纤维多糖分子动力学模拟

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分类专栏： gromacs 文章标签： linux 经验分享
于 2023-11-24 21:41:55 首次发布
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1，模型构建-Cellulose-builder

2，糖的力场设置-GLYCAM06h

3，修改分子文件残基名（重点！！！）

4，生成top，itp文件

1，模型构建-Cellulose-builder

参考Cellulose Builder 用户指南_CocoCream的博客-CSDN博客

构建自己想要的多糖模型，得到crystal.pdb多糖晶体文件。

2，糖的力场设置-GLYCAM06h

糖的力场为： amber14-mfc-pp.tgz

下载后解压得到一个文件夹和两个.dat文件，如下：

将文件夹amber14sb_OL15.ff放到gromacs的安装路径~/sha

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咸鱼啦啦
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cellulose-builder建立纤维素模型
weixin_51982763的博客
01-07 1702
Cellulose-builder 是一个用户友好的程序，可以构建不同尺寸和几何形状的纤维素晶体结构。该程序以蛋白质数据库格式为指定结构的所有原子生成笛卡尔坐标，适合用作分子动力学模拟和其他计算中的起始配置。纤维素多晶型物 Iα、Iβ、II 和 III I的晶体结构实际上任何尺寸的纤维都可以很容易地构建，包括平行六面体、任何长度的植物细胞壁纤维素基本原纤维和单层。
Cellulose Builder 用户指南
CocoCream的博客
04-14 1496
本文是对 Cellulose-Builder 用户指南的翻译及注解，原文连接。Cellulose-Builder 使我们能够以 .xyz 和 .pdb 格式构建任意大小和形状的多种纤维素多晶型物的微晶。例如，这些文件可以用于包含纤维素结晶域的系统的分子动力学(MD)模拟。这个程序最初发表在下面的论文中。如果你使用了Cellulose-Builder，请引用发表的工作:那篇论文包含了 Cellulose-Builder 的功能、使用例子和图例，而且是程序文档的主要组成部分。
Cellulose nanofibril MD tutorial
CocoCream的博客
04-06 863
请注意，如果你要用其他结构搭建 top，那么请合理计算出你的纤维素结构的参数 (长，宽，高)（这里的“长”指的是纤维素单链的长度，“宽”和“高”是不言自明的；在开始模拟之前，我们必须要有纤维素的基本结构单元葡萄糖（虽然理论上是纤维二糖，但是这里力场的最小单元可以是葡萄糖）的键合和非键参数，在本教程中是用的是Amber14 力场，你可以在。如果 Cellulose-builder 给你生成的体系的糖链没有沿着你想要的方向，或者不在你想要的平面的话，使用下面这个指令进行摆正。部分的设置修改一下（见下）。
1NN2中的糖侧链
rogerzhanglijie的专栏
05-23 1477
将PDB结构1NN2中的糖侧链只保留ASN146末端残基的糖侧链,其余的糖侧链没有考虑. 将糖侧链中的糖残基转化为AMBER能够识别的标准的糖侧链的结构如下图： 其中NLN为转换为Amber中GLYCAM_06力场能够识别的残基名称。 NDK为含有磺酸基的N乙酰葡萄糖胺的残基，这个残基利用高斯进行了电荷的重新计算,限制的原子和电荷分别如上图所示.
分子动力学模拟笔记-GROMACS模拟蛋白质小分子体系（二）
m0_67843839的博客
05-10 3107
0基础菜鸟学GROMACS
cellulose builder 怎么安装和使用
weixin_50648036的博客
03-26 160
求助：谁有cellulose builder 安装软件和使用啊，球球了。
人工智能-机器学习-蠕虫链及聚电解质高分子计算机模拟研究.pdf
05-23
关键词涉及蠕虫链高分子、聚电解质、高分子刷、高分子吸附、毛细血管多糖蛋白层、自洽平均场理论以及耗散粒子动力学。论文的工作展示了人工智能和机器学习如何帮助科学家更深入地理解高分子物理的复杂性，并为生物...
Amber14(含纤维素二糖)力场文件
11-06
Amber14力场是分子动力学模拟领域中广泛使用的力场之一，它包含了各种分子体系的参数化信息，能够模拟蛋白质、核酸、小分子以及多糖等生物大分子的结构和动态行为。在这个特定的压缩包中，我们关注的是含有纤维素...
基于遗传算法-神经网络的豆渣酶解工艺优化及其动力学研究.pdf
09-25
本文主要探讨了基于遗传算法-神经网络（GA-NN）的豆渣酶解工艺优化及其动力学研究，旨在找到最佳的纤维素酶酶解条件并建立相应的动力学模型，为豆渣的高效利用提供理论支持。以下是相关的知识点： 1. **遗传算法...
高二生物会考模拟试题(二)[精选].doc
08-19
2. 多糖：纤维素是植物细胞壁的主要成分，由多个葡萄糖分子连接形成，所以在芹菜中可以找到。 3. 蛋白质和DNA的分解：胰液和肠液是消化液，含有多种酶，能够分解蛋白质和DNA。处理果蝇唾液腺的巨大染色体得到的细丝...
山东省潍坊市2015届高三理综第一次模拟考试试题
08-18
【知识点】 1. 理综考试：理综考试通常是指理科综合考试，涉及物理、化学、生物等多个学科，是中国高考的重要组成部分。...这些知识点涵盖了生物学、化学、物理学等多个领域，适用于高中阶段的学习和复习。
超过10000个原子的pdb文件通过MKTOP转换为top文件的解决办法
小木的博客
04-11 1070
