基于GPCRs结构的Ballesteros-Harel Weinstein编号方案以及受体Binding Site（BS）介绍（附Pearson’s correlation coefficient）

G蛋白偶联受体(GPCRs)是完整的膜蛋白，代表一类重要的药物靶点。特别是胺能（aminergic）GPCRs与目前市场上很大一部分药物相互作用。所以在药物虚拟筛选中，基于GPCRs受体结构进行药物筛选是常用手段。42种胺能受体中8种结构已解析， [the β₁- and β₂-adrenergic receptors (β₁AR and β₂AR), dopamine D₃ receptor (D₃R), histamine H₁ receptor (H₁R), serotonin 1B and 2B receptors (5HT_1BR and 5HT_2BR), and muscarinic acetylcholine M2 and M3 receptors (M₂R and M₃R)，下面就是有关些GPCRs中TM区域以及BS区域的介绍。

一、Ballesteros-Harel Weinstein Numbering Scheme——GPCR（G蛋白偶联受体）的通用编号方案

GPCRs在包括激素和神经递质在内的各种分子信号转导中起着关键作用，因此时许多疾病的药理靶点。Aminergic （胺能）GCPRs属于A类视紫红样（A rhodopsin-like）的GPCRs，非常重要，是目前25%药物的靶点。

这里的Ballesteros-Harel Weinstein编号方案适用于确定GPCRs蛋白的TMH区域，下面还会介绍确定结合位点binding site（BS）的方法。为了将位点定义的特性与许多不同类别的GPCR蛋白序列联系起来，Ballesteros和Harel Weinstein开发了一种通用的编号方案，该方案提供了每个AA（amino acid）的相对位置、AA在该位置上的位置以及在特定GPCR中真正的AA数字的信息。将GPCR序列中每个AA位置对应的三个广义数字作为标识符，推导如下:
每个AA标识符都以TMH编号开始，例如TMH4的编号为4，其次是该TMH中最保守的AA相对于参考残基的位置。参考余数被分配为50。例如，TMH4中最保守的AA是一个标识符为4.50的色氨酸，即W_4.50。在W_4.50之后的5个AA的丝氨酸残基值是S_4.55 。

图2展示了人类β₂-肾上腺素能GPCR的螺旋图。为了将标识符与特定GPCR蛋白的AA序列联系起来，可以在上述定义的每个标识符后面加上特定序列的编号。例如，在人β₂-肾上腺素能GPCR中，W_4.50是158号，该特异性受体可被称为W_4.50(158)（粗体字母表示高度保守的残基）。

在这种编号方案中，突变以通常的方式进行识别，野生型标识符后面跟着突变体AA。例如，W_4.50(158)F定义了Trp野生型的Phe突变。这种鉴定方案允许系统地比较在同一位点的不同受体上发生的突变。

表I列出了每个TMH中选择的参考AAs，并说明了β2-肾上腺素能受体TMHs的新标识符。图2人β2-肾上腺素能GPCR的螺旋网图显示了每个参考AA在GPCR TMHs中的相对位置。

如果AA处于loop中，这种编号方案可以为它提供两个不同的标识符，例如，L_1.63 = L_2.34。对于特定的AA站点，与TMH边界的接近程度决定了实际使用哪个标识符，尽管这两个标识符唯一地定义了相同的位置。

分析假定跨膜螺旋片段中Pro残基的发生，作为螺旋末端的指示

由于特征失真产生的Pro残余物上的一个a螺旋(接上图内容)，TMHs中单个Pro残基通常高度保守。螺旋末端普遍存在单个不保守的Pro残基，可用于TMH末端的预测。已有研究表明，这种单一的、非保守的Pro残基可以占据n端前三个位置，最多可以占据尾端最后一个位置，而不明显扭曲螺旋。这些位置偏好的原因(i)一个酰胺氢在一个n端H-bond螺旋不是必需的,和(ii)a螺旋内的Pro环在前一个turn与AA产生空间冲突,但不会与Pro环后的残基发生冲突。在a螺旋中，Pro-Pro或Pro- x -Pro模体（motif）从不出现在c端，而在n端受到严重限制，在n端它们可以采用poly(Pro)螺旋构象。事实上，在PRC结构中出现的四个Pro-Pro模体都是位于细胞外环中的一个扩展构象。在许多神经递质GPCRs中，这样的模体出现在TMH4的c端。

以下是维基百科对GCPRs蛋白的图形解释。不同的GCPRs蛋白的TMH1-TMH7跨膜螺旋之间有不同大小的loop，而且TMH1前和TMH后的链长度也有所不同。在膜内的loop（胞质内loop）命名为IL- ，膜外的loop命名为EL- 。

二、确定GPCRs蛋白binding site（BS）

1. 残基形成正位结合位点

在TM区域的几个高度保守的残基被发现在内源性配体结合位点形成了关键的受体-配体相互作用，Asp^3.32与配体阳离子形成氢键；Ser^5.42和Ser^5.46与catecholamine agonists（儿茶朌胺激动剂）和一簇芳香族残基相互作用，后者与配体的芳香族基团相互作用。此外，ECL2中的残基与胺能受体的配体特异性有关，另外发现Ile184结合配体的位置，若表现为溶剂可及表面积（SASA）降低，则定义为与配体接触的残基，这是继ECL2中保守的Cys之后的第二个残疾（Cys^EL2.50）,直接参与配体与D₂R（多巴胺D₂受体）的结合。

在36个受体-配体结合位点中，有34个在12个共同位点上与配体结构接触残基。这些位置定义为OBS残基位置：3，32，3.33，3.36，EL2.52, 5.42, 5.46, 6.48, 6.51, 6.52, 6.55, 7.39, 和7.43。对于较小的激动剂来说，EL2.52, 5.42，6.55不是必需的直接残基接触，但还是起着很重要的作用。

