生信分析常用编程语言汇总

0525 Cloudy
说到编程语言，其实大致可以分成两种，一种是计算机编译器语言，比方说C,C++,优点在于基于计算机硬件特点编写，可以使代码有效高速的运行，特别适合大规模复杂的计算。日常用到的程序有很多，比方说其中之一就是大名鼎鼎的BLAST。还有一种是脚本语言，小到中等规模的计算和数据操作时会经常用到，这个时候用C可以说是用牛刀杀鸡。用编译器语言编写的工具绝大多数情况下除了需要参数设置以外都可以直接使用。比起编译器语言，生信分析中给我们带来阻碍更多的是脚本语言。
当然也不是说每一个编程语言都需要用的风生水起，炉火纯青，这是要去抢码农饭碗的节奏。其实我们不用从0开始自己写程序，而是只需要能看得懂网上大神写的东西，然后根据自己的需要修改一部分变成自己能用的东西就好。更何况很多开源语言都有自己的针对生信分析的library,相当于app store，想要用什么自己下载什么就可以。
在此会介绍几种可能会接触到的脚本语言。以及其各自的特点和用法。希望能给大家带来帮助。

awk, Perl, Ruby的话，macOS都有自带不需要另行安装

• awk
  短跑高手(刺客)
  这是一款由A. V. Aho, P. J. Weinberger, B. W. Kernghan三个大神开发的语言。三大神名字首字母拼凑在一起就成了该语言的名字。awk时一款最早就被UNIX收录的程序，运行速度非常快，经常用在NGS等数据量很大的文件处理方面。awk的特点就是小巧灵活，非常适合编写短小的单行(one-line)程序。以下举个栗子：

% x=3;y=16;echo | awk -v xx=$x -v YY