持续发力,孟德尔随机化一周发文60篇! 中国学者发文超越外国学者

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分析简单发文快,孟德尔随机化的爆火也在意料之中。短短一周,孟德尔随机化就发文60篇,有意思的是中国学者的发文量超过了外国学者!让我们来看看今天的周报。

孟德尔随机化,Mendilian Randomization,简写为MR,是一种在流行病学领域应用广泛的一种实验设计方法,利用公开数据库就能轻装上阵写文章,甚至是高质量的论文。

孟德尔随机化通过引入一个称之为工具变量的中间变量,来分析暴露因素和结局之间的因果关系,解决了传统实验方法由于混杂因素的存在,而无法有效说明暴露因素和结局变量之间因果性的问题。

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通过PubMed数据库“ Mendelian randomization”检索发现,5.8-5.14共发表60相关主题论文,其中共6医学1区,13篇医学2区文章,部分文章介绍如下。

中国学者:

1.国学者文章介绍(一)

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文章题目:阻塞性睡眠呼吸暂停与静脉血栓栓塞之间的关联:双向双样本孟德尔随机化研究

研究目的:尽管先前的观察性研究将阻塞性睡眠呼吸暂停 (OSA) 与静脉血栓栓塞 (VTE) 联系起来,但这些发现仍然存在争议。本研究旨在使用双向双样本孟德尔随机化 (MR) 分析在遗传水平上探索 OSA 与 VTE 之间的关联,包括肺栓塞 (PE) 和深静脉血栓形成 (DVT)。

研究方法利用来自欧洲个体大规模全基因组关联研究的摘要级数据,我们设计了一种双向双样本 MR 分析,以全面评估 OSA 和 VTE 之间的遗传关联。采用逆方差加权作为MR分析的主要方法。此外,采用MR-Egger、加权中位数和MR多效性残差和异常值(MR-PRESSO)进行互补分析。此外,还进行了一系列敏感性分析,以确保结果的有效性和稳健性。

研究结果: 初始和验证 MR 分析表明,遗传预测的 OSA 对 VTE(包括 PE 和 DVT)的风险没有影响。同样,反向 MR 分析也没有发现 VTE(包括 PE 和 DVT)与 OSA 之间存在显着关联的实质性支持。补充 MR 方法和敏感性分析进一步证实了 MR 结果的可靠性。

结论: 我们的双向双样本 MR 分析未发现支持 OSA 和 VTE 在任一方向上显着关联的遗传证据。

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2.国学者文章介绍(二)

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文章题目:类风湿性关节炎与支气管扩张症的因果关系:双向孟德尔随机化研究

研究目的: 流行病学观察性研究阐明了类风湿性关节炎 (RA) 与支气管扩张症之间的相关性。然而,这种关联的因果性质仍然模棱两可。为了阐明这种潜在的因果关系,我们进行了双样本孟德尔随机化 (MR) 分析,以探索 RA 和支气管扩张症之间的双向因果关系。

研究方法 RA和支气管扩张症的汇总统计来自IEU OpenGWAS数据库 我们采用各种方法,包括逆方差加权(IVW)、MR-Egger、加权中位数、加权模式和简单模式,以探索RA与支气管扩张症之间的潜在因果关系。此外,还进行了一系列敏感性研究,例如 Cochran Q 检验、MR Egger 截距检验和留一分析,以进一步评估 MR 分析的准确性。

研究结果在前瞻性MR分析中,初步分析表明,在欧洲人群中,RA的遗传易感性与支气管扩张症的风险增加相关(IVW比值比(OR):1.28,95%置信区间(CI):1.20-1.37,p=1.18E-13)。在东亚受试者中观察到可比的结果(IVW OR:1.55,95% CI:1.30-1.34,p = 8.33E-07)。其他四种方法的OR估计值与IVW方法的OR估计值一致。敏感性分析未检测到水平多效性或异质性的证据。相反,在反向MR分析中,我们没有发现任何证据支持欧洲或东亚人群中支气管扩张症和RA之间的遗传因果关系。

结论:这项研究表明,在欧洲和东亚人群中,RA的遗传易感性与支气管扩张症的风险增加有关。这些结果表明,对 RA 患者进行支气管扩张的常规筛查可能是有益的,并且 RA 的有效管理可能有助于降低支气管扩张的风险。未来的研究应旨在阐明将这两种情况联系起来的潜在机制。

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3.国学者文章介绍(三)

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文章题目:双向双样本孟德尔随机化分析支持结构和扩散成像衍生表型与主要神经退行性疾病风险之间的因果关系

