单细胞分析流程加seuart包使用分析

单细胞转录组学分析流程

wdnmmd，wbxsn

下机数据的处理(10X为例)

cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X单细胞转录组数据的Ppipline,包括原始数据的拆分，构建索引，表达定量，合并数据，聚类分类等多个功能。
下载-解压-加入环境变量

构建索引

cellranger mkref --genome=AT --nthreads=10 --fasta=Arbidopsis.fa --genes=Arabidopsis.gtf

定量

cellranger count --id=sample \
                 --transcriptome=/xx/AT \
                 --fastqs=/xxx/fastq_path \
                 --localcores = 8
                 --localmem = 64

下机目录主要用到的文件为图

barcodes.tsv.gz -----包含细胞的id
features.tsv.gz ------和基因相关的注释
matrix.mtx.gz--------某个细胞里基因的一个值（我猜应该是丰度）

数据下机后分析-单细胞分析流程

1、安装和加载软件包

seurat包

帮助我们从刚刚数据可以得到一些细胞的分群，找一些mark（可用标记点吧意思应该是）
dplyr patchwork

导入数据

设置工作目录将数据导入R中
1.安装和加载软件包
#install.packages(‘Seurat’)
library(Seurat)#
#Warning: package ‘Seurat’ was built under R version 3.6.3## Registered S3 method overwritten by ‘spatstat’:

##剩下下载数据后操作这个地址

https://blog.csdn.net/weixin_45503019/article/details/108176711