在我刚开始接触qiime2的时候,在最后物种分类完成后,想要绘制出分类的物种组成bar图,发现代码中有sample-metadata.tsv,起初我不理解,我以为这个是一个公用的tsv,我就把作者给的tsv下载了下来,但是发现一直报错。
看了官方的文件才知道这个metadata是自己特有的,第一列是样本的ID,第二列可以是barcode,引物等。我自己是在NCBI上SRA中下载的数据,其实也提供了下载数据的metadata。在这里也提供一下思路:
首先通过accession number得到所需序列,全选,点击右上角的send to,选择run selector。
选择自己需要的sample。
可以看到metadata选项,下载即可。
对了这里下载的metadata的第一列表头是run,打开后记得把它修改成sample id。