研究目的:先前的观察性研究表明,结构和弥散成像衍生表型 (IDP) 与主要神经退行性疾病有关;然而,这些关联是否是因果关系在很大程度上仍不确定。在此,我们进行了双向双样本孟德尔随机化分析,以使用常见的遗传变异-单核苷酸多态性 (SNP) 作为工具变量来推断结构和扩散 IDP 与主要神经退行性疾病之间的因果关系。

研究方法:从英国生物样本库队列中的 33,224 名个体中获得了结构和扩散 IDP 的全基因组关联研究 (GWAS) 的汇总统计数据。七种主要神经退行性疾病的GWAS汇总统计数据来自迄今为止每种疾病的最大GWAS。前向MR分析确定了遗传预测的三种结构性IDP对阿尔茨海默病(AD),额颞叶痴呆(FTD)和多发性硬化症的显著或暗示性统计因果效应。

研究结果:例如,左颞上回表面积的减少与AD的风险增加有关。反向MR分析确定了遗传预测的AD,路易体痴呆(LBD)和FTD对9个结构和扩散IDP的显著或暗示性统计因果效应。例如,LBD 与右上纵束的平均弥散率增加有关,而 AD 与右腹侧纹状体灰质体积减少有关。

结论:我们的研究结果可能有助于在神经影像学水平上阐明主要神经退行性疾病的预测和治疗干预。

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4.国学者文章介绍(四)

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文章题目:确定特发性肺纤维化的潜在药物靶点:一项基于成药基因的孟德尔随机化研究

研究目的:特发性肺纤维化 (IPF) 是一种慢性纤维化间质性肺病,其特征是进行性呼吸困难和肺功能下降,但其确切病因尚不清楚。发现IPF的新药靶点具有重要意义。

研究方法: 我们通过孟德尔随机化分析,从eQTLGen联盟获得可成药基因的顺式表达数量性状位点(cis-eQTL)作为暴露,从国际IPF遗传学联盟获得IPF的全基因组关联研究(GWAS)作为结果,模拟药物对IPF的影响。然后进行共定位分析,计算成药基因的顺-eQTL和IPF共享因果变异的概率。为了进一步验证,我们进行了蛋白质数量性状位点 (pQTL) 分析,以重申我们的发现。

结果: 45个成药基因的表达与FDR<0.05时的IPF易感性显著相关。23 个和 15 个成药基因的表达分别与 IPF 患者用力肺活量 (FVC) 和肺部一氧化碳弥散能力 (DLco) 降低显著相关。IPF易感性和两个重要基因(IL-7和ABCB2)可能具有共同的因果变异。pQTL分析结果表明,血浆中高水平的IL-7与IPF风险降低有关(OR=0.67,95%CI:0.47-0.97)。

结论: IL-7是减轻IPF风险的最有希望的潜在药物靶点。我们的研究不仅揭示了潜在的药物靶点,也为IPF的未来药物开发提供了方向。

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5.国学者文章介绍(五)

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文章题目:奥美拉唑与骨关节炎风险:来自英国生物样本库孟德尔随机化研究的见解

研究目的: 一项先前的队列研究引起了人们对奥美拉唑在加速骨关节炎 (OA) 进展方面的意外危害的担忧。然而,其因果证据的确切性质仍未确定。本研究试图通过应用孟德尔随机化(MR)分析来研究奥美拉唑与OA之间的潜在因果关系。

研究方法:该研究纳入了 ukb-a-106 和 ukb-b-14,486 数据集。因果效应的研究采用了MR-Egger、加权中位数、具有乘法随机效应的逆方差加权(IVW)和IVW(固定效应)等方法。IVW方法主要用于结果解释。进行了敏感性分析,包括异质性、水平多效性和 Leave-one-out 技术的评估。

结果:MR 分析结果表明奥美拉唑与 OA 之间存在因果关系,奥美拉唑被确定为 OA 发展的危险因素(IVW 模型:OR = 1.2473,ukb-a-106 中的 P < 0.01;OR = 1.1288,ukb-b-14,486 中的 P < 0.05)。敏感性分析强调了上述分析结果的稳健性和可靠性。

结论:这项使用 MR 的研究表明,奥美拉唑作为一种暴露因子会增加 OA 的风险。考虑到药物的疗效和相关不良事件,临床医生应谨慎使用奥美拉唑,特别是在OA风险较高的人群中。需要进一步进行稳健和高质量的研究,以验证我们的发现并指导临床实践。

