fMRI数据处理：图像质量控制

系列文章目录

fMRI数据处理：从DICOM到NIFTI（上）
fMRI数据处理：从DICOM到NIFTI（中）
fMRI数据处理：从DICOM到NIFTI（下）
fMRI数据处理：图像质量控制

---

---

前言

前面三篇，我们顺利的吧DICOM格式转为了NIFTI格式的文件。在开始预处理之前，还有一件很重要的事情，那就是质量控制（QC，quality control）或者叫质量评估（QA，quality assess）。

---

一、什么是质量控制？

质量控制（QC）是功能性磁共振成像（fMRI）研究的重要阶段。通过生成的质量控制报告，研究人员可以排除具有各种问题的数据，例如：图像的缺失、明显的头部运动、低信噪比、切片不足等的图像。

这里有一些个人见解，你要问它重要吗？我的回答是重要。但你说这一步非做不可吗？我认为不是必要的。我前前后后收集了一些数据，之前分析的时候我不知道质量控制这一回事，拿到手直接转格式再预处理，这没问题。后来我接触到了质量控制，就纳入了这一步，结果做完后依旧是接着预处理，我甚至觉得它有点浪费时间。直到有一天我突然发现有个被试的EPI图像额叶信息丢失，我才觉得做完没有发现问题才是最好的结果。

质量控制，控制的是什么？我觉得最重要的还是图像信息的完整性，以及过度的头部运动。如果数据拿回来一看，脑子只剩一半了（可能是机器的原因？）那肯定要舍弃了，还有就是过度的头部运动，头部运动带来的影响还是很大的。还有一些可能很少遇见的问题，如其他因素造成的MRI伪影，异常的大脑组织等等。

二、什么是MRIQC？（Linux系统）

MRIQC 是一款自动化的 BIDS 应用程序，它把符合 BIDS 标准的数据集进行质量评估（QA）。然后生成 HTML 的可视化报告，用于检查所收集数据的质量，并确定数据质量是否足以进行后续的预处理和分析。点击进入官网了解MRIQC更多的信息。

我用的还是基于Ubuntu20.04LTS系统下的docker来运行MRIQC，安装和使用教程都在官网有详细说明。

MRIQC更新的也是挺快的，我用的是23.0.1的版本，它新旧版本的可视化报告内容基本一样，就是排版样式变化了一下：

第一步检查一