fMRI数据处理：图像质量控制

系列文章目录

fMRI数据处理：从DICOM到NIFTI（上）
fMRI数据处理：从DICOM到NIFTI（中）
fMRI数据处理：从DICOM到NIFTI（下）
fMRI数据处理：图像质量控制

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前言

前面三篇，我们顺利的吧DICOM格式转为了NIFTI格式的文件。在开始预处理之前，还有一件很重要的事情，那就是质量控制（QC，quality control）或者叫质量评估（QA，quality assess）。

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一、什么是质量控制？

质量控制（QC）是功能性磁共振成像（fMRI）研究的重要阶段。通过生成的质量控制报告，研究人员可以排除具有各种问题的数据，例如：图像的缺失、明显的头部运动、低信噪比、切片不足等的图像。

这里有一些个人见解，你要问它重要吗？我的回答是重要。但你说这一步非做不可吗？我认为不是必要的。我前前后后收集了一些数据，之前分析的时候我不知道质量控制这一回事，拿到手直接转格式再预处理，这没问题。后来我接触到了质量控制，就纳入了这一步，结果做完后依旧是接着预处理，我甚至觉得它有点浪费时间。直到有一天我突然发现有个被试的EPI图像额叶信息丢失，我才觉得做完没有发现问题才是最好的结果。

质量控制，控制的是什么？我觉得最重要的还是图像信息的完整性，以及过度的头部运动。如果数据拿回来一看，脑子只剩一半了（可能是机器的原因？）那肯定要舍弃了，还有就是过度的头部运动，头部运动带来的影响还是很大的。还有一些可能很少遇见的问题，如其他因素造成的MRI伪影，异常的大脑组织等等。

二、什么是MRIQC？（Linux系统）

MRIQC 是一款自动化的 BIDS 应用程序，它把符合 BIDS 标准的数据集进行质量评估（QA）。然后生成 HTML 的可视化报告，用于检查所收集数据的质量，并确定数据质量是否足以进行后续的预处理和分析。点击进入官网了解MRIQC更多的信息。

我用的还是基于Ubuntu20.04LTS系统下的docker来运行MRIQC，安装和使用教程都在官网有详细说明。

MRIQC更新的也是挺快的，我用的是23.0.1的版本，它新旧版本的可视化报告内容基本一样，就是排版样式变化了一下：

第一步检查一下安装好了没有，文件夹建了没有

# Step1: check mriqc
docker run -it --rm nipreps/mriqc:23.0.1 --version

# Step2: Make mriqc directory in derivatives folder
bids_root_dir=/media/xxx/xxxxE6C7xxxxxx/postgraduate/fMRIanalysis/data/bids
if [ ! -d $bids_root_dir/derivatives/mriqc ]; then
mkdir -p $bids_root_dir/derivatives/mriqc
fi

第二步跑一下单个被试的看看，结果对不对

# Step3: run on single subject
subj=01
bids_root_dir=/media/xxx/xxxx6C7A4xxxx/postgraduate/fMRIanalysis/data/bids
if [ ! -d $bids_root_dir/derivatives/mriqc/sub-${subj} ]; then
mkdir $bids_root_dir/derivatives/mriqc/sub-${subj}
fi

docker run -it --rm \
-v $bids_root_dir:/base:ro \
-v $bids_root_dir/derivatives/mriqc/sub-${subj}:/out \
nipreps/mriqc:23.1.0 /base /out \
participant \
--participant_label sub-${subj} \
--nprocs 4 --mem_gb 32 --float32 \
--no-sub \
-w /out

第三步批量跑所有的被试，然后进行组分析

# Step4: loop for group
for subj in `seq -w 02 05`
do
bids_root_dir=/media/xxx/xxxx6C7A4xxxx/postgraduate/fMRIanalysis/data/bids
if [ ! -d $bids_root_dir/derivatives/mriqc/sub-${subj} ]; then
mkdir $bids_root_dir/derivatives/mriqc/sub-${subj}
fi

echo ""
echo "Running MRIQC on participant ${subj}"
echo ""

docker run -it --rm \
-v $bids_root_dir:/base:ro \
-v $bids_root_dir/derivatives/mriqc/sub-${subj}:/out \
nipreps/mriqc:23.0.1 /base /out \
participant \
--participant_label sub-${subj} \
--nprocs 4 --mem_gb 32 --float32 \
--no-sub \
-w /out
done

# Step5: run group level
bids_root_dir=/media/xxx/xxxx6C7A4xxxx/postgraduate/fMRIanalysis/data/bids
docker run -it --rm \
-v $bids_root_dir:/base:ro \
-v $bids_root_dir/derivatives/mriqc:/out \
nipreps/mriqc:23.0.1 /base /out \
group

跑完了就会在data/bids/derivatives/mriqc下看见每个被试的指控.html文件以及组分析文件，至于怎么看这个结果，还是有挺多要讲的，不过好在官网它有视频哈哈哈，Visual Reports有anatomical reports，也有functional reports和group report大家自己去看看哈。

三、Windows系统下如何进行质量控制？

Windows系统下肯定是可以做质量控制的，但是有哪些软件可以做，我不太清楚。目前我只知道DIPABI可以做质量控制，由于我没用过，在这里不做任何评论。感兴趣的话可以去搜索一下，不过DIPABI的数据格式不是严格意义上的BIDS格式，它有自己的一套目录结构，也提供了把BIDS结构转为DIPABI结构的工具。