如何查看sra数据

EST : expressed sequences tags 表达序列标签
WGS:whole genome sequencing
miRNA(microRNA): 真核生物中一类内源性的具有调节功能的非编码基因,其大小大约为长度为20-25的核苷酸序列
Run:
Bioproject
Biosample
Experiment
Accession list: 就是run号,可以根据这个号来下载raw data 数据

light, nitrate, phosphate, temperature

在这里插入图片描述

  1. 登录SRA网页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra

  2. 输入要搜索的物种名字,点击search
    在这里插入图片描述
    3、然后在Send to 下拉框中点击Run Selector, 然后点击Go
    在这里插入图片描述
    4、对搜索出来的结果打钩,如正方形方框所示,然后点击metadata, 就会下载每个run所对应的详细信息
    在这里插入图片描述
    5、对于下载下来的metadata数据,从excel表格打开,选择用逗号隔开,就可以把table数据转化成excel的表格数据。然后用关键词来搜索感兴趣的信息。

  3. 另外,可以根据左边的filter来选择相关的信息
    在这里插入图片描述

如何查找一类藻的转录组信息

1、登录sra网站,然后输入一个门的名称,如Dinoflagellates,单击search
在这里插入图片描述
2、在右边的信息里,点击tree,就会显示出物种的分类信息,然后点击dinoflagellates, 如下面方框显示所示。
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
3、选择send to, 然后点击run selector, 最后点击Go

在这里插入图片描述
3、勾选好items,然后点击metadata,就下自动下载所有选定run的相关信息。
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