Shell脚本的基础以及常用指令

Shell 是什么

其实在之前的文章里有略微提到过。生信分析中不可或缺的一个伙伴，不管你主打R还是Python，Shell是必修课。当然，Shell的指令相对而言比较简单，不需要太多的学习成本，看完本文大概可以解决90%的日常问题了。

Shell的特点及用途

• 和unix指令一样，输入指令然后执行就好
• 指定什么时候按照什么条件用什么指令进行命令执行
• 指定输入文件和输出文件

基本设置

首先用随便什么IDE创建一个最简单的Shell脚本文件，没有IDE的话可以新建一个txt文件，文件名后缀改成sh就好，比方说这里创建了一个text.sh。

#！/bin/sh
echo "Hello, world!"

• 在写正式的code之前需要写一行 #!/bin/sh，这个相当于告诉系统Shell要来了。单独使用bash的时候，需要写#!/bin/bash。
• 用以下的方法可以执行这个shell脚本文件

$ sh test.sh

or

$ bash test.sh

这样就可以获得运行结果"Hello, world!"。

输入&输出

echo输出、 read输入
把刚才的test.sh改一下，

#!/bin/sh

read NAME
echo "Hello, $NAME!"

执行一下，输入自己的名字Jason，就会得到这样的结果。当然要输入名字哈，要不然机器会一直等着你。

$ sh test.sh 
Jason
Hello, Jason!

bash的话改成如下就好了。挂上一个-e FLAG。

#!/bin/bash
echo -e "Hello\n$NAME!" 

变量

• 变量名可以是英文字母，数字和下划线。a~z,A~Z,0~9,_。
• 用=给变量赋值。前后不要有空格。文字用双引号""。
• 要引用变量的话，在变量前加上$。或者$加上{}。
• 一个变量里只能保存一个值。
• 用readonly来防止变量被覆盖。
• 用unset可以删除变量。

#!/bin/sh

var="这是变量"
VaR_2="这也是变量"
echo "Var_2=$VaR_2"

VaR_2="VaR_2被改变了。"
echo ${VaR_2}

readonly var
var="用readonly尝试改变变量。"

执行以后得到以下结果

jason$ sh test.sh 
Var_2=这也是变量
VaR_2被改变了。
test.sh: line 11: var: readonly variable

特殊变量

变量	意思
$0	脚本名
$1~ $9	参数，第一个参数是$1，第二个参数是$2
$#	脚本里所有的参数数量
$*	所有参数集中在一起处理
$@	所有的参数个别处理
$?	当前命令是否成功执行，成功1，失败0
$$	当前的脚本的Process ID
$!	当前在背后执行的Process ID

https://qiita.com/zayarwinttun/items/0dae4cb66d8f4bd2a337

#!/bin/sh

echo "\$0（脚本名）: $0"
echo "\$1（第一个参数）: $1"
echo "\$2（第二个参数）: $2"
echo "\$3（第二个参数）: $3"
echo "\$#（参数的数量）: $#"
echo "\"\$*\": \"$*\""
echo "\"\$@\": \"$@\""
VAR="exit的值应该是0"
echo $?

当执行test.sh脚本并在后面添加first, second，third三个参数以后，就会得到以下的结果

jason$ sh test.sh first second third
$0（脚本名）: test.sh
$1（第一个参数）: first
$2（第二个参数）: second
$3（第二个参数）: third
$#（参数的数量）: 3
"$*": "first second third"
"$@": "first second third"
0

特殊文字

* ? [ ' " ` \ $ ; & ( ) | ~ < > # % =
这些都是特殊字符。想要把这些当作普通字符来使用的时候得在前面加上\。

序列(Bash)

bash shell可以仿照下面的格式写。

#!/bin/bash

ARRAY=(item1 item2 item3 item4)
ARRAY[0]="ITEM1"
ARRAY[2]="ITEM3"

echo "ARRAY[0]: ${ARRAY[0]}"
echo "ARRAY[1]: ${ARRAY[1]}"


echo "ARRAY[*]: ${ARRAY[*]}"
echo "ARRAY[@]: ${ARRAY[@]}"

得到以下的结果

sh test.sh 
ARRAY[0]: ITEM1
ARRAY[1]: item2
ARRAY[*]: ITEM1 item2 ITEM3 item4
ARRAY[@]: ITEM1 item2 ITEM3 item4

操作

shell可以进行四则运算和逻辑计算

符号	意思	例子
+	加法	echo expr 10 + 20 => 30
-	减法	echo expr 20 - 10 => 10
*	乗	echo expr 11 \* 11 => 121
/	除	echo expr 10 / 2 => 5
%	余数	echo expr 10 % 4 => 2
=	指定	a=$b
==	等于	[ "$a" == "$b" ]，a和b一样的话会返回TRUE
!=	不等于	[ "$a" != "$b" ] ，a和b不一样的话会返回TRUE

比较	意思
-eq	是否等于
-ne	是否不等于
-gt	是否大于
-lt	是否小于
-ge	是否大于等于
-le	是否小于等于
!	不是
-o	或者
-a	并且

If 条件

用上面操作里的语法写一段包含语法的shell脚本。

#!/bin/sh

if [ "$1" -gt "$2" ]
then 
    echo "参数1比参数2大"
elif [ "$1" -eq "$2" ]
then
    echo "参数1和参数2一样"
else
    echo "参数1比参数2小"
fi

自己随便指定参数执行一下test.sh

% sh test.sh 2 7
参数1比参数2小
% sh test.sh 10 10
参数1和参数2一样
 % sh test.sh 10 9 
参数1比参数2大

Switch条件

• switch的基本语法就是，case 参数 in 条件·值 )指令;; esac
• 如果条件·值符合参数，就会执行指令

#!/bin/sh

DRINK="coffee"
case "$DRINK" in
    "beer") echo "啤酒" 
    ;;
    "juice") echo "果汁" 
    ;;
    "coffee") echo "咖啡" 
    ;;
esac

执行一下

% sh test.sh     
咖啡

Loop

• break中断
• continue跳过

while循环

在符合条件的情况下执行

#!/bin/sh

a=0
while [ $a -lt 5 ]
do
    echo $a
    a=`expr $a + 1`
done

% sh test.sh
0
1
2
3
4

until循环

和while相反，执行直到合符条件

#!/bin/sh

a=0
until [ ! $a -lt 5 ]
do
    echo $a
    a=`expr $a + 1`
done

% sh test.sh
0
1
2
3
4

for 循环

• for循环的基本格式是for 变量 in 多个数值或者范围 do 指令 done

#!/bin/sh

for var in 0 1 2 3 4  #指定范围(Bash的话) => {0..4}
do
    echo $var
done

 sh test.sh
0
1
2
3
4

函数

#!/bin/sh

#指定函数
MyFunction () { 
    echo "函数的echo输出。"
}
MyParamFunc() {
    echo "变量1:$1 变量2:$2"
}

#呼出函数
MyFunction
MyParamFunc param1 param2

% sh test.sh
函数的echo输出。
变量1:param1 变量2:param2

写在最后

本文里基本上覆盖了最常用到的shell脚本语法了。其实不只是需要做生信分析的科研人员，SE等职业码农也会经常用到这些内容。在unix里和其他脚本语言一起使用的话可以极大提高生产力。觉得有点帮助的话点个赞吧。