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6.国学者文章介绍(六)

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文章题目:确定抑郁症与便秘之间的关联:观察性研究和孟德尔随机化分析

研究目的:抑郁症和便秘都是严重影响生活质量的普遍疾病。但抑郁症和便秘之间的表型关系和因果关系仍不清楚。

研究方法:我们首先使用从国家健康和营养检查调查中提取的大规模数据(N = 11,585)通过逻辑回归分析来评估表型关系。然后,我们使用全基因组关联研究(GWAS)数据(抑郁:N = 807,553;便秘:N = 377,277)通过双向双样本孟德尔随机化(MR)分析来评估因果关系。为了调查抑郁症的严重程度是否会影响抑郁症和便秘之间的因果关系,我们对重度抑郁症的GWAS数据进行了进一步的MR研究(N = 480,359)。

研究结果:便秘组约有11.31%的受试者患有抑郁症,显著高于正常肠道组(6.09%)。观察性研究显示抑郁症与便秘呈正相关(OR = 1.968,95%CI = 1.530-2.532)。此外,重度抑郁症受试者的便秘风险(OR=2.294,95%CI=1.538-3.422)高于轻度抑郁症受试者(OR=1.549,95%CI=1.242-1.932)。双向MR分析显示抑郁症对便秘有明显的因果关系,但便秘对抑郁症没有因果关系。此外,MR分析还揭示了重度抑郁症与便秘之间的因果关系。

结论:本研究揭示了抑郁症与便秘之间的正相关关系以及抑郁症对便秘的因果关系。临床医生在治疗抑郁症患者时应牢记便秘的风险。

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外国学者

1.国学者文章介绍(一)

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文章题目:非线性孟德尔随机化:使用阴性对照检测偏差,重点关注 BMI、维生素 D 和低密度脂蛋白胆固醇

研究目的:孟德尔随机化 (MR) 是流行病学研究中的一种成熟技术,它使用受孕时遗传变异的随机分配原理来估计暴露对结果的因果线性效应。该技术的扩展包括非线性方法,这些方法允许暴露对结果的不同影响,具体取决于暴露的水平。

研究方法一种广泛使用的非线性方法是残差法,它估计非遗传预测暴露(即“残差”暴露)在不同层内的因果效应。然后,这些“局部”因果估计用于推断非线性效应。最近的工作已经确定,这种方法可能导致严重偏差的估计,并且引入了一种新方法 - 双排名方法 - 作为一种可能更强大的方法。在本文中,我们在 MR 背景下进行阴性对照结果分析。这些分析的结果不应对暴露产生预测的因果效应。

研究结果:使用这两种方法,我们发现在某些情况下的估计明显有偏差。我们还检查了一种情况,其中有可靠的随机对照试验估计效果 - 低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)降低对心肌梗死的影响,其中随机试验提供了这种关系形状的有力证据。双重排名的方法没有识别出与试验数据相同的形状,对于LDL-C和其他脂质,它们产生了一些非常难以置信的发现。因此,我们建议在进一步使用这两种方法之前,应对这两种方法在不同条件下的NLMR性能进行广泛的模拟和实证方法学检查。

结论:在此期间,NLMR方法的使用需要证明其合理性,并且应进行一些健全性检查(例如阴性和阳性对照结果的分析,排除分布极端处的地层去除的敏感性分析,生物学合理性的检查和结果的三角测量)。

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2.国学者文章介绍(二)

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文章题目:风湿性多肌痛中可改变的危险因素和炎症相关蛋白:全基因组荟萃分析和孟德尔随机化

研究目的: 风湿性多肌痛 (PMR) 是一种与年龄相关的不明原因炎症性疾病。我们旨在确定预防或治疗PMR的潜在可改变的危险因素和治疗靶点。

研究设计:我们荟萃分析了来自英国生物样本库和 FinnGen 的 8,156 例 PMR(使用诊断代码和自我报告定义)和 416,495 例欧洲血统对照的遗传关联数据。然后,我们进行了孟德尔随机化分析,以估计8个可改变的风险因素(使用来自多达120万人的数据)和65种炎症相关循环蛋白(多达55,792人)之间的关联,使用逆方差加权和多效性稳健方法。