在OBD残基中，三元组成指的是Asp^3.32，Trp^6.48,，和Tyr/Trp^7.43，它们在胺能受体家族中保守，Tyr/Trp^7.43可能是识别胺能配体的关键。Asp^3.32和Tyr/Trp^7.43之间的氢键，存在于所有可用的胺能受体晶体结构中，可能稳定了Asp^3.32的侧链，从而促进其与配体中的胺基的相互作用（下图C）。

2. 单个亚家族的亚组（subgroup）之间的配体选择性

视紫红质的类似fold和其他类视紫红质的GPCRs是由相对发散的序列形成的。在用识别氨基能受体的OBS残基来分析 opioid受体晶体结构时，确定了胺能受体高度相似的OBS位置，除了5.46和EL2的位置。不同的GPCR的OBS残疾位置会有所不同，大致相似，虽然在OBS残基位置上有相似之处，但公共fold序列上的差异也导致结构上的差异，从而决定了不同受体家族的选择性，而且也可能是决定亚家族中亚组之间的选择性。

肾上腺素能受体（AR）亚家族由三个亚组组成，分别是a₁-，a₂-，βARs，每个亚组有三个亚型。利用a₂ARs受体与β₂AR受体之间的显著差异(两个亚群之间有4个OBS残基不同)，已经开发出具有显著选择性的药物。例如，β₂AR拮抗剂相比a_2AAR表现出23000倍的选择性，而如果a_2AAR四个OBS残基中的Phe412^7.39突变为β₂AR的Asn，可导致a_2AAR增加3000倍的结合亲和力。

多巴胺受体（DRs）按序列分为两个亚组，D₁-类和D₂-类。两类中的12个OBS韦志中由六个不同，导致OBS显著差异，这也开发出了很多D₁-类D₂-类高选择性激动剂和拮抗剂。组胺H₁R和H₃R/H₄R分为两个亚组，差异相对较大。对亚组选择性化合物的开发具有重要的临床意义。

3.Secondary Binding Pocket（SBP）

二级结合口袋——游离于OBS之外的配体结合位点的一部分，定义为在OBS外有三个或更多与配体接触的残基组成的空腔，这些残基与指定的配体部分直接接触。定义腔仅基于残留位置和侧链方向。
出7.42位置外，除去OBS与配体接触的其他位置，都是SBP中至少一个结构的一个部分。

在与激动剂结合的β1AR结构中，激动剂的氨基端芳香族取代基占据了TMs2，3，7，EL1和EL2形成的SBP（SBP₂₃₇），并与残基Trp1173.28、Cys199^EL2.50、Asp200^EL2.51、Phe325^7.35和Val326^7.36 接触。SBP中的这些接触，特别是那些带有EL2残基的接触，被认为通过增加构象变化的可能性，从而比G蛋白更有效地促进arrestin的结合，从而导致偏向激动作用。

在5HT_2BR与麦角胺（ergotamine）结合的结构中，由于TM5向内移动，麦角胺的苯基部分位于TMs5、6和7顶部附近的SBP（SBP₅₆₇），并与残基Thr210^EL2.53 、Lys211^EL2.54 ，Met218^5.39 , Leu347^6.58, Val348^6.59, and Leu362^7.35相互作用。在5HT_1BR与麦角胺结合的结构中，苯基部分不与SBP相互作用，因为在TM5的细胞外端没有类似的重排。5HT_2BR中与TM5末端SBP的额外相互作用被认为通过稳定选择性干扰G蛋白信号传导的受体构象，有助于5HT_2BR中b-arrestin偏置信号传导。

在M₂R与拮抗剂（3-quinuclidinyl-benzilate）结合的非活性结构中，拮抗剂的一个甲基基团指向由TMs3，4，5，6形成的SBP（SBP₃₄₅₆）而且接触残基Asn108^3.37 ,Val111^3.40 ,Trp155^4.57 和Phe195^5.47 。与OBS相比，SBP₃₄₅₆位于细胞内，与拮抗剂（ tiotropium）结合的不活跃的M₃R结构和与激动剂（iperoxo）结合的活跃MR结构中也被占据。在两个不活跃的M₂R M₃R结构中，占据SBP₃₄₅₆的部分可以帮助稳定Trp^6.48的侧链在OBS中相对于脂质双分子层呈平行方向，相对于活性M₂R结构和胺能受体的其他晶体结构中相对垂直的方向。

使用类似的分析发现 opioid受体中形成SBPs的位置与胺能受体非常相似，除了TM2的位置，opioid受体的位置2.53、2.56、2.60和2.63，而氨基能受体的位置2.61、2.64和2.65。因此，与胺能受体的TM2比较，它似乎有一个在螺旋方向的转变。尽管这种差异的功能意义尚不清楚，但认为，对于不同的视紫红质样受体家族，除了OBS外，结构拟态较少被保存下来。

原文链接1 http://dx.doi.org/10.1124/pr.114.009944%5C

原文链接2 https://doi.org/10.1016/S1043-9471(05)80049-7

皮尔逊相关系数（R）

皮尔逊相关系数是测量两个连续变量之间的统计关系或关联的检验统计量。被认为是衡量利益变量之间关联的最佳方法，因为它是基于协方差的方法。它提供了关于关联或相关性的大小以及关系的方向的信息。

程度的关系:
完美:如果值接近于±1，那么它就是一个完美相关:当一个变量增加时，另一个变量也趋向于增加(如果是正的)或减少(如果是负的)。

高:若系数值在±0.50 ~±1之间，则为强相关。

中:在±0.30 ~±0.49之间为中等相关。

低:当值低于+ .29，那么它被称为一个小的相关性。

无相关性:当值为0时。