HIC测序数据生信分析——第四节,软件Juicerbox中进行手工修正,再使用3D-DNA软件拿到最终结果
这一篇文章,仅针对使用3D-DNA挂载HIC的结果分析
#结果文件.hic和.assembly是可以手动修改的,使用juicebox软件。手动修改后,再使用3D-DNA软件进行最终基因组序列的获得。
安装juicebox
官网:https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Download
可安装windows版本
学习视频:B站上,官网上都有
输入3D-DNA软件的结果文件.hic和.assembly,修改后输出文件是新的.assembly文件
再次使用3D-DNA
/home/ubuntu/3d-dna/run-asm-pipeline-post-review.sh -r genome.review.assembly genome.fa aligned/merged_nodups.txt
拿到最终染色体序列文件