研究结果我们在 IL1R1、NEK6 和 CCDC88B 基因中鉴定了三个新的全基因组重要位点,并确认了先前描述的与 HLA-DRB1 和 ANKRD55 的关联。遗传预测的吸烟强度(OR 1.32;95%CI 1.08-1.60;p = 0.006)和内脏肥胖(OR 1.22;95%CI 1.10-1.37;p = 3.10x10-4)与PMR易感性相关。与 IL-1 家族信号转导相关的多种循环蛋白与 PMR 相关。IL-1 受体样 2,也称为 IL-36 受体 (OR 1.25;p = 1.89x10-32)、血清淀粉样蛋白 A2 (OR 1.06, 9.91x10-10) 和 CXCL6 (OR 1.09, p = 4.85x10-7) 在多次检测校正后仍具有显著性。

结论: 在人群水平上减少吸烟和内脏肥胖可能会降低 PMR 的发生率。我们确定了可能在PMR中起因果作用的蛋白质,这可能表明了新的治疗机会。在将这些发现应用于临床实践之前,还需要进一步的研究。

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3.国学者文章介绍(三)

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文章题目:多组学整合揭示了介导空气污染物对过敏性鼻炎的鼻粘膜生物学的改变

研究目的:过敏性鼻炎是鼻粘膜的一种常见炎症,会给健康带来相当大的负担。据观察,空气污染会增加患过敏性鼻炎的风险。我们解决了以下假设:早期暴露于空气有毒物质与发生过敏性鼻炎有关,并且这些影响是由鼻粘膜中的DNA甲基化和基因表达介导的。

研究方法: 在 505 名参与者的病例对照队列中,我们使用来自美国环境保护署的数据对参与者早年暴露于空气有毒物质的情况进行地理编码,通过问卷调查评估医生对过敏性鼻炎的诊断,并收集鼻刷用于全基因组 DNA 甲基化和转录组分析。然后,我们进行了一系列分析,包括差异表达、孟德尔随机化和因果中介分析,以表征早期空气毒物、鼻腔 DNA 甲基化、鼻腔基因表达和过敏性鼻炎之间的关系。

研究结果:在505名参与者中,275人患有过敏性鼻炎。受试者的平均年龄为16.4岁(标准差=9.5岁)。早年接触丙烯酸、磷化氢、锑化合物和氯化苄等空气有毒物质与发生过敏性鼻炎有关。这些空气毒物通过改变呼吸纤毛功能、肥大细胞活化、促炎 TGF-β1 信号传导和髓系免疫细胞功能调节等基因的鼻腔 DNA 甲基化和鼻腔基因表达水平来发挥作用。

结论:我们的研究结果扩大了与过敏性鼻炎有关的空气污染物的范围,并揭示了它们在鼻粘膜中的潜在生物学机制。

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4.国学者文章介绍(四)

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文章题目:遗传代理白细胞介素-6受体抑制会增加特应性皮炎的风险

研究目的: 据报道,在开始使用 IL-6 受体抑制剂 (IL-6Ri) 后出现皮炎,而特应性皮炎 (AD) 的遗传关联研究与 IL-6R 通路信号传导有关。然而,因果关系仍不清楚。随着IL-6Ri适应症的扩大,确定是否有机制证据将其与AD联系起来的临床重要性也在增加。本文将研究IL-6Ri与AD风险之间的关联。

研究方法:为了在遗传上模拟IL-6Ri,我们在343,524个个体中选择了与C反应蛋白(CRP)相关的IL6R基因内或附近的单核苷酸多态性,具有全基因组意义。AD的遗传数据来自10,788例病例和30,047例欧洲血统的对照。我们使用了逆方差加权和多效性鲁棒方法,并使用共定位检查了遗传混杂。使用13,473例AD芬兰病例和2,385例东亚病例重复分析。通过meta分析合并了三项独立分析的结果。

研究结果: 遗传代理的IL-6Ri与AD风险增加相关(CRP每降低4.4mg/l,OR为1.78;95%CI 1.28,2.48;p=6.5x10-4).使用芬兰结局数据(OR 2.07;95%CI 1.58,2.72;p=1.57x10-7)和东亚数据集(OR 1.68;95%CI 1.12,2.54;p=0.013)。3个独立人群的Meta分析(OR 1.89;95%CI 1.57,2.28;p=2.68x10-11)没有异质性的统计学证据(p=0.65)。我们没有发现多效性或遗传混杂的统计证据。

结论:这项遗传研究在独立的多祖先人群中提供了一致的证据,表明 IL-6R 信号传导与 AD 易感性有因果关系。临床医生在使用 IL-6R 抑制剂治疗免疫介导的炎症性疾病时,应警惕类似 AD 的不良反应。

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其他一区文章:

中国学者

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外国学者

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两天掌握孟德尔随机化高级方法:多变量、中介、药靶。。。。

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