1.A FULLY AUTOMATED DEEP LEARNING-BASED NETWORK FORDETECTING COVID-19 FROM A NEW AND LARGE LUNG CT

目录

实验内容       

图片分类

数据库

图片选择

 图片分类

病人识别

论文材料   

COVID-CTset

论文数据

数据及处理

参数设置

评估和实验结果

评估

评估标准

评估结果

 实验结果

论文网址:A Fully Automated Deep Learning-based Network For Detecting COVID-19 from a New And Large Lung CT Scan Dataset | Papers With Code

实验内容       

        总体分为两个阶段:第一是图片分类(image identification),第二是病人识别(patient identification)。

图片分类

        在图片分类阶段,共包括数据库、图片选择和图片分类。

数据库

        是COVID-CTset,把它转换成TIFF格式的16位灰度图。该数据库共包括95个新冠肺炎患者的15589张图片和282个正常人的48260张图片。


图片选择

        论文设计了一个CT扫描选择算法(CTscans selection algorithm),该算法丢弃了数据库中一些不符合要求的图片。算法流程是:设置一个分析框(analysis region,AR),位置是[120:370,240:340]。分析AR框内,小于暗像素(像素值小于300)的像素点数量。所有图片计算完毕后,找出最大暗像素值(mx)和最小暗像素值(mm)。计算阈值thr,thr=(mx-mm)/1.5。计算一整张扫描图的暗像素值dp,与阈值thr比较,若dp大于thr,则把图片送入分类一步。

 
图片分类

        图片分类网络中,首先ResNet50V2是骨干网络,接着是带有横向连接的FPN(feature pyramid network),输出五个最后特征,再把5个特征分别打平(flatten)后,分别送入Dropout层,防止过拟合。接着是第一层分类层,该分类层的激活函数是Relu函数,每个分类层有两个神经元。然后,连接5个分类层,形成具有10个神经元的密集层。最后连接最后的分类层,该分类层的激活函数是softmax函数。

病人识别

        该阶段中,对于一个病人的一系列CT扫面图,只要感染的张数大于阈值,就会判定他被感染。阈值定为0和0.1。

论文材料   

COVID-CTset

数据库来源:

GitHub - mr7495/COVID-CTset: Large Covid-19 CT scans dataset from the paper: https://doi.org/10.1016/j.bspc.2021.102588         

        该数据库里图片格式为16位灰度值DICOM和521*512像素分辨率

        其中15589张图片是来自95位感染者的,48260张图片来自282位正常者。这377人是具有不同性别、年龄和感染情况的。

论文数据

数据及处理

        数据:分为两个部分,第一个部分是转换成TIFF的原始数据,第二部分是训练、验证和测试数据。训练和测试阶段的数据分为5个文件夹,每个文件夹里训练阶段的肺炎病人更多,正常病人更少。

        输入图片:我们把DICOM转换成TIFF,不包括患者的个人信息。

        输出图片:通过把每张图片的像素值除以图片的最大像素值,使得图片具有32位浮点数类型的像素值,格式为TIFF,这个更有利于被标准监控器可视化。

参数设置

        epoch:50

        优化器:Nadam

        loss:Cross-entropy

        学习率:1e-4

        Batch-size:14

        训练权重:迁移学习来自预训练ImageNet的权重weights

        数据增强:flipping、zoom、rotation、shifting

评估和实验结果

评估

评估标准

        每一个类都使用不同的4个指标,以及所有类的总体准确率

 

评估结果

        五个文件夹:

 实验结果

        20个epoch的训练和验证准确率  

        阈值为1时,病人识别阶段结果:

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