MOFid安装及使用

前提要求：

1. 安装Anaconda (https://www.anaconda.com/distribution/#download-section)。完成后打开，安装spyder (此处任意)。

2. 安装Cygwin (Cygwin)，安装过程都是默认选项，最一步选择 `cmake`, `make`, `wget`, `gcc-core`, `gcc-g++`, and `pkg-config` packages 进行安装。

3. 安装Java (https://www.java.com/en/download/) 并配置系统变量。如果不确定，尝试在win+R “cmd”命令中运行“java”，看看它是否成功调用java。（自行百度）

4，解压mofid-master。

安装步骤：

1. 打开Cygwin, 输入 “cd /cygdrive/c/mofid-master”, 按enter键，其中c为硬盘，mofid-master为解压后的文件夹；
2. 输入“make init”; 开始执行makefile文件。（过程有点长）
3. 管理员方式打开Anaconda Prompt ，输入mofid-master所在盘例如“d:”，然后“cd /mofid-master（路径）”。最后依次输入运行“python set_paths.py install”，“python setup.py install” 安装，至此安装完毕。

使用：

1，简单使用MOFid拆分单个MOF

Spyder中输入以下代码：

from mofid.run_mofid import cif2mofid  #该行代码需在spyder右上角打开安装完毕后的路径“\mofid-master\mofid-master\build\lib”下运行。

cif_path = '/path/to/my/mof.cif'  #'/path/to/my/mof.cif'为存放cif文件的路径

mofid = cif2mofid(cif_path)

2，批量拆分MOF

Spyder中输入以下代码：

## 批量计算cif文件

import os

from mofid.run_mofid import cif2mofid

path = "E:/All file/MOF database/Core MOF/both" #cif文件夹目录

files= os.listdir(path)  #得到文件夹下的所有文件名称

txts = []

for file in files: #遍历文件夹

    cif_path = path+'\\'+ file #构造绝对路径，"\\"，其中一个'\'为转义符

    mofid = cif2mofid(cif_path,output_path='output'+file) 

print("文件处理完毕")

3，批量提取拆分后的文件（整体思路先提取所需的含拆分后cif文件的所有文件夹，再从中提取所需的cif）

1)提取拆分后相关cif文件夹（此处有MetalOxo，SingleNode，AllNode，自己看文献各取所需，我这里举例MetalOxo。只要‘python_mofkey’的看第二步）

Spyder中输入以下代码：

##批量提取MetalOxo 文件夹

import os,sys

import shutil

def copy_folder(rootpath, dstpath):

    # 读取文件夹目录，返回指定的文件夹包含的文件或文件夹的名字的列表

    dirs = os.listdir(rootpath)

    # 将读取的文件夹名字转成数组形式

    for dir in dirs:

        # print(dir)

        # 移动符合条件的文件夹并重命名

        if os.path.exists(rootpath + os.path.sep + dir + os.path.sep + 'MetalOxo'):

            shutil.copytree(rootpath + os.path.sep + dir + os.path.sep + 'MetalOxo', dstpath + os.path.sep + 'all' + os.path.sep + dir+'-MetalOxo')

        else:

            continue

if __name__ == '__main__':

    rootpath = 'E:/ Core MOF/convert' #设置原始拆分后的文件夹

    dstpath = 'E:/All file/MOF database/Core MOF\\all_output' # 设置提取的文件夹路径

    copy_folder(rootpath, dstpath)

print("Finish!!")

2) 批量提取cif文件或“python_mofkey.txt”

新建批处理文件：首先新建txt文件，输入以下代码后另存为bat后缀文件，并放至all_output文件夹（以上一步骤结果为例）下双击即可运行。该例子是提取所有的拆分后的MOF的MetalOxo文件夹下的linkers.cif文件。该批处理文件使用的前提是需要提取的文件仅在文件夹下一级，因此也可以直接批量提取拆分后文件夹下的“python_mofkey.txt”文件。

@echo off

# 设置拷贝到all_output_linkers文件夹路径

set "folderTarget= E:\all_output_linkers"

for /f "delims=" %%i in ('dir /ad /b') do (

    if "%%i" neq "%folderTarget%" (

        copy /y "%%i\linkers.cif" "%folderTarget%\"

        ren "%folderTarget%\linkers.cif " "%%i_linkers.cif "

    )

)