环境
mamba install -y samtools	#安装生信软件samtools
conda list			#查看samtools环境下安装的软件信息
conda deactivate		#关闭环境