本人在做课题时候遇到一个问题，对于分子动力学（MD）把文件转换成gromacs可用文件时： 我们用某些软件生成PDF文件，但如果超过10000个原子，那么生成的PDF文件关于键连接的时候，会连结在一起 我们想要通过MKTOP文件转换PDB为TOP，从而通过gromacs跑程序，我们必须的做一些修改。否则直接报错为 You said we could use PDB Conect info...
Amber | 推荐力场类型
ASKCOS博客
11-16 468
• a protein force field (recommended choice is ff14SB) • a DNA force field (recommended choice is OL15) • an RNA force field (recommended choice is OL3) • a carbohydrate force field (recommended choice is GLYCAM_06j) • a lipid force field (recommended choi
分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤（空蛋白）
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chaojFF的博客
02-23 1万+
本人菜鸟，记录一下自己学习使用Gromacs的过程。 模拟一般过程： 获取蛋白质结构文件 → 准备拓扑 → 选择力场 → 添加盒子、溶剂 → 添加离子 → 最小化能量 → 温度、压力平衡 → 开始模拟 → 分析结果 软件：gromacs2021 目录 1.准备蛋白质结构文件 2.准备拓扑、选择力场 3.添加盒子、溶剂 4.添加离子 5.最小化能量 6.温度、压力平衡 7.开始模拟 8.分析结果 开始 1.准备蛋白质结构文件 蛋白质结构文件（.pdb）可以从PDB.....
.net core3.0上传文件出现404_生成小分子力场TOP（ITP）文件(二)：生成oplsaa力场
weixin_33250594的博客
12-21 966
今天给大家讲解一下生成opls力场的方法。生成其他力场的方法，请点击如下链接：https://mp.weixin.qq.com/s/YTGpwmkrBpCTbOPDXlOGbA一、使用MKTOP离线工具生成1、进入其官方网址，输入自己的信息之后，点击send。官网：http://www.aribeiro.net.br/mktop/然后，在send按钮下面会出现一个蓝色的Download...
分子力场简介 来自wiki百科
rogerzhanglijie的专栏
01-06 8755
分子力场根据量子力学的波恩-奥本海默近似，一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数，简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。分子力场函数为来自实验结果的经验公式，可以讲对分子能量的模拟比较粗糙，但是相比于精确的量子力学从头计算方法，分子力场方法的计算量要小数十倍，而且在适当的范围内，分子力场方法的计算精度与量子化学计
Linux中的环境变量
qhy850716的博客
07-17 476
我们思考这样一个问题：指令也是可执行程序，我们写好的编译好的c语言也是程序，为什么我们在执行c语言程序时要./a.out带上当前路径，而ls这种指令就不要带路径呢？这就是环境变量PATH的作用，Linux中存在一些全局设置，表明命令行解释器应该去哪个路径下寻找可执行程序。系统中的很多配置在我们登录Linux时就已经被加载到bash中了，也就是内存。
定制 Linux 内核的意义
地球空间
07-17 302
2. **配置内核**：使用 `make menuconfig` 或 `make xconfig` 配置内核，选择需要支持的硬件和功能。1. **性能优化**：通过定制内核，可以针对特定的硬件或应用场景优化性能，比如减少不必要的驱动支持、优化调度算法等。7. **持续维护**：随着时间的推移，可能需要对内核进行更新和维护，以支持新的硬件和功能。6. **测试和调试**：启动系统，测试新内核的功能和性能，根据需要进行调试和优化。4. **安装内核**：编译完成后，将生成的内核镜像和相关的模块安装到系统中。
Qmi8658a姿态传感器使用心得（2）linux
最新发布
Starry的博客
07-19 967
COD 原理，CTRL9，自检（详细代码示例）
abaqus模拟纤维混凝土
11-04
abaqus是一款常用的有限元分析软件，可以用来模拟纤维混凝土材料的力学行为。纤维混凝土是一种具有优良性能的复合材料，由水泥基体和内部分布的纤维构成。利用abaqus进行纤维混凝土模拟可以通过以下步骤实现： 首先，需要定义纤维混凝土的材料性质。可以根据实际材料的特点，选择合适的本构模型和材料参数。常用的本构模型有弹性模型、弹塑性模型和损伤模型等。对于纤维混凝土，可以选择合适的本构模型，如弹塑性本构模型，并设定相关参数，如弹性模量、泊松比、应力屈服强度等。 其次，需要建立纤维混凝土的几何模型。可以利用abaqus提供的建模工具进行几何建模，或者导入其他建模软件中建立好的几何模型。根据实际情况设定纤维混凝土的几何尺寸和形状。 然后，为模拟纤维混凝土的加载情况，设定加载条件。可以设置施加在纤维混凝土上的力、位移、温度等加载条件。可以模拟静态加载、动态加载或者多种加载组合。 最后，进行模拟计算。通过选择适当的网格划分，根据模型的边界条件和加载条件，利用abaqus进行模拟计算。模拟计算可以获得纤维混凝土在不同加载情况下的应力、应变、变形等力学响应结果。 通过以上步骤，利用abaqus可以对纤维混凝土进行力学行为的模拟分析，帮助工程师和研究人员更好地了解纤维混凝土的性能，优化设计，提高工程质量。

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